关于玄武门之变的历史记载，旧唐书《列传第十五》中提到：“六月四日，无忌与尉迟敬德、侯君集、张公谨、刘师立、公孙武达、独孤彦云、杜君绰、郑仁泰、李孟尝等九人，入玄武门讨建成、元吉，平之。” 新唐书《列传第三十》中的描述与旧唐书相似，列举了相同的玄武门功臣名单。然而，旧唐书《本纪第二》却有不同的记载：“皇太子建成、齐王元吉谋害太宗。六月四日，太宗率长孙无忌、尉迟敬德、房玄龄、杜如晦、宇文士及、高士廉、侯君集、程知节、秦叔宝、段志玄、屈突通、张士贵等于玄武门诛之。”

对于熟悉唐朝史的读者来说，必定能看出这些记载中的差异：例如，房玄龄和杜如晦无军事经验，怎么能在玄武门之变中有所作为？此外，屈突通已经七十岁，他作为工部尚书，去玄武门的目的何在？张公瑾虽然在玄武门之变中立有功，但却没有出现在《太宗本纪》的功臣名单上；而且高士廉作为李世民的舅舅，虽然有政务上的贡献，但不以武力著称，他难道不应留在秦王府保护家人吗？另外，秦琼作为上柱国、翼国公，程咬金作为宿国公，按照他们的地位，岂能排在未封国公的程知节之后？

通过细读《旧唐书》和《新唐书》的记载，我们可以发现两者的“玄武门功臣名单”存在显著差异。既然有差异，就一定有一份是真实的，一份是伪造的。为了更好地理解这段历史，我们可以从三个方面进行分析。至于秦琼和程咬金的具体去向，倒是一个有趣的谜题。

首先，分析其是否参加玄武门之变。根据两唐书的记载，李渊对儿子们的包容度较高，尤其是秦王李世民和齐王李元吉都有自己的“王府兵”。然而，李世民的王府兵力相对较少，因此玄武门之战对李世民来说极为艰苦。张公瑾、长孙无忌等人伏于玄武门等候时，曾在面临建成、元吉党羽的强力进攻下展现了勇敢的一面，而秦琼和程咬金作为已经封国公的战将，未见有类似记载。

战后，张公瑾一跃成为定远郡公，食邑增加至一千户，而秦琼、程咬金的食邑却有所减少。这一变化暗示，秦琼和程咬金在玄武门之变中的表现可能不尽如李世民所愿，因此他们的食邑被削减了。

其次，秦琼和程咬金虽然归李世民管辖，但他们并非李世民的私兵，而是由李渊派给李世民的朝廷大将。这一点从他们的封号和历次战功可以看出，他们并非李世民的亲兵家将。相比之下，尉迟敬德和张公瑾等则是李世民直接召募的义士，既与李世民同生死，共荣辱。

最后，分析李世民与秦琼、程咬金的关系，事实并不像一些小说和传说中描述的那样亲密。李世民常常将秦琼派往前线冲锋陷阵，并给予极大依赖，甚至让他在多个重要战役中冒死执行任务。秦琼作为久经沙场的老将，深得李渊的宠信，而程咬金也有过许多战功，因此他们并非李世民“独揽”的人物。由此推测，秦琼和程咬金若真心支持李世民，他们也不会参与兄弟间的宫廷争斗。

综合分析史料后，我们可以推测，关于秦琼和程咬金的玄武门功臣名单可能是虚假的。秦琼和程咬金都已经在李渊的朝廷中得到了极高的荣誉和待遇，参加玄武门之变对于他们来说并无必要，尤其是涉及父子兄弟的内斗。历史的真相或许是他们在玄武门之变中没有亲自参与这场血腥的权力斗争。