自近代开港以来，西方文明大规模进入朝鲜，给朝鲜带来了深刻的思想变革。同时，甲午战争后中国的影响力逐渐消退，朝鲜逐渐摆脱了曾经以中国文化为核心的历史价值观。西方价值观逐渐取代了传统的中国文化思维，深刻改变了朝鲜的社会与思想格局。

在这种背景下，箕子作为历史人物的地位急剧变化。中国文化的衰退使得箕子在朝鲜的正统性和优越性的象征意义逐渐失去了价值，且这种强调中国传统文化的观点对于朝鲜抵御外来侵略并没有任何实质性帮助，反而成了韩民族追求独立自主的障碍。于是，箕子的崇拜逐渐消退，最终走向了被遗弃的命运。

进入20世纪，朝鲜半岛沦为日本的殖民地，民族独立的意识空前高涨，箕子的崇拜也在这一时刻渐渐消退，取而代之的是对檀君的尊崇与认同，檀君逐渐被视为民族的祖先与象征。

日本殖民统治者在朝鲜的历史教育中推行殖民史观，主张朝鲜自古以来就处于其他民族的统治之下，缺乏自主独立的能力，试图消除韩民族的精神文化根基。日本军国主义史学家提出“日鲜同祖论”、“日鲜同种论”和“日鲜同域论”，试图将朝鲜与日本的历史捆绑在一起，以此美化日鲜关系，并为日本的殖民侵略制造历史依据。同时，他们努力割裂朝鲜与中华文化之间的联系，尤其是在对古代历史的歪曲与否定上表现得尤为明显。

关于箕子和箕子朝鲜的否定，最早由日本学者提出，并带有强烈的殖民目的。今西龙在《箕子朝鲜传说考》（1922年）一书中提出，关于箕子朝鲜的记载如《史记》与《汉书》仅为传说，箕子本身可能只是一个历史上的虚构人物，并未真实存在。他认为，箕子并未到过朝鲜，而朝鲜现存的箕子遗迹与家谱等都只是后人伪造的，缺乏真实性。

今西龙对中国史籍中有关箕子朝鲜的记载进行了分析，指出这些资料不能充分证明箕子与箕子朝鲜的真实性，且宣称箕子的“八条之教”只是对《汉书·地理志》的误读，进而对中国史籍的信任产生质疑。之后，他又分析了朝鲜半岛的箕子崇拜，认为这一崇拜是朝鲜王朝“事大主义”的产物，箕子遗迹与宗谱等均为伪造之物。这种观点实则是为了抹去中华文化对朝鲜的影响，消除朝鲜与中国之间的文化亲近感，为日本的殖民统治创造思想上的便利。

日本学者对箕子与箕子朝鲜的否定迅速在韩国学界获得认同，并逐渐被普通民众接受。其主要原因有三：首先是中华文化的衰落，其次是民族认同与抗争精神的现实需求，再者是殖民史观的广泛传播。随着西方文明的传入，中国与韩国被归类为尚未实现现代化的国家，一些韩国学者开始将中国文化视为导致朝鲜衰退的根源，进而激烈批判汉风儒教。申采浩认为，汉土风教让韩国失去了国家的灵魂，导致国人自甘为附庸，国家长期处于奴役状态。朴殷植则认为：“所谓礼义之邦是不能纪念祖先的功德者的美名，所谓小中华是甘心为他国奴隶者的徽号。”

对中国文化的否定不可避免地也导致了对中国本身的否定，特别是在日本的纵容下，这种观点逐渐成为主流。民族危机四伏、民族主义情绪高涨的背景下，作为外来者的箕子对激发民族独立、鼓舞民族精神并没有任何积极作用，反而在日本的宣传下与殖民史观紧密相连，成为事大主义的象征，因此遭到强烈的批判。

箕子及其所代表的君子之国，与日本军国主义史学家所标榜的殖民史观紧密相连，成为了韩民族沉重的历史包袱。曾经代表中华文化光辉的箕子，反而被视为一种耻辱，否定箕子、否定中国成为表达民族独立、彰显爱国情怀的一种表现。

在日本殖民统治下的韩国人民，迫切需要一个能够凝聚民族精神的象征，竭力从历史中寻找推动民族独立的原动力。檀君作为民族始祖的认同，更有助于强化民族自信心，建立近代民族与国家认同。因此，随着对箕子逐步的否定与摒弃，檀君的信仰获得了蓬勃发展，檀君被推崇为民族的象征和文明的创始人，成为韩国民众普遍的共识。

朝鲜半岛光复后，韩国民族意识得到了极大的振奋，首先表现在历史意识的觉醒上，特别是关于历史起源的问题，成为了学者们凝聚民族精神的重要武器。一些极端民族主义史学家认为，箕子朝鲜是中国封建史学家的捏造产物，目的是为了服务帝国主义侵略的需要，抹杀韩民族的独立自主精神。

《朝鲜建国始祖檀君》一书中对“箕子东来说”做出了如下解释：“这是中国反动的封建历史学家捏造的主张……中国的封建历史学家往往将邻近民族的领袖描绘成汉族人，‘箕子东来说’也不例外。”此外，20世纪初日本帝国主义者利用这一说法压迫韩国民族的自主性。

1959年，在金日成的授意下，朝鲜政府拆除了平壤的箕子陵。自1102年高丽礼部为纪念箕子所建的箕子陵以来，这座陵墓一直是历代朝廷祭祀与修缮的对象。但随着箕子陵的坍塌，箕子崇拜也随之崩溃。

如今，否定箕子朝鲜的观点已成为主流，朝鲜半岛南北的官方出版物几乎完全摒弃了“箕子东来说”。无论是史书、教科书，还是旅游宣传资料，几乎都没有提及箕子朝鲜。在驻华韩国文化院的官方网站上，关于古朝鲜的介绍中也仅提到了檀君朝鲜。可以说，时至今日，檀君作为开国始祖的地位已经牢不可破，而箕子则早已被历史遗忘。