据传，古代大禹治水时，挥斧劈开了高山，创造出了“人门”、“神门”和“鬼门”三道峡谷，将黄河的水引导到东流。正因为如此，三门峡得名。作为新中国成立后黄河治理规划中的首个重点项目，三门峡水库被誉为“万里黄河第一坝”。

当时，三门峡工程获得了普遍的赞誉，然而，黄万里教授却是唯一一个坚决反对的人。1955年4月，周恩来主持了一个专家论证会，会上有70多位专家参与，会议整整进行了7天。黄万里一人孤身挑战，与包括苏联和中国的各位专家展开了激烈的辩论。他不仅质疑“如何建设”的问题，甚至认为三门峡根本不应建设。他坚信，修建大坝必然会带来灾难，因其会使上游地区的水流被阻断，而下游则会受灾。

果不其然，大坝建成的第二年，上游农田受灾面积就达到了80万亩，且不到一年，渭河流域便积聚了大量泥沙，河床逐渐抬高，大片良田被淹没，土地盐碱化严重，甚至威胁到了古都西安。无数世代生活在渭河平原的农民不得不离开家园，迁往宁夏等干旱地区。最终，这项耗费巨大心血的三门峡水库工程，成了中国历史上一个不可忽视的大悲剧。

1957年5月，黄万里在《新清华》杂志上发表了名为《花丛小语》的小说，来表达他对时局的感受。这篇小说令毛泽东产生了极为不好的印象，使得毛泽东联想起黄万里曾提出过“黄河不可能变清”的反对三门峡建设的言辞。毛泽东问道：“这是什么话？”不久后，人民日报在“什么话”的专栏中刊发了黄万里的《花丛小语》，并随即展开对黄万里的批判。黄万里因此成了全国知名的“右派”。

黄万里，作为中国著名水利专家，曾是清华大学的教授。1911年8月20日，他出生在上海的一个书香世家。父亲黄炎培是著名的教育家和革命家。1934年，黄万里赴美国留学，先后就读于三所大学，获得硕士和博士学位，并成为伊利诺伊大学的第七个博士。黄万里也因此成为中国第一个获得水利工程学博士学位的人，1937年他回国。

因为坚决反对建设黄河三门峡大坝，黄万里教授被打成了右派。1964年，黄万里曾有机会摘掉右派的帽子。在一次与毛泽东的会面中，毛泽东表示：“我看过你儿子黄观鸿的诗词，写得很好，我很喜欢。”毛泽东希望黄万里能写一篇自我批评，从而顺势摘帽。然而，黄万里始终坚持自己的立场，不愿认错，最终他的右派帽子一直被戴着长达22年——直到1977年，黄万里是清华大学倒数第二个被“改正”的右派。

1969年，黄万里被下放至江西鄱阳湖劳动，1974年又被批斗回到清华大学。在此期间，他完成了《论治理黄河方略》一书。1980年2月26日，经过22年半的斗争后，黄万里终于迎来了“改正”的决定。这个决定简短而直接，内容只有几行：“黄万里同志原划为右派的问题属于错划，经中共北京市委批准，予以改正。恢复政治名誉，并恢复高教二级教授的工资待遇。”

然而，直到1998年，黄万里才被清华大学批准为研究生授课。值得一提的是，黄万里不仅反对三门峡水库，他对三峡工程也持坚决反对意见。1986年，中共中央和国务院决定启动三峡工程的论证，但黄万里未被邀请参加会议。为了表达自己的立场，他多次上书政府，要求阻止三峡工程的建设。然而，他的声音始终未被听见。黄万里曾感叹道：“当年三门峡的辩论持续了七天，而现在没人愿意和我辩论，连杂志上也不刊登我的不同意见。三峡建成后，我看不到了，希望我的话不会变成悲剧，但愿后果不要那么严重。”

在临终前，黄万里留下了自己的遗嘱，内容如下：“万里老朽手所书敏儿、沈英、夫爱妻姝：治江原是国家大事，‘蓄’、‘拦’、‘疏’及‘挖’四策中，各段仍应以堤防‘拦’为主。汉口段力堤固。堤临水面宜打钢板桩，背水面宜以石砌，以策万全。盼注意，注意。万里遗嘱2001年8月8日。（最后有小字）可少死几万人。”在遗嘱中，黄万里没有提及个人或家人的任何事宜，而是将满腔的深情、对祖国和人民的责任，倾注于他毕生奋斗的江河水利事业中。

黄万里凭借深厚的学识和独到的见解，在国内外享有盛誉。他从不回避真相，无论面对何种局势，他始终敢于直言。有时候，他的话语也许有些激烈，但正是这种敢言之勇，使他成为学界的一面旗帜。

2001年8月27日下午3点05分，黄万里在清华大学医院的病房里，安详地离世。90岁的他因病卧床，临终时多次落泪，只重复着一句话：“他们没有听我一句话啊！”