蒙古人灭宋以后，以元朝的名义统治了中原大地。元朝建立初期，政权就实行了一套极为严格的等级制度，把治下的人口按征服顺序分为四等：第一等为蒙古本族及其他附属部族，掌握统治权、军政大权与要职；第二等是色目人，主要来自中亚与波斯等地的商人、官员与技工，常在都城与前线边疆混居；第三等为汉人，人数最多，但在政治与军事权力上往往被限制，担任的多是低级官吏、文书、工匠等社会岗位；第四等则是南人，即来自南方地区的居民与被征服民众，处于社会底层，生活处境最为艰辛。这样的分级不仅体现在籍贯和身份上，也决定了税赋、徭役、迁徙、教育与官职的分配。汉人和南人在政治上享有的权利最少，长期被排除在高层治理之外，遭受制度性压迫，生活与安全感都被削弱，社会的冲突与不满不断积聚，成为日后动乱的潜在根源。

这种极端、公开的歧视政策最终引发了广泛的反抗与动摇。元朝的统治尚不到百年，各地起义层出不穷，形成了对现有统治结构的系统性挑战。最终，起义军推翻了以蒙古贵族为核心的元朝政权，朱元璋在整顿天下、重建汉人政权的过程中，带兵北击残存的蒙古势力，把蒙古人逐出中原，建立了大明王朝。与此同时，朱元璋在征战与治理中俘获了大量蒙古人，许多散居各地的蒙古人来不及返回草原，便被留在中原，成为新朝的臣民，接受明朝的统治与管理，仰赖中央政府的安抚与调控来维持社会秩序。

据史料记载，明初仍留在中原统治下的蒙古人数量多达百万，成为一个庞大的族群规模。与此同时，元朝在北方残余势力仍然强大，形成了北元的势力范围，成为明朝长时间的心腹大患。北元的存在使得边疆安全形势复杂多变，常常在边境发生骚扰、对商路进行干扰，甚至在某些时段挑动地方势力作乱，因此如何处理这些滞留在中原、尚未返回草原的蒙古人，避免他们成为潜在的隐患，成为国家治理中的一项迫在眉睫的重要任务。官府在这一问题上的策略，不仅关系到当时的治安，也影响着长远的民族关系和国家的稳定。

在古代处理类似问题的思路并不少见，要么以武力压制，将异族视为威胁予以屠杀，要么将其当成战利品予以瓜分。朱元璋在具体做法上选择了一条较为缓和的同化之路，试图通过政策手段促使蒙古人与汉人逐步融合，而非以血腥冲突来解决问题。他明确规定，蒙古人与色目人与中国人之间的通婚须经双方自愿，禁止本族内部相互通嫁；违反者将受到严厉惩罚，杖刑八十以示警告，并且在政治与社会身份上重新划分。对于那些选择与汉人通婚的，往往被视为进入新的身份融入体系的路径，但也必须接受相应的约束与监督。政策还规定，若不遵从者将被官方强制处置，甚至被作为奴隶对待。这种“以婚姻促融、以惩罚维护秩序”的做法，在当时的历史背景下，被视为一种较为克制的治理手段，避免了更大规模的血腥冲突。现代观感也许会认为它并非人道，但就当时的情势与目标而言，确实比直接的清洗或分裂更具可操作性，因此也没有必要对朱元璋过于苛责。