1959年，庐山会议结束后，邓华、洪学智、万毅和钟伟都被调往地方工作。洪学智因在会上没有发言而被牵连其中，这使得他感到非常困惑，甚至连那些批斗他的人也不明白原因究竟何在。

值得注意的是，洪学智与彭老总之间的关系并不算深厚，彼时唯一的交集便是在抗美援朝的战场上建立的上级与下级的关系。朝鲜战争爆发后，邓华被任命为第十三兵团的司令，负责组建共同抗敌的边防军。洪学智原本仍在广州工作，但被邓华“截胡”，转而任命他为兵团的副司令员。其实，在平津战役之后，洪学智已经与邓华形成了合作关系，共同指挥第十五兵团，而如今的第十三兵团也多由当初第十五兵团的班底构成。

在入朝作战后，第十三兵团被重新编制为志愿军司令部，两位均担任副司令员，分别负责不同的事务。邓华分管干部和政治工作，而洪学智则负责司令部的工作、特种兵及后勤工作等重要领域。志愿军的后勤最初由东北军区负责，他们抽调了一些人员前往前线，组成后勤指挥所，而洪学智则积极参与其中。但随着战役的持续，前线与后方的距离逐渐加大，缺乏独立的通信系统致使前后脱节，东北军区的后勤工作已经无法满足前方的需求，因此急需成立一支专门的志愿军后勤队伍。

若不解决后勤保障问题，其它问题也难以得到妥善解决。可见在现代战争中，后勤保障至关重要。因洪学智曾负责这一领域的工作，成为后勤负责人便是水到渠成的事。他与从东北军区调来的周纯全组成合作伙伴，共同开展后勤工作。

不可否认，洪学智在后勤方面取得了卓越的成就，他努力打造了一条坚韧的运输线，确保后方的物资能够源源不断地送到前线。当前线的战士们得到充分的后勤保障后，连连取得胜利，这也促成了彭老总向他颁发奖项的决定。这点也成了他在庐山会议上被攻击的原因之一。

战争结束后，洪学智被任命为总后勤副部长和部长，然而有人则对这一任命有所非议，认为这是彭老总之前对他所作的承诺。彼时的洪学智其实并不愿意从事后方的后勤保障，他一直渴望在前线工作。彭老总提议两人换位置，他对此无可辩驳，甚至在上任前表示如果做不好就辞职，然而，后来他在新的职位上表现得相当出色。彭总表示以后他自己会当总长，而后勤部长的职位洪学智是无法逃避的，这又算得上什么承诺呢？退一步说，洪学智在现代化的后勤工作中确实有着显著贡献，拥有丰富的经验和强大的能力，担任这个岗位也并无不可。

正是由于在激烈的战争中建立的深厚的上级与下级关系，反而成了他遭受攻击的原因之一。此外，他与黄克诚之间的关系也颇具争议。

在抗战时期，洪学智被调任为第三师的参谋长，协助黄克诚。在东北，黄克诚担任西满军区司令，而洪学智则兼任副司令员等职。在抗美援朝后，洪学智接到通知，担任总后勤部的副部长和参谋长，继续协助黄克诚的工作。有人认为他们的关系非同一般，这也是后来的讨论焦点。

在庐山会议的第一阶段，洪学智并未出席，而是前往西藏视察平叛工作，期间才接到召唤上山开会。尽管他作为总后勤部长了解当时的情况，但对早期会议的讨论并不清楚，而在会上也未发言。随着会议风向的变化，有人将他卷入其中，使他无奈，事后解释也变得毫无意义。

当大家对彭老总、黄克诚进行揭发和批判，连带批评洪学智时，许多人也搞不清楚究竟是为什么，甚至对洪学智的问题并不了解，只因他曾任志愿军副司令员。1960年，洪学智便被转业安排到了地方工作。