1975年4月，傅崇碧结束了长达7年的工作中断，接到一份新的任职命令，被调任为北京军区第一副司令员。这一时期，军区的领导班子显得相当强大，司令员是陈锡联，第一政委是纪登奎，第二政委则是秦基伟，此外还配备有四位副司令员和四位副政委。由于陈锡联常常在军委工作，少有时间出现在军区，因此纪登奎、秦基伟和傅崇碧三人共同承担了军委的多项日常工作，确保军区的运转顺利。

傅崇碧被任命为北京军区副司令员，这实际上标志着他官职的恢复。早在1961年，随着健康状况的改善，他被任命为副司令员，并且持续工作了约五年。后来，由于卫戍区需要扩编，上级决定让他兼任卫戍区司令员。从那时起，他的工作重心逐渐转向卫戍区，并在周恩来、叶剑英两位领导的直接指导下，履行着重要的职责。

在那个动荡的大运动时期，政治形势异常复杂，许多地方和军区的主要负责人遭遇了严重冲击，被迫转移到北京进行保护。承担着这项重要警卫任务的正是卫戍区的部队。这是一项至关重要的工作，必须防止地方的造反派对这些老干部进行揪斗，因此卫戍区不断加强警卫力量，稍有疏忽就可能酿成严重后果。

例如，宋任穷曾面临险境，差点被人用绳子从六楼吊下去进行揪斗；而在许世友面临数百名造反派的围攻时，他准备采取武力反击，这让卫戍区的压力倍增，大家都极力想避免流血事件的发生。与此同时，很多老干部在艰苦的条件下被监护，他们的生活环境恶劣，来自外界的误解和压力使他们饱受委屈。尽管他们只是执行命令，并不涉及具体审理，但监护工作依然艰巨，负责审理的专案组人员在处理问题时丝毫不留情面，对于监护者的态度甚至粗暴。

多年以后，有人和傅崇碧闲聊，提到他在那个时期是风头无两的人物。对此，他仅能淡淡一笑，没有过多回应。他心知肚明，若是“红”得很，又怎么会经历多年被下放的命运？甚至连他儿女上学都得改名换姓。

1974年，他重返北京后，周恩来总理、叶帅、聂帅等领导接见了他，甚至政治局委员们也纷纷和他会面。然而，仍然有人对他的归来心存反感，希望能将他调往昆明军区、成都军区或广州军区。对此，周总理和几位老一辈领导毫不妥协，坚决要求他留在北京继续工作。

重返工作岗位后，考虑到复杂的政治环境，傅崇碧在工作中极为谨慎，直到四人帮被彻底粉碎后，他的工作才渐渐步入正轨。1977年，他被重新兼任卫戍区的工作，但因他之前受到整肃，一些人对此颇为紧张，担心他会追究往事。为了团结大家，傅崇碧决定不看过去那些揭发自己的材料，全部封存。他清楚地明白，追究过去只会加深彼此的隔阂，对工作毫无益处。