清朝入关前后，通过联姻、拉拢和武力征服等手段，逐步稳固了对漠南蒙古的统治地位，并成功探索出盟旗制度这一有效的管理方式，使得各部族得以统一和整合。

内札萨克蒙古东三盟的建立，正是在这种背景下进行的，并且它确立了外藩札萨克旗的地方行政结构。

早在努尔哈赤与皇太极时期，为了对抗明朝及察哈尔部，后金政权便采取了联姻、结盟与武力征讨相结合的策略，逐步收服了漠南蒙古。满洲皇室与蒙古贵族之间长期且频繁的联姻活动，成为了清朝巩固政权的一项重要国策。

据现代学者统计，“在清朝入关之前，满蒙联姻总次数达586次”。其中，漠南科尔沁部与清朝皇室的姻亲关系尤为紧密。早在努尔哈赤建立后金政权之前，二者就已开始通过联姻来加强政治上的联系。

努尔哈赤于万历四十年迎娶科尔沁部明安台吉之女，这一婚姻被视为清朝与科尔沁部结为姻亲的开始。此后，努尔哈赤的儿子阿济格也与科尔沁贝勒孔果尔之女联姻，皇太极先后迎娶了科尔沁贝勒莽古斯的女儿额尔德尼其其格（后谥为孝端文皇后），以及科尔沁贝勒宰桑之女海兰珠和布木布泰（海兰珠谥哀妃，布木布泰谥孝庄皇后，即顺治帝的母亲）。

除了科尔沁部的贵族之女成为清廷后宫成员外，清朝皇女也多次嫁给科尔沁部的部族领袖。清朝皇室共有八位公主（包括抚养宗王的宗室女子封为公主），嫁给了科尔沁部。

昭乌达盟、卓索图盟等部与清朝皇室的联姻关系同样密切，尤其是喀喇沁部和敖汉部，它们与清朝的关系更为紧密。其他如巴林、奈曼、翁牛特、阿鲁科尔沁、郭尔罗斯、东土默特等部，也或多或少与清廷维持着联姻关系。

乾隆二年，清朝设立了“备指额附”的13个札萨克旗，包括科尔沁左翼前、中、后三旗、科尔沁右翼前、中二旗、喀喇沁左、中、右三旗、土默特左翼旗、巴林右翼旗、奈曼旗、翁牛特右翼旗、敖汉旗等，这些旗帜无一例外都属于哲里木、昭乌达、卓索图三盟。这不仅反映了清朝对这些部落的控制力，还显示出满蒙贵族通过联姻保持的紧密关系。联姻，成为了连接满蒙贵族的政治纽带。

通过长期且频繁的联姻，清廷与漠南蒙古，包括东三盟在内的各部族建立了深厚的友谊。这不仅帮助稳固了清朝对北部边疆的统治，同时也为入关定鼎提供了坚实的后方支持。

在巩固与漠南蒙古部落的关系之时，清朝的统治者还巧妙地运用了离间与拉拢等手段，特别是在面对察哈尔林丹汗力图恢复北元大汗权威的挑战时，清朝通过政治手段加以对付，并辅之以适时的军事行动，不仅分化了漠南蒙古的部族，还使各部相继归附后金。

察哈尔林丹汗作为漠南蒙古的名义宗主，试图通过恢复北元的集权来挑战后金的崛起。林丹汗的行为逐渐引起了漠南蒙古各部贵族的不满。为了自保，嫩科尔沁部率先寻求与后金建立同盟，以抵挡察哈尔部的进攻。

天命九年，林丹汗率兵进攻嫩科尔沁部，嫩科尔沁的首领奥巴洪台吉向后金求援。努尔哈赤派遣八旗兵力前往，成功逼退林丹汗的军队。天命十一年，奥巴洪台吉亲自赴朝，接受后金赐号“土谢图汗”，从此嫩科尔沁部及其亲属部落如扎赉特、杜尔伯特和郭尔罗斯等归附后金，成为哲里木盟的前身。

接下来，皇太极继位后依旧采用父亲的策略，继续以武力为后盾，借着察哈尔林丹汗失去人心的局势，进一步拉拢漠南蒙古的部族归附。天命十一年十月，皇太极以与明朝的通好和后金边堡哨探被袭为借口，出兵征讨漠南左翼内喀尔喀五部。林丹汗非但未提供援助，反而乘机加大对五部的打压，迫使扎鲁特、巴林两部逃入科尔沁境内避难，并最终于天聪二年（1628年）归附后金。

内喀尔喀五部溃乱后，敖汉与奈曼两部陷入了前后夹击的困境。在皇太极的招抚下，两部决定东迁至辽河，最终归附后金。

随着敖汉和奈曼部的投降，林丹汗失去了防线。为保自身安全，林丹汗率领察哈尔万户主力西迁，并占领漠南右翼的部落。天聪二年，林丹汗在挨不哈之战中击败了土默特、喀喇沁、鄂尔多斯三万户的联军，控制了漠南蒙古右翼。

然而，林丹汗的暴虐行径与皇太极的招抚政策形成鲜明对比。皇太极不断安置并优待那些逃亡的部落，这种做法显著增强了后金政权在蒙古诸部中的影响力。

天聪四年，位于漠北的阿鲁科尔沁部也在西迁至西拉木伦河后，归顺了后金。天聪五年，喀喇沁部贵族及东土默特贵族先后投降，随后其部族要么成为八旗一部分，要么安置在辽西地区，逐步形成昭乌达盟的基础。

天聪六年，原本隶属察哈尔的翁牛特部，为了逃避林丹汗的压迫，跟随逊杜棱、栋岱青等贵族归附了皇太极。到此，昭乌达盟的基础大致完成。

天聪八年，为了避免后金与漠南蒙古联军的联合讨伐，林丹汗率部西迁至青藏，最终于闰八月在甘肃大草滩病死。其子及国人纷纷向后金投降。

天聪十年四月，皇太极在盛京称帝，改国号为“清”，漠南的十六部及四十九台吉前来朝贺，正式承认皇太极为蒙古的共同统治者。