在《史记·太史公自序》中，司马迁提到：“太史公仍父子相续纂，网罗天下放失旧闻，王迹所兴，原始察终，见盛观衰，论考之行事，以拾遗补纾，成一家之言。”这段话揭示了修史的目的并非寻找不容置疑的绝对真相。所谓的“修”，意味着史家在编纂历史时会作出某些选择，尤其是在儒家修史的背景下，史家往往会依据道德标准来筛选历史。那些符合儒家道德观念的行为，会得到褒扬，而即便是一些爱国之士，也可能因为与道德观念相悖而遭到批评，反之，卖国者有时反而被美化。司马迁也明确指出，他的史书是“家言”，是通过自己的价值观来筛选、评判历史的结果。因此，司马迁在查阅史料、采访当事人、记录民间传说的过程中，最终依据自己的思想框架来选择如何呈现历史。在这一过程中，无法避免地有时会出现一些“冤假错案”。有些错案可能是司马迁未能察觉，有些则可能是他明知有误，但依旧选择了不纠正，尤其在涉及秦始皇的部分，司马迁明明能够看清真相，却有意采取了一些带有偏见的描述。

首先，关于秦始皇的父亲问题，司马迁认为其父为吕不韦，而非秦庄襄王，这一说法直接动摇了秦始皇的正统性。根据《秦始皇本纪》中的记载，“秦始皇帝者，秦庄襄王子也。庄襄王为秦质子于赵，见吕不韦姬，悦而取之，生始皇。以秦昭王四十八年正月生于邯郸。”这段话并没有明确提到秦始皇是吕不韦之子，只说了秦异人“悦而取之赵姬，生始皇”。然而，《吕不韦列传》则详细描述了吕不韦与赵姬的关系，并提到了赵姬怀孕的经过。吕不韦与赵姬相识时，赵姬已怀孕至少一个月。根据古代“十月怀胎”的常识，赵姬与秦异人结合不到九个月便生下秦始皇，难道秦国人并未对此产生疑问吗？更重要的是，假如吕不韦真是秦始皇的父亲，秦始皇与吕不韦的相貌应当有所相似。那么短短九个月的孕期，不应该引发任何人的怀疑吗？司马迁提到的“至大期时，生子政”中的“大期”含义复杂，一方面可能是指足月分娩的日期，另一方面也有可能指“十二月”。但如果按司马迁的描述，赵姬怀孕十个月，似乎与“不到九个月”的事实相冲突。如果按“十二个月”，更与现代医学常识相悖，因为怀孕的正常周期一般为38到42周。因此，司马迁将秦始皇称为吕不韦之子，缺乏足够的证据，但他却毫不犹豫地写入史书中。

此外，孔子有言：“名不正言不顺”。如果秦始皇真是吕不韦之子，那么他就不可能被视为“正统的秦国帝王”，这从根本上否定了秦始皇的合法性。

再谈另一个有争议的事件，关于秦始皇与舜妻娥皇、女英的故事。根据史书记载，公元前219年，秦始皇第二次巡游时途经湘江，遇到大风无法渡江。他得知湘山祠供奉的是娥皇、女英这两位历史人物，便命令砍伐湘山所有树木，将山涂成赭色，以此“羞辱”娥皇和女英。司马迁对这一事件的描述令人深刻印象。然而，湖南大学岳麓书院保存的一批秦简资料却与司马迁的记载相左。岳麓书院的秦简指出，秦始皇并未命人砍伐树木，反而有大臣建议将湘山打造成类似咸阳皇家园林，并建议封锁湘山南部以保护自然景观。更关键的是，秦朝时期的环保法律已经建立，保护树木和自然资源是法令之一。按照当时的法律，秦始皇不可能轻易违法。因此，司马迁对秦始皇“羞辱舜妻”的描述显得十分可疑。通过考证，这一事件很难为真，但司马迁却没有进行深思熟虑，依然将这则流言写入史册。

事实上，司马迁在《史记》中对秦始皇的评价并不高。他在《秦始皇本纪》里写道：“秦王怀贪鄙之心，行自奋之智，不信功臣，不亲士民，废王道，立私权，禁文书而酷刑法，先诈力而后仁义，以暴虐为天下始。”在司马迁的眼中，秦始皇不过是一个暴君。因此，在他搜集史料时，关于秦始皇的两则流言没有经过基本辨别，便毫不犹豫地记录了下来。

总结来说，司马迁对秦始皇的偏见在一定程度上影响了他对相关历史事件的记录。在阅读《史记》时，我们应当保持批判性思维，避免盲目相信史书所写的一切。过于依赖单一的史料，未必能够获得历史的真实面貌。