1947年秋季攻势结束后，这位担任八纵司令员的军事指挥官在任职仅两个月多一点的时间里便被调离了职务，原因是他与上级之间发生了意见不合。此处提到的“上级”并非是东野的领导，而是冀察热辽军区的首长，程子华。

在1947年秋季之前，八纵的组成部分是冀察热辽军区下辖的地方主力，在其成立前，他曾先后担任热河军区与热辽军区的司令员，积累了丰富的指挥经验。在1947年春季之前，冀察热辽军区的前身是冀热辽军区，它原本归属于晋察冀军区。随着战局的变化，察哈尔地区的一部分被并入冀热辽军区，最终转型为冀察热辽军区，程子华出任司令。在同年4月，该军区再次划归东北军区。

秋季攻势期间，冀察热辽军区的地方主力陆续组建了八纵、九纵，后来又成立了十一纵。尽管这些部队是野战纵队，在名义上应当接受东野的指挥，但实质上根据战场情况和地理环境，仍是由冀察热辽军区进行指挥，这种情况与三纵、四纵长期受辽东军区指挥的现象相似。

这位司令员与冀察热辽军区的司令程子华间的摩擦可谓不少。在隆化战役中，因长时间未能突破敌方防线，程子华召集指挥员征求意见，提出他亲自指挥进攻。然而面对现状，这位司令员表示：“这个指挥我可干不了。” 程子华却以命令的口吻回应：“干不了也得干！” 对于指挥层的临阵换将，他认为这是兵家大忌，并批评加大攻势的策略是狭隘的想法。这两人因此激烈争执，最后还是在命令的压力下屈从了。

在部队编为八纵后，他们的上下关系依旧存在。在杨杖子战役中，二人再次产生了分歧。一方面，某位指挥官认为敌方抵抗顽强，打下去恐怕难以取得胜利，因此不希望继续交战；而另一位则想在外打仗，即使未获得命令，也要推行自己的意图。最终在没有请示和报告的情况下，他们进行了一场较为成功的战斗。战后，双方并未对此进行深入沟通，也没有就指挥的优劣进行争论。

在对程子华来说，或许他更倾向于拥有听话的部下，喜欢听从命令、便于指挥，而这位司令却恰恰相反，常常挑战权威。因此，在秋季攻势之后，程子华便提出调换这位司令员，要求段苏权接替他的职位。尽管东总首长知晓八纵在秋季攻势中的出色表现并给予了嘉奖，总部的首长们也希望他能继续留任，然而由于冀察热辽军区早已不再隶属东北军区，部队之间的团结合作变得尤为重要，因此他还是被调离了八纵。

在接下来冬季攻势的阶段，他并未参与战斗单位，而是因身体不适前往休养，直至1948年3月冬季攻势结束后，他接替洪学智出任第六纵队的司令。第六纵队作为一支老牌部队，尤其是其中的16师和17师战斗力强，上级希望能够由能够指挥他们的带头人来掌控。

第六纵队在辽沈战役中划归由萧劲光指挥的一兵团负责，积极参与了长春战役及对长春的围困作战。辽沈战役结束后，洪学智重新返回第六纵队，而他则重新回到了八纵，段苏权因在辽沈战役中出现了一些指挥问题而被安排留在军区机关工作。

多年之后，他在回忆与程子华之间的矛盾时提到：“经过秋季攻势的胜利，我有些得意忘形，与程之间发生了一些误会。” 这是他主动表述的感受，至于程子华是否对此进行了反思，已无从得知。

在经过平津战役后，部队进行整编，组建了兵团，程子华担任了13兵团的司令职务，而他则担任副司令。在南下作战期间，两人之间并没有发生太多的摩擦。那时他只是副司令，并未直接负责部队的战斗指挥。