驻藏大臣的选任制度与一般八旗文官选任制度既有相似之处，也有独特的特点。它结合了“特简”和“开列”（即请旨缺）的选任方式，同时还包含了八旗武官选任中边区驻扎大臣的特殊做法。因此，驻藏大臣的选任体系可以看作是一种混合型制度，结合了八旗文武官员选任的特点，并且其官缺设置既有不固定的特简，也有固定的请旨缺和旗缺。

从“特简”来看，这一选任方式，即“特授”，指的是在官员出缺时，皇帝特意下旨选拔人才，不必依赖主选机构提供候补名单。这一过程完全由皇帝决定，其他部门无权干预。另一个选任方式是“开列”，即当官员出现空缺时，吏部（在初期）或军机处会整理并列出符合转任、补充或升迁资格的人员名单，再呈交给皇帝，由其最终决定人选。这种方式通过“请旨缺”的形式进行选拔，尤其适用于驻藏大臣的选任。驻藏大臣的更换通常是定期的，由军机处协助皇帝执行。

此外，驻藏大臣的选任还涉及到保举和题补两条途径。保举通常是由军机大臣如和珅为特定人选保举，例如和珅曾为普福提供过保举。题补则多由一些高级将领进行，福康安便是在驻藏期间通过奏折向皇帝请示补充驻藏大臣的人选。这一过程表明，驻藏大臣的选任不仅受到八旗文官制度的影响，还受到武官选任机制的制约，且每三年一次的更换由皇帝最后裁定。

军机处在选拔驻藏大臣方面起着核心作用，它负责开列名单并将其呈递皇帝，尽管吏部也会提供相应的候选人资料。军机处在一定程度上能影响选任过程，特别是在廓尔喀战争期间，军机大臣和福康安等高官也有保举和题补的权力。

清代的内阁原本是皇帝的辅佐机构，负责处理政务，尤其是票拟和题奏等事务。内阁大学士与其他大臣在议政权力上的作用逐渐被军机处取代，尤其是雍正帝设立军机处后，内阁的实际权力逐渐弱化。大学士的职务变得越来越象征性，尤其是当阿桂和和珅等人同时担任军机大臣时，大学士的角色被进一步边缘化。

内阁的角色不仅限于协助皇帝处理政务，还是选任驻藏大臣等职位的重要环节。大学士们在选任驻藏大臣时发挥着重要作用，他们会根据情况向皇帝提供意见，并且有时还会直接影响选拔过程。例如，乾隆帝曾指示阿桂等人审核驻藏大臣保泰的奏折，并要求他们提出具体意见。这种参与表明，内阁在西藏事务中的作用并非仅限于对皇帝的执行命令，往往还需要根据实际情况对选任做出建议。

在具体的选任过程中，军机大臣对西藏事务的处理起着主导作用，尤其是涉及战时的驻藏大臣。福康安在担任驻藏大臣期间，拥有一定的保举权，他不仅要协调西藏全局，还需要在军机处、内阁以及地方的督抚之间进行沟通。尤其是在乾隆帝命令下，军机大臣要处理具体的军事和行政事务，如对廓尔喀战争的指示及其他战时任务的分配。

因此，驻藏大臣的选任体系是一个复杂的制度，涉及到多个机构与权力的交织，不仅包括文官和武官的选任特点，还融入了皇帝的直接干预。军机处、内阁以及地方官员的互动，使得这一过程既具灵活性又具集中性。