葱岭三战尘埃落定后，清军彻底掌控了天山南北的广大区域，西域千年来首次重新回归中华大家庭——自从大唐安史之乱以来，西域与中原已渐行渐远。此时，清帝国的军旗在帕米尔高原的雄伟天际线上高高飘扬，清朝军功达到了历史巅峰。中亚各国对于西域（今新疆）局势的剧变，无不惊愕失色。短短四年内，大清连扫准噶尔汗国以及大小和卓的叛乱，声望远远传入中亚腹地，震慑四方。

尽管天山南北大局已定，大小和卓却仍然逍遥法外。乾隆皇帝素来秉持“要么不做，要么做绝”的作风，大小和卓一日不擒获，他便一日难以安心。于是，他下令驻疆清军昼夜搜寻他们的踪迹，务必“活要见人，死要见尸”。刚刚从激烈战斗中稍作休整的清军将士们再次披甲上阵，跋涉在广袤且荒凉的帕米尔高原上，艰难地追踪敌人的踪迹。最终，清军哨探报告称大小和卓已翻越帕米尔，逃往西边的巴达克山——这是一个古老的国度，今属阿富汗东北部。

清军猛将富德精选精锐骑兵西进，向巴达克山各部落发出严厉檄文，明言谁若敢收留大小和卓，谁就会成为清军下一个目标。在清军的巨大威慑之下，大小和卓在巴达克山迅速陷入孤立无援的困境。鉴于清军威望，巴达克山的衮都伯克沙莽苏尔与锡克南伯克沙穆尔（位于今塔吉克斯坦戈尔诺-巴达赫尚自治州锡克南区）联手对大小和卓展开拦截和追击，誓要将二人擒获献给大清，换取重赏。乾隆二十四年（1759年）七月二十六日，大小和卓带着残兵败将冲破层层包围，抵达巴达克山首府牌租阿巴特（今阿富汗巴达赫尚省法扎巴德）外，试图投靠城主素勒坦沙寻求庇护。

与此同时，富德派出的使者萨穆坦也抵达牌租阿巴特，严正要求素勒坦沙立刻交出大小和卓，警告若不从，将面临清军血洗城池的惨烈后果。在清军的强大压力下，素勒坦沙将大小和卓围困于险峻的阿尔浑楚哈岭。不久后，大小和卓被活捉并囚禁于柴扎布，素勒坦沙随即派人向清军总指挥富德汇报战果。

富德得讯，急令素勒坦沙将大小和卓交出。然而，巴达克山境内不少贵族与大小和卓关系密切，一些人心怀私利，意图留住大小和卓以便日后在与大清的谈判中获得利益，使得素勒坦沙一时陷入犹豫。富德对其迟疑极为不满，决定亲率五千精锐骑兵再次翻越险峻的帕米尔高原，途经瓦罕走廊，宛如天降神兵般抵达牌租阿巴特城下。面对城外威风凛凛的清军和火炮口中喷吐的浓烟，素勒坦沙再也无法回避现实。

不过，素勒坦沙依旧打起了小算盘。担心大小和卓落入清军营地后会揭露其暗中支持过二人的事实（在大小和卓叛乱期间，素勒坦沙曾秘密资助他们，否则二人也不会选择逃到巴达克山寻求庇护），他竟然下令将大小和卓及其家眷随从全部处死，并将他们的首级献给清军，以此来断绝后患，完成富德的任务。富德亲自核实了首级后，即率兵班师回新疆，并将大小和卓的首级献往北京。乾隆皇帝大喜，特地在午门举行盛大献俘礼，史称“巴达克山献馘”，标志着这一段纷争的最终终结。