关于八旗军的地位排序，网上流传着镶蓝旗地位最低的说法，这其实是个误解。事实上，镶蓝旗不仅不低，在八旗早期还曾是实力最强的第一大旗，就连备受尊崇的两黄旗、两白旗单独与之相比都要逊色三分。

这个误解显然与历史事实不符。从康熙皇帝及其皇子们的实际行动就能看出端倪——自清初以来，皇室就有一个不成文的传统：将皇子安排进镶蓝旗。仅康熙一朝，就有五位皇子被编入镶蓝旗，其中包括皇太子允礽、皇三子允祉和著名的皇十四子胤禵。从努尔哈赤时代到康熙末年，近百年的时间里，如何妥善掌控镶蓝旗始终是清朝的重要国策。

镶蓝旗的渊源要追溯到努尔哈赤的弟弟舒尔哈齐。在八旗制度正式确立前，舒尔哈齐家族就是努尔哈赤最强劲的竞争对手。据朝鲜使节的记载，后金政权初期，努尔哈赤麾下有1万兵力，而舒尔哈齐也拥有5000精兵。舒尔哈齐甚至曾直接向朝鲜使节索要专属礼物，这种做法在当时的女真部落中并不罕见——女真社会素有双头政治的传统，比如努尔哈赤的宿敌叶赫部就有两位首领分城而治。

在这种政治氛围下，舒尔哈齐为对抗实力更强的兄长，暗中与明朝将领李成梁结盟。李成梁之子李如柏（后参与萨尔浒之战）娶了舒尔哈齐之女为妾。1605年舒尔哈齐夫人去世时，李成梁父子还以亲家身份赠送了丰厚丧礼。

舒尔哈齐与努尔哈赤的矛盾在征讨乌拉部时达到顶点。当时舒尔哈齐消极应对，传统史书多解释为他性格懦弱，但实情更为复杂：乌拉部首领布占泰既是他的妹夫，又是他的女婿（舒尔哈齐娶了布占泰之妹，又将女儿额实泰嫁给布占泰）。努尔哈赤将乌拉部战利品主要分配给代善和诸英两位侄子，导致舒尔哈齐势力受损。这个拥有万副铠甲的强大部落被吞并后，代善和诸英各得五千户人口，奠定两白旗和两红旗的基础。

随着两位侄子势力膨胀，努尔哈赤最终囚禁了舒尔哈齐，确立八旗唯一领导权。舒尔哈齐死后，其部众由养子阿敏继承，形成镶蓝旗。据1621年八旗最早兵力统计，镶蓝旗以61个牛录高居榜首，而两黄旗合计仅64个牛录，正蓝旗21个，正白旗18个，镶白旗15个，两红旗合计51个。镶蓝旗一旗就占八旗总兵力（230个牛录）的四分之一强。

正因这支劲旅不由努尔哈赤直系掌控，皇太极继位后持续削弱其力量。到清军入关前，镶蓝旗已缩减至33个牛录，由皇太极心腹济尔哈朗执掌。但清朝皇帝仍不放心，持续派遣皇子入驻镶蓝旗进行监督，这才导致后人对其地位产生误解。