1949年1月，蒋介石在宣布辞去领导职务的前夕，召集亲信们见面，神情激动且愤怒地说道：“共产党没有真正打败我，真正击垮我的，是我们自己国民党内部的矛盾。”他随即指着陈立夫怒斥：“就是你们这一帮人害了我。”当时，党内权力集中在以陈果夫和陈立夫兄弟为核心的CC派手中，因此流传着“蒋家天下，陈家党”的说法。蒋介石把大陆失利的责任主要归咎于CC派，这样的归因也不足为奇。

在大陆执政期间，双陈兄弟掌握着极大的权力，既控制党务，也把持着财政大权。他们借助手中的权势，广泛培养党羽，牢牢掌控了大多数省级党部，并且利用党部影响，包揽国大会代表、立法委员和监察委员的选举，从而牢牢把控了国会的主导权。同时，陈果夫兼任中央财务委员会主委、中央合作金库理事长以及中央农民银行董事长等要职，牢牢掌握着党内财政命脉。1945年5月国民党第六次全国代表大会召开时，CC派几乎占据了中央委员会近一半的席位，权势达到顶峰，令蒋介石忧虑不安。蒋介石曾计划让蒋经国接管党务系统，但CC派坚决守住阵地，毫不退让。直到迁台以后，以下三个因素促使蒋介石最终决定清除CC派：

第一，大陆时期一直与蒋介石作对、为难他的桂系势力已经彻底消失，不再具备威胁。其他派系实力微弱，无足轻重，蒋介石整顿党务时便无后顾之忧。

第二，美国对CC派极为不满。1948年冬季，美国总统大选期间，陈立夫“押错宝”，携巨款赴美为杜威助选，结果杜鲁门获胜，杜鲁门政府对华态度转冷。蒋介石认为除掉陈立夫有助于改善中美关系。

第三，陈诚与陈立夫水火不容。陈诚掌控行政院，陈立夫控制立法院，两人矛盾尖锐。为保持两院和谐、促进内部团结，蒋介石自然倾向支持陈诚，尤其是他在台湾建设中的贡献，因此决心剔除大陆失利有责的陈立夫。

随着朝鲜战争爆发后美军进驻台湾，局势稳定，蒋介石顺势而为。1950年7月，他免去了陈果夫中央财政委员会主委职务，解散了中央合作金库，仅保留中央农民银行的名义，只设保管处，至此一举斩断了CC派的财政权力。次年8月，蒋介石资助陈立夫5万美元，让他以参加道德重整会议的名义携家迁往美国新泽西州，开办养鸡场。同期，陈果夫在台北病逝。CC派的势力因此土崩瓦解。

随后，蒋介石展开国民党的改造工作：

首先，成立“中央改造委员会”，由蒋介石亲自指定陈诚、蒋经国等16位中央改造委员，全面负责党的改造工作。张其昀被任命为秘书长，统筹筹划具体事务。

其次，明确将国民党改造为“一元领导的集权政党”。党内党员无论是政府官员还是民意代表，都必须绝对服从蒋介石的领导。为此，“阳明山革命实践研究院”被改造为培养国民党高级干部的党校，成为党内干部的摇篮。

再次，大规模吸纳新党员。国民党派遣数万党员深入台湾各地的工会、农会、渔会、商会、妇女团体及青年组织，大量吸收农工民众和青年知识分子，逐步构筑党的社会基础。

同时，整顿国民党自营事业单位。国民党旗下的多家事业单位，包括《中央日报》、《中华日报》、《正中书局》、《中国广播公司》和《中央电影公司》等，全部纳入中央财政委员会管理，由俞鸿钧担任主委。整顿措施包括：撤换挂名不作为的董事监事，推行会计人员互调制度，建立严格的人事考核机制，这些措施还推广至所有国营、省营及军营等各类企业。

蒋介石还认为：“大陆时期，国军内部贪污腐败现象严重，令人难以置信。”从政治层面看，他认为国民党失败的根源在于推行民主宪政，给了共产党分化和渗透的机会。为彻底扭转失败的局面，蒋介石在台湾以“实行民主宪政”为名，实际上展开了“威权统治”，也就是极权政治的变相。

威权统治下，蒋介石一人兼掌党、政、军大权，实现“天下归一尊”的局面。党权由他独揽，形成“蒋家政治、蒋家党”；政权由他掌控，打造“蒋家王朝、蒋家臣”；军权归他所有，成就“蒋家天下、蒋家军”。