在太平天国定都天京（南京）之后，清朝政府显然不可能坐视这一局势蔓延，心中自然充满了不甘。为了应对这一挑战，清廷一方面在距离天京不远的孝陵卫和扬州分别建立了江南大营与江北大营，对天京实施了严密的封锁。清军将天京围困得如同铁桶一般，不仅时刻监视着天京，还频频发动袭扰。另一方面，清朝通过各种手段，试图从内部瓦解太平天国政权。清廷派遣了大量的间谍和卧底潜入天京，不仅安插特工渗透到天京政府的各个层级，还通过这些卧底来制造内乱，试图一举摧毁这个由广南草根所建立的农民政权。

在清廷的远程操控下，天京城内的局势愈发复杂。许多清朝残余的豪绅地主和有势力的阶层人士，满怀仇恨潜伏进了太平天国的各级组织。他们乔装打扮，伺机而动。据史书记载，天京城内暗流涌动，特务与间谍的活动猖獗，时刻威胁着太平天国的稳定。

张继庚、吴蔚堂间谍案

其中，吴蔚堂的间谍事件尤为著名。吴蔚堂曾是南京府的江南监生，在太平军攻占南京后，他化身为一位忠诚的信徒，积极参与拜上帝会，并通过慷慨捐款和出力来赢得新政府的信任。最终，他被东王杨秀清任命为机匠衙总制。利用这一职务，他将许多清朝的残余士绅、土豪与富商隐藏在机匠衙中。通过各种手段，吴蔚堂还获得了天京城内外的通行证，不时溜出城外，向孝陵卫的清军将领通报情报，密谋与清军联手，意图一举颠覆太平天国。

另一个关键人物是张继庚，他曾是清朝南京的廪生，即受政府津贴的秀才，极为忠诚于清廷。太平军攻克南京时，他没有随乱逃走，而是化名“叶芝发”潜伏在天京。张继庚凭借着丰富的学识和口才，以塾师身份混入北王府，最终获得了北王韦昌辉的信任。通过巧妙的言辞，他说服了许多人加入其内奸网络，最终招募了超过1000名太平天国的内部人员为清朝提供情报。张继庚通过多种手段，成功获取了诸如“月册”、“家册”、“户口清册”以及天京的城防布置等极为重要的情报。

吴蔚堂和张继庚两股潜伏势力的联合，进一步加剧了对太平天国政权的威胁。在一次密谋会议上，张继庚冒着巨大的风险亲自前往孝陵卫，向清军湖北提督向荣商讨合力攻城的事宜。当清军按计划逼近天京时，太平军在城墙上发起火炮轰击，打乱了清军的计划，迫使他们狼狈撤退。

虽然此次行动未能成功，但张继庚暴露了自己的行踪，最终被太平军的“锄奸队”发现并逮捕。此时，张继庚的内奸活动引起了太平天国高层的警觉。随即，一场针对间谍的调查和反间谍行动开始展开。

大规模反间谍行动

东王杨秀清亲自领导了这场反间谍运动，并将张继庚作为突破口。张继庚面对审讯时，开始伪装自己，但在受不住刑讯后，他最终供认了与清军的联系。然而，他并未止步于此，而是企图将责任推到太平军的重要人物头上，指控杨秀清、韦昌辉、石达开等重要将领是其幕后同谋。杨秀清看到这些指控后，愤怒至极，立即下令将所有被张继庚诬陷的人抓捕。经过草率的审讯，这些被捕的将士被迅速处决。

然而，随着进一步的调查，太平天国才意识到，许多人是在张继庚的陷害下被错杀的。张继庚通过巧妙的策略，试图通过这些诬陷引发太平天国内部的混乱，并削弱其整体力量。杨秀清深感事态严重，于是决定将张继庚凌迟处决，并展开大规模的内奸搜捕。

随着反间谍运动的推进，太平天国抓获了200多名变节者和清廷卧底，所有人都在确凿证据下遭到处决。同时，太平天国内部的几起大案也相继被破获，例如“副典金官陈进先通清妖叛变案”和“妖妇朱大妹投毒谋害东王案”，主要嫌疑人也都受到了严惩。

这场清查和反间谍行动虽然粉碎了外部敌对势力的阴谋，并肃清了内部的不稳定因素，但由于初期过度的株连，许多忠诚的将领和重要人物被错杀。这一系列事件，最终导致了士气低落，给太平天国带来了巨大的损失，也为其后期的衰落埋下了隐患。