1953年6月，孙毅从华北军区副参谋长的位置被调任为军校部的副部长，而该部部长的职务则由副总长张宗逊兼任。二人在此期间共事了好几年，但不知由于何种原因，孙毅却执意要求调动。他对张宗逊部长的管理方式存在异议，还是另有隐情呢？在他们的合作中，任务分工非常明确，张宗逊主要负责大方向决策，而孙毅则根据自身在训练干部方面的丰富经验，承担具体的工作安排。这些经验源自孙毅在战争时期所负责的军事教育工作，使他成为了一位颇具能力的干部培训者。

从孙毅的履历来看，他的军旅生涯起步早，在旧军队时期就已晋升至中校参谋，在红军部队也曾担任过师参谋长。然而，他却对军事教育展现出了浓厚的兴趣，愿意在红军大学任教，甚至多次因对教学的热爱而拒绝离开这个岗位。转任后，他总是努力通过调动返回到教学领域。抗日战争期间，孙毅担任了115师343旅的参谋长，但他主动请缨，协助聂荣臻开展干部培训，开设了军政培训班。在他的努力下，经过多轮的培训，数千名基层干部得到锻炼，顺利上岗，大大增强了基层的领导能力，充分展现了孙毅的贡献。

然而，当他被调任至晋察冀军区参谋长这个较高的职位时，孙毅感到难以胜任，于是提出要求，希望能调整到冀中军区担任参谋长。随后，在抗大分校担任校长一职的他则充分发挥了自己的优势，工作起来游刃有余，其杰出成绩使他获得了模范校长的荣誉。在军校部刚成立之际，工作量非常庞大，而人手却十分不足，孙毅的日常工作负荷极重。

进入1955年，机关进行了一次整顿，副总长兼部长的张宗逊却在此时选择离开，将工作留给了孙毅和杨秀山二人自行处理，临走时并未给予任何关心和支持。这意味着，若整顿工作出现意外，不要指望张宗逊会为此负责，因为整个整顿过程往往是艰难且不讨好的，稍有不慎就可能影响他人。在这过程中，孙毅与杨秀山发生了激烈争执，甚至到拍桌子地步，最后问题被上报至李达处，李达对孙毅进行批评，要求他向杨秀山道歉，经过这一番波折，两人的关系才得以恢复。

不久后，随着训练总监部的成立，军校部更名为院校部，张宗逊出任总监部副部长兼院校部部长，而孙毅继续担任副部长。在工作上，副职通常负责具体事务，却缺乏话语权。那时，军队正向苏军学习，苏军设立了顾问团，但由于两军理念的不同，产生了不少分歧，很多时候都需要孙毅来调解。顾问们在当时拥有颇大的权威，而普通人员则难以招惹，结果导致孙毅无端受到责难，心中感到委屈。

当这种情况传到张宗逊部长耳中后，他未曾采取任何措施，反而找孙毅谈话，告知他总顾问打算撤销他的职务，而彭老总则为他保住了这个位置。对此，孙毅感到十分无奈，因为他作为副部长，本应负责中间的协调与调停，遇到部门问题自然应由部长出面解决，如今却反过来被责怪为与顾问对抗。没过多久，孙毅向张宗逊表达了希望转岗的想法，希望他能向彭总反映，自己不愿继续留在院校部工作，以避免再因为这些问题牵连到彭总。起初，彭总未对此给予同意，但随着军外训练部的成立，孙毅再次请求调动，希望能在新部门工作，以减少与顾问发生冲突的机会。经过多次的沟通，彭总最终也答应了他的请求。

军外训练部的部长是周士第，但因其健康问题长期养病，实际工作则由孙毅负责。从1957年起，孙毅又被调整为军事出版社的部长，这一轮调动将他推向了更加重要的岗位。