乾隆二十四年（1759年），清朝的名将富德带领着5000名精锐部队翻越了险峻的帕米尔高原，进入了巴达克山（位于今阿富汗东北部）。他们的任务是剿灭大小和卓（大和卓波罗尼都、小和卓霍吉占）叛军的残余势力。富德不仅发出了威胁，还警告中亚各国，任何敢于庇护和卓家族的国家都将与大清帝国为敌，清军会对其进行严厉的打击。

在富德的强硬威胁和清军对准噶尔汗国的彻底扫荡以及南疆的平定之下，巴达克山的首领素勒坦沙别无选择，只得将波罗尼都和霍吉占，以及他们的党羽数百人送给清军。富德迅速将波罗尼都和霍吉占的首级通过快马送往北京，而他们的党羽则被一一凌迟处死。至此，大小和卓之乱彻底平息，天山以南的广袤土地正式纳入了中国的版图。连同此前的北疆地区，西域地区在时隔千年后终于重新归属于华夏大地。清廷为这片新征服的土地取名为“新疆”，寓意着“旧疆新复”。

然而，和卓家族的根基深厚，即使他们一度被平定，也未能彻底消失。南疆远离清朝的核心统治区域，而在清军剿灭大小和卓叛军的过程中，许多残余势力并未被一网打尽。特别是大和卓波罗尼都的儿子萨木萨克逃往浩罕国（即今吉尔吉斯斯坦），躲过了清军的追捕。萨木萨克后来有一个儿子，名叫张格尔，正是这个张格尔，60多年后，在大小和卓之乱后的南疆再次掀起了腥风血雨。

嘉庆四年（1799年），乾隆皇帝驾崩，清朝进入了所谓的“嘉道中衰”时期。此时，大清帝国已经不再是康乾盛世时的那个强盛国家。而与此同时，英国完成了工业革命，成为了世界的超级大国。英国已经征服了印度，准备将侵略的触角伸向大清帝国。

大清帝国曾经在亚洲称霸近200年，甚至曾击败沙俄帝国，英国人起初也未能弄清楚大清的实际实力。因此，他们决定通过一场“代理人战争”来测试清朝的底线，而张格尔无疑是最合适的“代理人”。道光六年（1826年）六月，张格尔在英军教官的帮助下，率领约300名叛军从开齐山出发，向喀什噶尔（今喀什）北部约60里之外的阿尔图什（今阿图什）进发，并在那里煽动民众起义。为了寻求外援，张格尔将南疆的土地和人口作为交换条件，引诱浩罕国出兵，并承诺将四座城池的子女和财富赠送浩罕国，甚至还答应割让喀什噶尔作为回报。最终，浩罕国派出了上万骑兵进入南疆。

清军自大小和卓之乱以来，已在南疆维持了60多年的和平，南疆的防务形势空虚，完全没有应对突发叛乱的准备。张格尔的叛乱迅速蔓延，叛军很快占领了英吉沙尔（今英吉沙）、叶尔羌（今莎车）、和阗（今和田）、喀什噶尔等重要城市，并对这些地区进行大肆掠夺，强迫壮丁参军，军队规模急剧膨胀至10万余人。这个消息很快传到了北京，清朝帝国决定派遣伊犁将军长龄为主将，陕甘总督杨遇春、山东巡抚武隆阿为辅佐，调动来自吉林、黑龙江、陕西、甘肃、四川等地的三万精锐部队前去平定叛乱。

与此同时，叛军继续加大对清军在南疆最后据点阿克苏的攻势，意图彻底切断清军通往南疆的通道，获得战略上的优势。在猛烈的攻势下，阿克苏的守军与叛军激战数日，最终依靠清军主力的支援，守城的清军才得以坚持到最后，迫使叛军撤退。

道光七年（1827年）二月，杨遇春率领三万清军反攻，推进到浑巴什河北岸，距离叛军的老巢喀什噶尔仅剩10里。张格尔得知后迅速集结12万叛军到浑巴什河南岸准备阻击。由于叛军得到了英国的火力支援，且人数优势巨大，张格尔对战胜清军充满信心。

面对敌众我寡的局面，老将杨遇春毫不畏惧，指挥清军主力进行佯攻，以吸引叛军主力。与此同时，他派遣锡伯名将额尔古伦带领1000多名索伦勇士和锡伯勇士组成突击队，趁夜悄悄渡过浑巴什河，从叛军的侧翼发起突袭。额尔古伦的突击队员个个身手非凡，以少敌多，他们迅速打乱了叛军的阵型。趁机，杨遇春发动了总攻。经过激烈的战斗，叛军在前后夹击下大败，清军斩杀叛军超过万余人，剩余叛军纷纷溃散。张格尔的叛乱因此宣告失败，南疆也成功平定，恢复了清朝的统治。