第一：明朝后期确实发展出了资本主义萌芽，但也仅仅是资本主义萌芽。相比欧洲的资本主义发展，明朝没有产生资产阶级新贵族这一特殊的掌权群体。

资产阶级新贵族从何而来？一是实行资本主义生产制度的旧贵族、旧官僚群体；二是资本家大商人，他们通过买官、买贵族头衔的形式来获得政治地位。

但是儒家思想统治根深蒂固，社会排序士农工商，商人的政治地位低下，当他们买官鬻爵、得到政治地位之后，第一目的就是想尽办法捞回本，这就导致这批人根本不可能成为资产阶级新贵族。

旧贵族旧官僚群体呢？对他们来说他们并不缺钱，由于他们地位更高享有特权，因此他们不仅可以从朝廷手里领到薪俸和赏赐，更重要的是他们通过贪污腐败、刮地皮就可以得到更多的金钱，为什么还要去从事商业？

第二：传统农耕思想浓厚，商人们在赚到钱之后首先想到的并不是继续投入扩大生产规模，赚取更多的利润，而是先买田置地，建起大宅。

没有充足的资金投入，生产规模就无法扩大，生产技术也就无法改进，生产效率也就无法提高，因此资本主义萌芽也只能是资本主义萌芽，没有资金的注入就绝对无法茁壮成长。

第三：就算隆庆开关，实际也只是开的一条缝隙，海外贸易相对有限，只有福建海澄的月港被作为唯一的开放"特区"。

沿海所有对外贸易的商船都必须到这里办理繁琐的手续，并从这里装货出港、入港验货。所有船只都必须申领"船由"(船籍证书)、"商引"(也叫"文引"，营业执照)，才能出海。

这一制度发展到后来，甚至对出海船只的建造和运营实行总量控制，"东西二洋各限船四十四只"，严禁彼此间越境贩贸，出海后逾期未归者， 即使证件齐全，"仍坐以通倭罪" 。

当然明朝确实通过隆庆开关获得了大量的资金，在1567年到1644年这段时间，海外流入大明朝的白银总数大约为3亿3千万两，相当于当时全世界生产的白银总量的三分之一，但这些白银最后都转化成田地房产了。

第四：明朝后期的政局实际上已经非常混乱，皇帝昏庸腐朽，朝政由宦官集团把持，宦官集团与东林党在朝堂上展开多种形式的斗争，锦衣卫、东厂等特务机构肆虐，没有几个人有心思去关系民间疾苦。

而且还遭遇了严重的自然灾害，老百姓饭都吃不饱，却还要交多种多样的苛捐杂税，导致诸多地区农民起义不断，时局不稳严重影响资本主义的发展。

所以说，明朝后期的资本主义萌芽终究还是胎死腹中，没能发展成为资本主义。