迁都北京，是清太祖的宏愿。清太宗皇太极继承太祖遗愿，将其视为实现统一全国的关键步骤，生前曾多次说过：“若得北京，当即徙都，以图进取。”这次出征之前，孝庄太后再次将太宗要迁都北京的话，宣示臣下。

清兵进占北京月余，脚跟已经站稳。多尔衮便于六月十一日，与诸王、贝勒、大臣等定议，建都燕京（北京）。遂派遣辅国公吞齐喀、和托及固山额真何洛会等携奏章回盛京迎驾。奏章中称：“仰荷天眷及皇上洪福，已克燕京。臣再三思维，燕京势踞形胜，乃自古兴王之地，有明建都之所。……皇上迁都于此以定天下……伏祈皇上熟虑俯纳焉。”

摄政王以“臣”的身份，向皇帝上奏，请皇帝“俯”身采“纳”。皇太后和留守摄政王济尔哈朗替他做主“俯纳”，决定八月十五日起程。

迁都之前，要做两件事：一是派人统兵镇守盛京。盛京为清朝发祥龙兴之地，满族的故乡，东北的最大城市，并有满洲贵族的祖宗陵墓和大宗房地家产，迁都之后改称“陪都”，仍保留除吏部以外的政府其他机构。其地位相当重要。八月初二日，任命内大臣何洛会为盛京总管。何洛会是多尔衮的亲信。多尔衮有意任命他为盛京总管，特派他同吞齐喀等前来迎驾。皇太后见派来的人中，唯有他当过固山额真，有统兵和管理才能，便由顺治帝任命他担此重任。

二是安葬太宗皇太极宝宫（骨灰罐）于昭陵（今沈阳北陵）。八月十一日那天，摄政和硕郑亲王济尔哈朗，陪同顺治帝，率和硕亲王以下、牛录章京以上，齐集山陵殿前西阶。皇太后率皇太极众妃及公主格格、和硕福晋以下，镇国将军、固山额真、尚书等官以上命妇，俱集东阶。皇太后率众妃及公主等，来到殿内正中皇太极宝宫前，举哀，跪献三爵，行三叩头礼。这是两宫皇太后与已故丈夫灵柩的最后告别。内大臣辅国将军锡翰等，奉宝宫进宝城（墓室），奉安于地宫正中宝座上。葬毕，陈设祭物，皇太后、众妃，及诸王、官员，献爵，行祭礼。

迁都起程时间比预定的晚五天，于八月二十日，大队人马出发，顺治帝福临居于前列，两宫皇太后及皇眷继之，两黄旗拱卫御营四周。其他各旗随于其后。络绎不绝，一路向西行。行动缓慢，全程共1600余里，要一个月的时间才能到达目的地。二十八日，来到魏家岭关，从这儿拐向正南，经过广宁、塔山、宁远等地，九月初九日入山海关。十日，皇帝就纪律和政策问题，向地方官员发布训谕说：你们所属的地方兵民，孤寡贫苦者，多加抚恤，各安其心。随后我军搬移家口将接踵而至，各有章京统领。你们要通知商民，不得在城内交易，只在城外互市，以免扰民。“如有抢夺者，可即拿送该管章京，勿徇情面。”这是清朝皇帝首次授权地方官制止旗人的非法活动，但还不能自行依法责罚，需交其领导者章京处理。

九月十二日，行进至永平府。知府冯如京、副将张维义率文武官员出城迎驾。顺治帝赐食，并就“逃人”（指逃亡的八旗奴仆，大多是被掳的汉人）问题发一训谕，说：你们各自安心关爱所属军民人等，爱养孤贫，使之各得其所。另外，必须严査属下，“遇有逃人，立即抓获解送京城，如果隐匿不解，被原主认识，或被旁人告发，所属官员从重治罪，窝逃者置之重刑”。并将此训谕传达山海关方面，通知各自属下执行。九月十四日到达丰润县，又重申这一训谕。说明此时奴仆逃亡增多。

不言而喻，这些训谕是皇太后和郑亲王主持发布的。

距北京越来越近。九月十八日到通州，多尔衮亲率诸王、贝勒、贝子、公及文武群臣赴通州迎驾。顺治帝派人赐给摄政和硕睿亲王一匹鞍马。多尔衮跪受之后，偕诸王到通州城外临时搭起的行殿附近，跪候皇帝大驾通过。皇太后和顺治帝进入行殿升座。两宫皇太后并列，坐于正中偏西，顺治帝坐于正中偏东。多尔衮率诸王、贝勒、文武官员先到皇太后面前行三跪九叩头礼，然后到福临面前，再行三跪九叩头礼及抱见礼。众汉官也随同行礼然后退下。见面仪式完毕，略事休整，全体动身入京。九月十九日下午两点左右，福临车驾从正阳门（今北京前门）入紫禁城，暂时随母后住在东北角破坏较小的宁寿宫内。

顺治帝还在迁移途中，北京就已开始准备登基大典有关事宜。一年前的八月二十六日，福临已在盛京登基即帝位，那时，清朝仅据东北一隅，尚无全国统治权。清军“入定中原”，取代明朝统治全国。通过在新首都举行登基大典，以法律程序确定清朝皇帝为天下共主，清王朝取代明王朝主宰全国；宣布江山易主、改朝换代。

顺治元年（1644年）十月初一日，正式举行顺治皇帝登基大典。唱主角的是7岁的福临。仍用大清国号、顺治纪元，遵从原有章制。皇太后根据皇太极生前在盛京皇宫大清门处理政务的经验，精心设计、安排了御门听政仪式。顺治尚未亲政，仪式只是一种象征，其目的在于教导幼子，要以朝廷政务为己任。后来顺治亲政，将到乾清门听理政务定为制度，即御门听政之制。

同日，以多尔衮奉命代理幼主率军入主中原之功，封其为“叔父摄政王”。十月十三日，加封和硕郑亲王济尔哈朗为信义辅政叔王。两人的权力、地位距离进一步拉大。

登基大典后，即派出大军进军陕西，征讨大顺军；渡黄河，征讨南明弘光政权。大清政权安定北方，统一全国的征程开始。