1954年，政治学院宣告成立。那么，谁将担起院长的重任呢？身为政工出身的罗荣桓，自然而然地成为了院长，而肖华则担任第一副院长。罗荣桓不仅是院长，还是总 political 部主任、总干部部部长以及最高检察院检察长等多重职务，可说是分身乏术，工作十分繁忙，同时还需应对健康问题。

作为第一副院长，肖华的主要精力也集中在总政治部，政治学院的日常事务究竟由谁负责呢？经过对军队干部的认真审核，罗荣桓最终决定任命莫文骅为东北军区政治部主任，而他正是合适人选。

莫文骅与罗荣桓早在红军时期便相识，解放战争时期，两人建立了直接的上司与下属关系。他担任着纵队政委和兵团政委，始终在罗荣桓的领导下开展工作。两人之间的合作默契，为后来的工作打下了良好的基础。

1954年，在全军高级干部大会上，六大军区和六大中央局需进行撤销，并进行大规模的干部调动。当莫文骅在北京参加会议时，老搭档肖劲光来到他身边，向他征求意见，请他担任北海舰队的司令员。经过考虑，莫文骅表示同意。然而，肖华与罗荣桓同样也希望他能够继续留在政治工作岗位，发挥他丰富的政工经验。

作为大军区级的政治学院，罗荣桓的工作事务繁多，通常采取“抓大放小”的管理方式，而肖华则仅是名义上的副院长，并未深入具体工作。因此，政治学院迫切需要一位能够主持日常工作的副院长。

莫文骅不仅经历丰富，而且还是经过正规军事训练的指挥员。在投身革命之前，他考入了黄埔军校南宁分校，后来在红军时期担任红军干部团政治部主任。干部团与四方面军合并组成红军大学后，他又担任上干队的政委以及红军大学的政治部主任。随着红军大学改编为抗大，他再次担任抗大的政治部主任。在处理教育事务和具体的政治工作方面，他都是首屈一指的选择。为此，罗荣桓多次与他沟通，尽力打消他的顾虑。

政治学院的主要任务是培养军队中高级干部，提高马列主义的理论素养。在罗荣桓和莫文骅的共同领导下，学院秉承并发扬了红大和抗大的光荣传统，得到了毛主席和八位元帅的认可与支持。

到了1961年，罗荣桓和肖华不再兼任政治学院的职务，莫文骅顺利地接任了院长。尽管他已就任院长，但在学院工作上，依然保持与罗荣桓的请示和汇报。这显示了他对前辈的尊重以及对于学院工作的审慎态度。

然而，到了1964年，由于军队院校的整风运动，莫文骅遭受到了一些人的攻击。有人批评道政治学院缺乏政治性，甚至指责莫文骅不知天高地厚，对他展开了长达几个月的批斗，甚至因为一本《红军第7军简史》被指控，诬陷和诽谤他人。

在批斗时，往往难免翻旧账，甚至那些多年之前已做出结论的事件也能被重新审视和否定。最终，在1965年，他被宣布撤销院长职务，但他对此保留异议，认为与事实并不相符。

在1966年，莫文骅被调至福州军区担任副政委，然而一个月后，他的调动被叫停，随即被通知留在北京，表明其问题可能会得到平反。经过复查，最终撤销了对他的处分，恢复了他的院长职务。可惜的是，刚接任院长的他，便因大运动的爆发再次中断了工作，直到1975年才得以恢复工作。