洪武元年闰七月二十八日丙寅（公元1368年9月10日），明朝的两位名将，徐达和常遇春，率领大军攻陷了通州，大都的命运顿时岌岌可危。元顺帝在大都城内的危急时刻急忙召集了大臣们，匆匆向他们宣布了自己的逃亡计划。作为成吉思汗的后代，元朝的统治阶层中虽有人心散漫，但也不乏忠心赤胆之人。

面对明军的猛烈攻势，元顺帝的重臣哈剌章首先站出来坚决反对出逃，他严肃地对元顺帝说道：“如果陛下一离开，都城便难以保全。请以金宣宗南奔的历史为鉴，决不可轻易放弃，我们必须坚守直到援军到来。”此外，中书左丞相庆童也表示，他早已做好为国捐躯的准备，坚决要求死守大都。他郑重其事地说：“我已知死所，如何还谈得上其他？”然而，面对这些要求死守的忠臣，元顺帝的回答却显得冷酷而果断：“到了这个时候，我难道还要像当年的宋徽宗与宋钦宗那样，去当别人的俘虏吗？（今日岂可复作徽、钦？）”当晚，元顺帝在恐慌和惊惧之中，决定北逃，终于在八月十五日逃到了上都，心中的大石才算落下。

上都，位于今内蒙古锡林郭勒盟，四周被龙岗丘陵、砧子山等天然屏障环绕，拥有极为得天独厚的地理优势。从忽必烈时期起，这里便是蒙古帝国的军事与政治重镇，蒙古贵族辛勤经营的“堡垒”。上都地势高地，既能抵御外敌的进攻，也便于其往来。元朝实施两都制，大都代表了控制中原和南方的权力，而上都则是掌控漠北与西域的关键。

元顺帝作为元朝的末代皇帝，曾在位长达三十五年，创下了在位最久的纪录。尽管《元史》评价他为“亡国昏君”，但元顺帝并非一个完全沉溺享乐、无所作为的君主。生于忧患，他的本名妥帖睦尔，是元明宗的长子，尽管命运多舛，年幼便被迫流放至高丽，但在父亲被叔叔文宗杀害后，妥帖睦尔终于在1333年继位成为元朝的君主。

登基后，元顺帝面对文宗遗留下的权臣势力，虽在右丞相伯颜的帮助下清除了旧权臣，但这并未能长久，伯颜又开始专权，元顺帝不得不联合另一位丞相脱脱，除掉了伯颜，彻底掌握了朝政大权。元顺帝一度改革，恢复科举制、整顿社会风气、发展农业，并通过大规模水利工程如疏浚黄河等措施，为国家稳定做出了贡献。元顺帝的聪明才智也表现在他精通建筑技术，设计了宫殿和创新的自动报时器“宫漏”，极具科技感，甚至有人称他为“科技奇才”。

然而，随着时光流逝，元顺帝逐渐陷入了沉迷享乐的状态，丧失了对政事的关心。他的改革开始失败，官僚腐化、民众疾苦，使得元朝的局势愈发动荡。元朝的“定海神针”——脱脱的失势，标志着朝廷已经无法再有效地治理国家。至元十四年，张士诚起义风头日劲，各地反元力量蜂拥而起，最终元朝的统治逐渐瓦解。

当元顺帝逃至上都时，他面临着严重的内外压力。为了保全自己，他在上都积极布防，提升了忠诚将领乃蛮台的职务，并加强了防卫力量，还指派高丽王派兵支援。尽管他在上都稍作喘息，但局势依然严峻。他任命扩廓帖木儿为齐王，也速为梁王，寄希望他们能带领蒙古军队收复失地，但明军的反击迅速且致命。尤其是徐达、常遇春等将领的援军，使得蒙古军队遭遇惨败，扩廓帖木儿不仅未能收复大都，反而丢失了山西。

到了洪武二年，明军一波接一波的进攻让元顺帝无路可退。6月13日，经过长时间的观望和焦虑，元顺帝终于决定放弃上都，带着数名大臣逃往应昌——一个距离上都大约100公里的地方。此地位于今天的内蒙古克什克腾旗，距离和林仅千余里，地理位置相对优越，可以作为后续战略的跳板。

然而，在应昌，元顺帝面临着一个艰难的选择：继续向北逃往和林老巢，抑或留在应昌，等待局势的发展。逃回和林意味着元朝的政权彻底退出中原，甚至被迫承认蒙古的祖地。然而，如果不逃回和林，他又能否对明朝发动有效的反击？正当他犹豫之际，明将薛显带领大军逼近，使得元顺帝的局势更加严峻。最后，随着扩廓帖木儿的败北，元顺帝再一次被击垮，最终在应昌病故，留下一个衰败的政权。

元顺帝去世后，他的儿子爱猷识理达腊继位，继续以“大元国号”统治，建立北元政权，尝试恢复蒙古的辉煌。但这个新政权并未能恢复元朝的昔日威风，最终在1402年被鞑靼所取代。历史学者对此有不同看法，一些认为元顺帝的逃亡并不意味着元朝的彻底灭亡，而是其政权的转移；另一些则认为，元朝在顺帝出逃后的实际统治就已终结。

朱元璋深知，元顺帝的北逃为自己的明朝建立提供了机会。虽然元顺帝的政权未能在中原维持，但他仍在漠北保有一股力量。明朝在建立后，承认了元朝的历史地位，并通过多次外交表态维持了与北元的特殊关系。朱元璋通过发布公文，肯定了元朝的正统性，标榜自己的胜利为“天命所归”，同时巧妙地利用这一点赢得了各方支持。

这种复杂的南北政权对峙局面，与历史上许多类似情况如宋辽、宋金对峙一样，展示了中国历史上政权更替的微妙关系。两国虽然相互对峙，却也保持了一定的相互尊重和合作。而这种对峙局面，也延续了近两个世纪，直到后金的崛起将其彻底终结。