五四运动后不久，胡适曾在多个场合推荐并高度评价过孙中山的《孙文学说》，称孙中山的《实业计划》为“远大的计划”，并对此表示赞赏。中山先生也十分关注胡适的言论，并且对胡适的观点表示支持与赞许。然而，仅仅过了三四年，胡适对孙中山的看法却发生了显著的转变。

1922年6月16日，广东的军阀陈炯明发动了武装叛乱，炮火轰击总统府，企图置孙中山于死地。孙中山在这场暴乱中仓皇逃命，午夜时分登上楚豫舰，次日又转移到永丰舰，最终被迫逃往上海。这次叛乱无疑是孙中山一生中遭遇的最惨重的一次失败，他曾伤感地表示：他为民国奋斗了近30年，经历了无数生死存亡，失败的次数不胜枚举，但如此惨烈的失败，还是头一回经历。他完全没想到，自己精心培养多年的部属陈炯明，竟会如此“阴毒”，蓄意将他置于死地，背叛了他和国家，甚至对民众带来了巨大的灾难。尽管孙中山一贯宽容仁爱，从不轻易苛责他人，但对陈炯明的行为，他却愤怒至极，难以抑制心中的怨恨。“罪恶累累，难以宽恕”这句话，无疑是孙中山心情的真实写照。

然而，仅仅九天之后，胡适却在《努力》周报上发表短评，竟然赞扬陈炯明的叛变为“革命”，在胡适笔下，孙中山反倒成了“倒行逆施”的政治人物，失去了民心。胡适不顾事实，甚至把孙中山遭遇炮击、仓皇逃命的事件反过来加以歪曲，称其为准备炮击广州城的罪犯。而陈炯明反而被赞为“革命”的英雄，他的叛乱似乎变成了为“建设新广东”做出的伟大贡献。

陈炯明的叛变行为很快遭到其他媒体的强烈谴责，而胡适却用道德伦理为自己辩解，提出质疑：如果国民党推翻袁世凯的统治被视为革命，那么吴佩孚推翻段祺瑞的政权是否也是叛逆行为？他甚至拿陈炯明与那些推翻不公政权的人相提并论，称其背叛孙中山与蔡锷推翻袁世凯毫无二致。胡适通过这种极端的比较，把孙中山与袁世凯这种窃国大盗相提并论，显然是在抹黑孙中山的历史地位。

紧接着，1922年8月15日，孙中山在上海发表声明，表示将扫灭陈炯明的叛军，绝不允许其继续危害广东乃至国家。胡适又指责孙中山“胸襟狭隘”，认为他因个人恩怨而欲报复陈炯明，反而加剧了广东的动荡与混乱。胡适甚至在一年后继续表示，孙中山对陈炯明的复仇心态，导致了广东的“糜烂”，似乎一切乱局的责任都应归咎于孙中山。

然而，陈炯明的叛乱最终以失败告终。1923年1月，孙中山通电讨伐陈炯明，滇桂联军迅速攻占广东，陈炯明的叛军迅速瓦解，最终陈炯明逃离广州。2月，孙中山返回广州，重新建立大元帅府。对于这一重大胜利，胡适的《努力》周报却对此保持沉默，没有任何报道。

1924年，冯玉祥在北京政变中倾向于支持革命，邀请孙中山北上共商国事。孙中山于11月离开广州，经上海赴北京，并发表《北上宣言》，提出召开“国民会议”以解决中国的统一与建设问题。然而，段祺瑞却提出召集“善后会议”，与孙中山提出的国民会议直接对立。

1925年1月1日，段祺瑞发出通电，宣布召开“善后会议”，许世英于1月4日邀请胡适参加。胡适在2月1日出席了在北京召开的“善后会议”，并为段祺瑞政府背书。在会议上，环境混乱，议题荒谬，甚至有复辟党成员当选为会长，会议成员在国家财政困顿的情况下，还能领取高额酬金。胡适的学生陈彬对此表示失望，劝胡适退出这一场面，胡适最终被迫宣布退出“善后会议”。

同年3月12日，孙中山在北京因病去世，他带着对“善后会议”的愤怒与遗憾离开了人世。