1875年，左宗棠攻陷了甘陕叛军最后的堡垒、河西走廊上的重镇肃州（酒泉），至此一场为时10余年，上千万人口遇难的叛乱终于结束，随着甘陕两省的底定，特别是清军打通了河西走廊，与新疆得以连为一体，于是收复新疆逐渐被提上了清廷的议事日程。

彼时，新疆已经沦陷10多年，占据新疆的是人称“中亚屠夫”的阿古柏，此人系中亚浩罕国（今乌兹别克斯坦一带）的一名军阀，后来浩罕国被沙俄攻灭后，因为打不赢俄军，恰好大清帝国的新疆出现了叛乱，于是趁着新疆叛乱来到新疆“创业”。凭借着英属印度殖民当局的支持，阿古柏迅速就侵占了天山以南地区，之后越过天山，相继占领了乌鲁木齐、玛纳斯、古牧地等北疆重镇，并几次攻击清军在新疆最后的据点巴里坤大营，幸而有清军名将何琯以及徐学功、赵兴体、孔才（关外三义士）等汉人民团的抵抗才使得清军保住了这个“桥头堡”。但阿古柏依旧占领了除伊犁外（沙俄趁新疆大乱出兵侵占了伊犁）的所有北疆地区，整个新疆全部被其侵占。

阿古柏在新疆实行残酷的统治，每天都有大量的各族人民被屠杀，新疆各族人民早就翘首以待期盼着朝廷大军早日前来收复失地。如今甘陕底定、太平天国和捻军也被镇压，而且在这一系列的战斗中，清军的战斗力也得到了锻炼、勇武善战的军事作风得以恢复，清廷也得以腾出手来解决阿古柏问题。因为新疆地近甘陕，对甘陕局势了如指掌的左宗棠自然成了收复新疆的不二人选。

就在左宗棠收复肃州后，清廷就下诏任命左宗棠为钦差大臣、督办新疆军务、陕甘总督如故，全权负责负责收复新疆的具体事宜。而那支长年奋战在甘陕前线的清军劲旅也成为了收复新疆的主力军。左宗棠接到诏令后，没有急于出关进攻，而是命令清军暂时休整，毕竟打了这么多年仗，是要休整一下，恢复战斗力了。同时，积极筹备西征大军的粮饷，派出侦骑到新疆侦查情况，以做到知己知彼百战不殆。此外在兰州新建兵工厂，仿制洋枪洋炮使得清军的装备火力得到很大的提升。

经过一年多的准备，西征大军已经是兵精粮足、士气旺盛。1876年4月，左宗棠在肃州（今酒泉）誓师出征，麾下有刘锦棠、徐占彪、金顺、张曜这些久经沙场的百战名将，清军总兵力4万人，左宗棠带着这支精锐的清军浩浩荡荡杀向阿古柏军，一场收复新疆的光荣战役就此拉开序幕。

针对新疆的地理环境和阿古柏的兵力部署，左宗棠制定了“先北后南，缓进急战”的战术，左宗棠以湘军名将刘锦棠为前敌总指挥，率领所部二十五营湘军（老湘营）为进攻主力；以川军悍将徐占彪率五营川军增援巴里坤大营，保护清军的粮道安全；以八旗悍将乌鲁木齐都统金顺率所部八旗骑兵为总预备队，以广东提督张曜率嵩武军驻守哈密一带，防止阿古柏军向东进袭。左宗棠将收复乌鲁木齐作为清军收复新疆的突破口，而要收复乌鲁木齐必先攻克乌鲁木齐的门户古牧地，于是清军与阿古柏军的第一次对决古牧地之战正式打响。

因为是第一次交锋，战役成败将直接影响清军收复新疆的士气，左宗棠格外重视，临战前，左宗棠专门叫刘锦棠、金顺以及徐学功、赵兴体、孔才等人商讨进兵方略，并着重强调要团结、要配合、不能互相拆台。防守古牧地的是之前从肃州逃出来的甘陕叛军白彦虎和阿古柏部，总计6000余人，进攻的清军总兵力在1万上下，双方兵力上清军略占优势；叛军的装备大多是英属印度殖民当局提供，比清军进口仿制的洋枪洋炮略占优势，总的来说是势均力敌。

1876年7月21日，刘锦棠率前锋抵达古牧地，因为各路清军是分进合击，刘锦棠到达古牧地时，金顺还没到，白彦虎敏锐地发现刘锦棠只有几千人，于是主动向刘锦棠发起进攻，结果白彦虎再一次为了自己的轻敌买了单，在与清军的会战中，被刘锦棠打的大败，不得已只得退回城内固守。

之后金顺率军抵达古牧地战场，8月10日，刘锦棠与金顺合兵，继而对古牧地发起总攻，至8月17日，清军攻入古牧地城内，清军阵斩阿古柏部将绷塞奇、玉只巴什及白彦虎部将王治、金中万、马十娃等主要将领，除白彦虎带着少数随从逃出古牧地外，6000余名叛军被全歼。因为这些叛军曾经屠杀过乌鲁木齐满城中的八旗军民，金顺对投降的千余名叛军也毫不客气，全部拉出去斩首，清军收复古牧地，通往乌鲁木齐的大门向左宗棠打开。

古牧地之战后，北疆叛军早就吓得心惊胆战，刘锦棠遂乘胜追击，在5天内，连克乌鲁木齐满城、乌鲁木齐汉城、昌吉、呼图壁4城，一战奠定北疆胜局，此后叛军称其为“飞将军”。