军统，全称国民政府军事委员会调查统计局，起初是复兴社特务处，隶属于民国军队。这个机构由军队高级将领担任局长和副局长，负责特务工作。最著名的副局长是戴笠，他被称为“戴老板”，在军统工作时，局长虽然名义上存在，但实际上并不干涉日常事务。后来，军统在民国后期被拆解，部分改编为国防部二厅，特务部分则成了国防部保密局。

中统，全名中国国民党中央执行委员会调查统计局，前身是国民党中组部党务调查科，隶属于国民党党务系统。像军统一样，中统也是由国民党党务系统的高官担任局长、副局长。中统的局长曾由国民党中央党部秘书长朱家骅兼任。到了民国后期，中统改组为党员通讯局（党通局），该局在国民党内部继续保留，但大部分职能被下放到政府部门。1949年，党通局转隶内政部，并更名为内政部调查局。由于党通局局长叶秀峰的特殊情况，党通局的工作基本上处于空转状态。

蒋中正迁往台湾后，开始为蒋大公子的接班做准备。为了加强蒋大公子的权力，蒋开始重新整顿特务机构，原来的“国防部保密局”和“内政部调查局”经历了大规模的调整。调整后的组织由蒋大公子掌控，并加强了对台湾地区的特务系统控制。1956年，“内政部调查局”转隶“司法部”，而“国防部保密局”被拆解并重组为“国防部情报局”，并与特种情报室合并，最终形成了“国防部军事情报局”。

那么，军统和中统有什么不同呢？

首先，两者的隶属不同。军统隶属于军队系统，主要由军队高级将领管理，特务多穿军装；而中统隶属于国民党的党务系统，并不直接归政府或军队管理。

其次，两者的权力背景不同。在民国时期，虽然中统的创始人是陈果夫和陈立夫兄弟，他们掌控了党务系统，然而，军统在抗战中逐渐占据上风，尤其是在情报收集和特种作战中发挥了重要作用。中统的影响力开始受到削弱，尤其在抗战期间，军统作为政府的主力情报机构发挥了主导作用。

关于与蒋中正的关系，两者都直接隶属于蒋的亲信。军统由“黄埔系”成员戴笠控制，戴笠对蒋极为忠诚，因此，军统几乎完全由蒋掌控。而中统虽然也受到蒋的支持，但由于陈果夫和陈立夫兄弟的强大势力，蒋要完全控制中统变得相对困难。

在抗战后期，蒋通过加强军统的势力并压制中统，开始实行相互制衡的策略。军统得以迅速膨胀，甚至扩展至警察系统和军队之外，逐渐成为蒋的最重要特务机构。

随着蒋的儿子蒋经国的接班计划逐步展开，蒋决定将特务机构交给蒋大公子。为了确保蒋大公子的顺利接班，军统和中统都被拆解和重组，特务系统最终被交给了蒋经国。

总的来说，军统和中统的设置，实际上是蒋采取的一种权力平衡策略。军统代表着蒋的军事和情报控制，而中统则代表了国民党党务系统的势力。通过两者相互牵制，蒋确保了自己的统治地位，并为接班人蒋经国铺平道路。