在1690年，清朝与准噶尔汗国在萨里克河附近的乌兰布通展开了第一次大规模的战斗，史称乌兰布通之战。此战中，清军成功击败了准噶尔的骑兵，粉碎了准噶尔汗国吞并漠北喀尔喀蒙古（即外蒙古）的野心。这一胜利不仅让清军的战斗力震慑了喀尔喀各部的王公头领，还促使他们表示愿意效忠大清帝国。随后的1691年，康熙皇帝在多伦诺尔与内外蒙古的贵族们举行了盛大的会盟，史称多伦会盟。会上，康熙帝为喀尔喀蒙古的王公们册封了不同的爵位，使得喀尔喀正式成为大清的臣属，从而大清的政令得以顺利通行漠北。

此后的几十年里，清军与准噶尔的战斗不断，喀尔喀各部也积极参与，特别是在1732年雍正十年时，喀尔喀名将博尔吉济特·策凌带领万余名牧民协同清军，在光显寺一战中，成功击败了准噶尔的3万精锐骑兵，扭转了局势。自康熙二十九年（1690年）至雍正十年（1732年），这42年间的清准战争加深了喀尔喀与大清帝国的深厚友谊。

在这段时间里，清朝越来越重视喀尔喀的战略地位，因此在1733年，雍正帝在喀尔喀设置了定边左副将军，驻扎乌里雅苏台（今蒙古国扎布汗省首府），并任命博尔吉济特·策凌为首任将军，俗称“乌里雅苏台将军”。乌里雅苏台将军统辖喀尔喀四部，也就是土谢图汗部、赛音诺颜部、车臣汗部和札萨克图汗部，同时还包括厄鲁特和辉特两部。乌里雅苏台将军因此成为了大清帝国在漠北的实际统治者，类似“漠北王”。喀尔喀的地理位置决定了它是北京通往西域（新疆）的重要通道，清军在与准噶尔的战争中常常从这里出兵。

1755年，乾隆帝发起了对准噶尔汗国的灭国战争，清军从喀尔喀与陕西甘肃南北两线对进，仅半年时间就击败了准噶尔汗国。随后的几年里，清朝又陆续平定了阿睦尔撒纳之乱和大小和卓之乱，终于在1759年彻底平定了西域，西域自此重新纳入中国的版图。乾隆二十六年（1761年），他为避免乌里雅苏台将军权力过于集中，增设了库伦和科布多的民政及参赞大臣，并保留乌里雅苏台将军对漠北军队的指挥权，确保了军事上的统一。

自从设置了乌里雅苏台将军，漠北地区便完全置于清朝的管辖之下，成为了清廷的一个重要军事区域，直到清朝灭亡前，漠北一直处于稳定状态，被称为草原的“守护神”。然而，随着1911年辛亥革命爆发，漠北的哲布尊丹巴宣布“独立”，并在同年12月驱逐了清朝的末任乌里雅苏台将军。1912年，清朝灭亡，漠北也从此沦为他国的领土，失去了与中国的联系。