在清代，尚书通常被认为是一个部的首脑，但由于实行满汉双轨制，很多人认为满族的尚书才是部的真正负责人，而满汉左右侍郎则是从属角色。然而，在文献中，无论是尚书还是侍郎，不分满汉，都被称为“堂官”，因此，满汉的两个尚书和四个侍郎合起来，就是“六堂”。这表明，尚书和侍郎的地位是相同的，并不存在明显的上下级关系。

清代的六部是在皇太极时期建立的，当时由宗室亲王、郡王分管，这些亲王和郡王的地位和权势远远高于尚书和侍郎。入关后的顺治、康熙和雍正时期，六部仍有亲王、郡王负责的情况，但这种现象逐渐减少。而且，六部中的亲王、郡王很少涉及刑部的事务，因为刑部的工作专业性很强，缺乏法律知识的人很难胜任。 自雍正以来，更多的是大学士兼管六部事务，这样的安排逐渐成为常例。大学士管理部务的情况下，原来的“六堂”变成了“七堂”，即一个部有七个堂官。按照惯例，如果有大学士兼管，大学士就是部的最高长官。如果没有大学士，掌印尚书就成了当家的负责人。

值得注意的是，掌印尚书并不一定是满族人，有时因为满族尚书缺乏行政经验，汉族尚书反而担当起了实际管理的责任。在六部中，刑部的情况最为特殊，因为该部门涉及大量法律事务，很多时候满汉尚书都不具备足够的司法专业知识。尤其是在处理重大刑事案件时，侍郎往往更有发言权，因此刑部的实际管理权，往往由在刑部有丰富经验的人员掌控。

大部分时候，六部的堂官由资历和地位较高的尚书当家，尤其是满族尚书更常担任这一职务。然而，刑部是个例外，甚至连排名较低的汉族右侍郎，也有可能因业务能力强而掌管刑部事务。其他五部则大致遵循等级制度，满族尚书、汉族尚书和满汉侍郎的顺序排列。 清代的尚书和侍郎是平行的职位，互不隶属，唯一的区别是品级和排名。例如，在道光十二年的刑部，有大学士卢荫溥管部，满尚书明山，汉尚书戴敦元，满左侍郎鄂顺安，汉左侍郎史致俨，满右侍郎恩特亨额，汉右侍郎戴宗沅。刑部七个堂官的排列顺序是大学士居中，满汉尚书各在左右，满汉侍郎分居次左右，符合等级制度。大学士通常被称为“中堂”。

然而，值得注意的是，按理说，左侍郎应排在右侍郎之前，但在实际操作中，满族右侍郎往往排在汉族左侍郎之前。这是因为清朝始终奉行“崇满抑汉”的政策，满族人的地位始终高于汉族人。 尽管有等级上的区分，清代六部实际实行的是集体领导体制，无论是满汉尚书、侍郎，还是大学士，他们都是部的负责人，区别仅在于品级和顺序。所有涉及重大的部务决策，必须由所有堂官共同签字才能生效。这种制度使得侍郎和尚书实际上在同一层级。 如果部务出现重大问题，所有堂官都将受到相应的责任和惩罚，这也表明了各部堂官间的责任共担，并且有满汉相制的意图。然而，由于每个堂官的资历、势力、个性和能力不同，实际的权力和责任分配也会有所偏差。

例如，一些临时被任命到六部的官员，他们的实际工作经验较少，更多的是将六部当作跳板，准备升任更高职务如军机大臣或大学士，因此这些堂官往往不承担实际的管理职务。

最后需要指出，尽管尚书和侍郎之间没有上下级关系，侍郎如果想晋升为阁员，必须先担任尚书一职。因此，从晋升机制上看，尚书的政治地位仍然高于侍郎。