东京审判是远东国际军事法庭对日本甲级战犯进行审判的历史事件。审判的对象包括东条英机、土肥原贤二、板垣征四郎、松井石根等在二战期间的日本军事及政治高层，这些人都因战争罪行被判处绞刑。然而，对于这一审判，许多日本人提出了质疑，认为这场审判充满了不公正与黑幕，远非公正的法庭审判。那么，这些日本人质疑的理由是什么呢？主要可以归结为三个方面。

首先，许多日本人认为，日本当年发动的那场战争并非侵略战争，而是一场充满正义与荣光的战争。对他们而言，所谓的“大东亚共荣圈”是为了东亚各国的解放，是一种旨在抵御西方列强侵略的伟大事业。日本认为，东亚和东南亚国家同属“儒家文化圈”，曾有过辉煌的历史，但进入近代后，西方列强的侵略行为将这些地方变成了殖民地。在这种背景下，日本提出了“大东亚共荣圈”的构想，宣称要驱逐西方列强，恢复东亚的独立与繁荣。尽管这一理论在历史学界早已被揭穿为日本侵略扩张的伪装，许多日本人仍坚持认为，战争是为了亚洲人民的解放，而非为了日本的扩张。更有甚者，像东条英机、土肥原贤二等战犯，在一些日本人的眼中仍被视为“英雄”，应当受到崇敬，而非被审判。这种情感在日本的“靖国神社”中得到了充分体现，东条英机等战犯至今仍被奉为“神明”，因此这些日本人认为，东京审判不过是一场不公正的审判。

第二，很多日本人认为，作为审判方的美国与苏联并不具备审判日本的资格。毕竟，早在日本发动侵略战争之前，美国和苏联等西方列强早已开始了对东亚、东南亚的侵略行为，给这些地区带来的伤害也并不逊色于日本。此外，美国为了取得与日本的战争胜利，采取了极端手段——向日本投下了两颗原子弹，导致数十万无辜民众死于非命，并给日本社会造成了深远的后果。在这样的背景下，许多日本人认为，美国在二战中的行为本身就值得审判，而非享有审判他国的权利。至于苏联，尽管日本与苏联曾签订了中立条约，但苏联在战争结束前撕毁了条约，出动上百万红军突然袭击日本的关东军，这一举动让日本不得不宣布无条件投降。因此，很多日本人认为，审判他们的美国和苏联，自己也是侵略者，根本不具备审判日本的道德与法律资格。东条英机在临刑前曾说过：“这只是一场胜利者的正义。”所谓“胜利者的正义”即指，战争的胜利者往往以自己的标准来决定什么是正义，而败者则往往成为受害者，这也是许多日本人认为东京审判具有偏见的原因。

第三，不少日本人认为，若要对日本进行审判，最应该审判的应该是日本天皇及其背后的官僚集团，而不是东条英机这些军人。国际上有一种普遍的看法——“军事是政治的延伸”，换句话说，发动战争的真正决策者通常是政治与军事领导层，而东条英机等军人不过是执行命令的工具。实际上，决定战争策略与政策的是以天皇为首的官僚集团，而东条英机等军人仅仅是执行这些决策的“棋子”。然而，在东京审判中，东条英机等军人被判处死刑，而天皇以及日本的政治与军事决策集团却没有受到任何审判。许多日本人认为这不公平，尤其是在天皇免于审判的背后有着美国的政治考量。美国当时深知天皇在日本民众心中的崇高地位，如果天皇也被审判，极有可能激起日本民众的强烈反抗，不利于美国在战后日本的管理。于是，美国决定放过天皇，让他继续作为日本的象征性领导者，以稳定民心。因此，许多日本人认为东京审判是一场政治审判，目的是为了实现美国的占领政策，而非公正地审判战犯。正如《东亚三国的近现代史》一书中所述：“免去天皇责任，无论在实际操作还是象征意义上，都大大削弱了东京审判的意义，表现出了东京审判具有的政治审判性质。”在日本民众眼中，东条英机等人不过是天皇及其官僚集团的替罪羊。

尽管日本人对东京审判提出了这些质疑，认为其中存在种种不公与黑幕，但无论如何，这些质疑并不能改变日本发动侵略战争的事实以及战争带来的非正义性。东京审判虽有其政治背景与复杂性，但也为战后世界秩序的重建提供了法律与道德的依据。