秦朝以其严苛的刑罚和残暴的统治闻名，这种高压政策激发了广大民众的强烈不满。而在秦代社会，最先显现出的矛盾便是在意识形态层面上逐渐激化。

一、焚书事件

秦始皇三十四年（公元前213年），秦始皇在咸阳宫设宴，仆射周青献辞称赞他废除诸侯制度，实行郡县制，树立了大一统的威望。然而，博士淳于越当场反驳，提出“事不师古而能长久者，非所闻也”的观点，重新引发了是否应恢复分封制的争论。秦始皇召集群臣讨论此事，丞相李斯毫不留情地斥责淳于越为“愚儒”，并指责当时的许多学者“不学现在而学古代，扰乱百姓”，认为这会威胁秦朝的统治根基。

李斯进而向秦始皇建议：“臣请命史官将非秦国记载的一切书籍焚毁，非博士官职所必需者，天下若有人藏有《诗》、《书》及百家言论，一律交给守卫官员焚烧。凡敢传诵《诗》、《书》者，弃市示众；用古书批评当世者族诛。若官员知情不报，同罪。若三十日内不执行焚烧，处罚黥刑。唯独医学、卜筮、种植之书可免。”秦始皇采纳了李斯的建议，下令焚毁大批典籍，同时禁止私学兴盛，这便是历史上著名的“焚书事件”。

实际上，“焚书事件”起因于当时地主阶级为了巩固自身权力，加强对思想的控制。原本支持分封制或郡县制的人，都希望秦朝能够实现长治久安，但李斯借机大力推动思想统一。焚书的结果适得其反，一方面对中华文化造成了巨大伤害，百家争鸣的自由思想遭遇沉重打击；另一方面，很多珍贵典籍被毁，而被保留下来的医药、卜筮、种树书籍反而未能流传至今。值得注意的是，儒家经典与分封制并无必然关联，汉武帝“罢黜百家，独尊儒术”后，也没有恢复分封制度，反而巩固了中央集权专制。

二、坑儒事件

“焚书”事件发生后的第二年，秦始皇便掀起了另一场震惊世人的“坑儒”事件。全国统一后，秦始皇迷恋长生不老的传说，寻求不死之药。许多方士迎合他的心愿，承诺能找到仙人和灵药。比如，齐国人徐福向秦始皇上书，称东海中有蓬莱、方丈、瀛洲三座仙山，藏有长生不老之药，秦始皇遂派遣数千童男童女随徐福出海寻仙，但他们一去不返。

公元前215年，秦始皇巡游至碣石，派遣燕人卢生寻访仙人，随后又派韩终、侯公、石生等人寻找仙丹妙药。有方士建议他秘密行动，避开恶鬼干扰，方能引来“真人”，取得仙药，秦始皇深信不疑，但最终未能得偿所愿。与此同时，方士们私下议论秦始皇，讥讽他以刑罚震慑天下，贪恋权势，根本无法求得仙药，遂秘密相约逃跑。秦始皇得知后大怒，下令将违反禁令的460余人活埋于咸阳，形成了“坑儒”事件。

有观点认为被坑者主要是方士，与儒生无关，但《史记·秦始皇本纪》载扶苏曾言：“诸生皆诵法孔子，今上重法绳之，臣恐天下不安。”由此可见，被坑方士中或有儒生。需区分坑儒与废儒的区别，秦始皇虽重法，但也吸收儒学以巩固统治。焚书坑儒与禁止私学虽在一定程度上统一思想、加强统治，却对中国古代文化遗产造成了无法估量的损失。