提到日本人的起源，大多数人首先会联想到一个古老的传说——徐福东渡的故事。传说中，秦朝时期，徐福带着三千童男童女前往蓬莱岛，为秦始皇寻求长生不老药。然而，由于种种原因，徐福未能完成任务，也未回到秦国，反而继续东行，最终抵达日本。于是，有人认为，最早的日本人可能就是徐福及其随行的人员。

那么，现代日本人的祖先，真的来自中国吗？这个问题的答案，要感谢一项颇为前沿的学科——分子遗传学。过去，科学家通过比较不同物种之间的相似性，来推测物种的起源。然而，这种传统方法存在一定局限性，尤其是在面对趋同进化的现象时。趋同进化是指生活在相似环境中的不同物种可能会进化出相似的特征，这使得单纯通过形态相似性进行比对容易得出错误结论。因此，分子遗传学为我们提供了一种更为精确的方式——通过基因的直接比对，揭示物种的历史与血脉。

通过分子遗传学的研究，科学家成功描绘出了日本人的发展脉络。大约3万年前，现代日本的四大岛屿上就已经有了人类的足迹。这些早期的居民被称为“绳文人”，而根据遗传学分析，绳文人的祖先很可能来自亚洲的北部地区。这一理论的依据之一，是在北海道出土的一位生活在3960至3550年前的女性的基因序列。通过对她的基因测序，科学家发现她拥有一种能迅速分解高脂肪食物的基因，这种基因在生活在北极的因纽特人中也非常常见，甚至70%的因纽特人都具备这种基因。这一发现暗示着，绳文人和因纽特人可能拥有共同的祖先，而因纽特人被认为是典型的蒙古人种。通过大量基因测序，科学家推测，绳文人和因纽特人可能都源自于亚洲北方的某个群体，最有可能的起源地是今天的蒙古地区。

这个时间段，大约是1.8万到3万年前，也恰好与全球进入冰川时期相符。在那个时代，许多地区的海平面都处于低谷状态，海水冻结成冰，导致沿海地区变成广阔的平原。在这样的背景下，渤海、黄海、东海等地都曾是大平原，而日本和亚洲大陆之间的隔阂并不显著，二者相互连通。因此，这个时期的“绳文人”可能是通过大陆桥——白令海峡进入日本的，就像是通过同样路径进入美洲的黄种人一样。

随着大冰期的结束，全球海平面逐渐上升，许多原本连接大陆的区域被海水淹没，绳文人便成了孤岛上的居民。然而，绳文人并不是现代日本人的唯一祖先。根据基因比对，现代大和族日本人与绳文人的基因只存在约12%的重合。大部分的基因来自于另一群人——渡来系弥生人，而弥生人的基因则与中国人尤其是北方居民有着高度相似之处。

科学家通过对渡来系弥生人及其与亚洲大陆居民基因的比对，发现弥生人和中国北方以及一些少数民族的基因几乎完全重合。这表明，弥生人很可能来自中国的胶东和辽东地区。这一说法也能通过中国历史文献得到印证。例如，《三国志》中记载了陈胜起义后，燕、齐、赵等地的民众纷纷逃往朝鲜，数万人避难。因此，许多科学家推测，从东周时期开始，直至汉朝，有大量来自中国北方的民众因战争和动荡流亡到朝鲜半岛，并最终乘船渡海到达日本。

这些渡来系弥生人与原住的绳文人接触后，带去了更加先进的武器和技术，开始在岛屿上逐渐占据优势。他们与当地的绳文人发生了竞争，慢慢地改变了日本的面貌，最终成为了现代日本人主要的基因来源。因此，现代日本人的血统主要由两部分组成：一部分来自大约1.8万至3万年前从亚洲北方东渡的“绳文人”，而另一部分则来自东周到秦汉时期，逃难到朝鲜半岛并渡海到达日本的渡来系弥生人。

考古学的发现也证实了这一点。根据对绳文人的考古研究，尤其是距今3200至2000年间的数据显示，绳文人的数量大幅下降，从约26万人减少到了仅剩8万人。这一现象与渡来系弥生人逐渐进入日本并主导社会的过程是相吻合的。

综上所述，我们可以得出结论，现代日本人的祖先源自于两波中国人。第一波人来自1.8万至3万年前的远古时期，那个时候中国的文明尚未成熟，先民们尚处于较原始的状态。第二波人则来自东周至汉朝时期的中国北方，他们带去了农耕技术、青铜器等先进文明，并与绳文人共同演化出了现代的大和民族。