秦琼是否参与了玄武门之变、他究竟是忠于李渊还是李世民，这些问题多年来一直没有一个明确且广泛认同的答案。然而，有一点是可以确定的：李渊给予秦琼的封赏，李世民既无力给出，也不敢给。上柱国是武将中最高的勋位，而国公则是异姓功臣能够获得的最高爵位（若要成为郡王，必须改姓李，例如燕郡王罗艺便改姓李）。李渊甚至一度考虑将徐世勣之父封为郡王，也首先赐姓李。然而，李世民显然无法提供更高的奖赏来回报秦琼。

如果我们深入查阅《两唐书》和《资治通鉴》，可以发现，在玄武门之变后，李世民和秦琼的关系陷入了一个复杂的三岔路口。李世民面临三条选择道路，而秦琼的选择也至关重要。这些选择要求较高的政治智慧。如果秦琼没有因为健康问题远离朝堂，李世民肯定会有办法将其排除。

在玄武门之变之前，尉迟敬德和程咬金已经表态忠心于李世民，然而秦琼却保持沉默。太子李建成推荐齐王元吉北伐，而首选的将领之一便是秦琼。建成和元吉显然想削弱李世民的实力，李渊对此心知肚明并默许，而尉迟敬德和程咬金也意识到了这个阴谋，并纷纷表示反对。这些在《旧唐书》和《新唐书》中的记载中都有详细描述。不过，奇怪的是，作为第一选将的秦琼，却没有表达任何反对之意。

《资治通鉴》对这一过程的描述与《两唐书》基本一致。元吉为了削弱李世民的势力，先是陷害尉迟敬德，随后又对程咬金展开陷害，甚至密谋刺杀。但令人疑惑的是，无论在玄武门之变前还是后，史书中并未提到李建成与元吉曾试图收买或陷害秦琼。倒是有密报提到，建成和元吉在背后暗谋，计划用暴力清除秦琼。

不同版本的《旧唐书》和《新唐书》对此的记载略有差异，尤其是告密者王晊的身份和可信度问题，至今尚无确凿的证据可以证明。然而，尽管有这些疑点，还是没有找到明确的证据表明李建成在玄武门之变前后曾打压秦琼。

在玄武门之变后，尉迟敬德获得了大量的赏赐和封号，成为从一品的吴国公，还升任右武候大将军。而程咬金也获得了巨额赏赐，不仅升为上柱国，还得到了金银珠宝等丰厚礼物。然而，秦琼的情况则完全不同。虽然他被任命为左武卫大将军，但并未在玄武门之变的十大功臣名单中出现，且所获封赏较为普通。秦琼的食邑也遭遇削减，这使得他在李世民即位后的表现更为低调。

在李世民登基后的几年里，秦琼因病常年未能上朝，直至贞观十二年才去世。尽管如此，他还是受到了特殊的待遇。李世民为秦琼修建了极为奢华的葬礼，甚至为其墓前立下石人和石马，这在当时其他异姓将领中是绝无仅有的待遇。可以看出，李世民似乎对秦琼的早期贡献有着深厚的感情，或许也有些许愧疚。

回顾李渊的禅让，类似汉代和魏晋时期的禅让，李渊虽然在六十岁时退位，但他的健康状况良好，且在退位后仍活了九年，表明他完全有可能再次复辟。在李渊统治期间，秦琼一直是他最为看重的将领之一，李渊也给予了秦琼巨大的赏赐，许诺了巨额黄金和土地。然而，李世民接手后，似乎已经没有更多的奖赏能够再给秦琼，毕竟，秦琼的忠诚早已得到了最丰厚的回报。

因此，秦琼无欲无求，他的忠诚不仅体现在对李渊的深厚感情上，还表现在他不愿过多干涉朝政。李世民在这方面的举措显得非常小心翼翼——尽管秦琼有军功、地位和财富，李世民始终没有给他安排更高的职务或封赏。

总而言之，秦琼的故事充满了复杂的政治博弈，既有忠诚与背叛的考量，也有权力与报酬的微妙平衡。李世民与秦琼的关系，最终成了两人如何在极为复杂的历史背景下维持和平与稳定的一个重要象征。