众所周知，镇压太平天国起义的主力部队为曾国藩组建的湘军，但湘军上层领导中真正有理论水平的人并不多，罗泽南算是其中最重要的一位。作为一名理学家，罗泽南坚决捍卫儒家的伦理纲常，对于胆敢挑战儒家伦理秩序的异教思想，罗泽南都对其大加批判。在太平天国运动爆发之前，对儒家思想冲击最大的还不是基督教，而是佛教。

罗泽南对上古三代所传道统和儒家的伦理纲常极为看重，所以当太平军进逼长沙之时，罗泽南才会挺身而出编练乡勇。儒家在政治领域提倡仁政、爱民等政治主张，北宋的张载有“民胞物与”的政治理念，西方的基督教也提倡“仁爱”理念，所以晚清时期的传教士经常用儒家经典去附会基督教教义，但是儒家士大夫只对同一阶级的人讲仁爱，对于起兵造反的拜上帝教教徒他们是丝毫不讲情面的。

对于基督教所倡导的“仁爱”理念，吴敏樹认为其与儒家的价值观有着本质的区别，从吴敏樹的论述中我们可以发现，儒家的“仁爱”是不能超越三纲五常的，而基督教则认为世人都是上帝的子民，所以基督教主张“众生平等”。晚清士大夫之所以将基督教视为洪水猛兽，原因就在于基督教教义中仁爱、平等之类的西方价值观念严重威胁了中国封建社会的统治秩序，所以士大夫们才会不遗余力地攻讦基督教。

虽然中国历朝历代的农民起义常用宗教组织民众，但太平天国信仰的拜上帝教是以西方的基督教为原型，经洪秀全等人改造而来的，拜上帝教与五斗米教、白莲教这些从道教、佛教中脱胎而来的“土宗教”有着本质不同，所以拜上帝教宣扬的价值观与中国封建社会传统的伦理纲常存在着巨大的冲突，这就使得晚清士大夫在面对太平天国起义时，有着一种“卫道”的责任感。

咸丰四年（1854），曾国藩发布《讨粤匪檄》，这篇檄文从维护儒家伦理纲常的立场出发，对太平天国《天朝田亩制度》中提出的政治诉求进行了批判，曾国藩认为儒家的伦理纲常是从上古三代传承下来的，是绝对不容挑战的，若有人胆敢挑战儒家的伦理名教就必须予以诛灭。

在捍卫儒家道统的感召下，罗泽南、胡林翼、彭玉麟等一大批儒集在了曾国藩的周围，并逐步形成了湘军集团。由于清王朝与太平天国政权在意识形态上存在着激烈冲突，这也使得太平天国起义带有几分宗教战争的色彩。虽然儒家文化讲求“仁政”、“王道”、“大同”等理念，但晚清士大夫在镇压太平天国起义时却十分残暴，因为在儒家士大夫的眼里，挑战儒家伦理名教的农民起义军已经由“民”转变为“贼”，对于“贼”只能痛加剿灭。

罗泽南详尽地阐述了维护儒家伦理纲常和暴力镇压农民起义的合理性，儒家士大夫尊崇张载“民胞物与”的价值理念，但是罗泽南认为一旦农民起义造反便不可将之视为同胞，必须将其诛灭。胡林翼在镇压农民起义一事上，与罗泽南持有相同看法。胡林翼认为对于农民起义绝不能手下留情，绝不能有宋襄公式的妇人之仁。曾国藩认为即便是上古三代的圣王，对于农民起义军也不会手下留情，自己镇压太平军是维护儒家纲常名教的正义之举，所以曾国藩才会放纵手下对太平军肆意屠杀，其“曾剃头”的诨号可谓实至名归。

在残酷镇压农民起义的同时，晚清士大夫们还在不断地神化清王朝的正统性，晚清的理学家们面对日益腐朽的清王朝依然固执地认为爱新觉罗家族仍然被天命所眷顾。吴敏樹认为“古今祸乱之作，常由于不信圣人，而妄称天命”，为了论证他的这一理论，吴敏樹通过上古三代圣王和王莽的例子力图说明天命的神圣性，他甚至借助神秘主义来证明普通人妄称天会落得个身死国灭的下场。

罗泽南也通过神话君主的权威来证明君主的权力神圣不可侵犯，罗泽南认为君主的权力也是上天授予的，所以君主的权力绝对不是凡人所能觊觎的。但是从晚清朝廷的腐败无能来看，晚清诸帝似乎并没有承担起上天给予他们的教养百姓的责任，可即便如此，当洪秀全发动起义挑战清王朝的统治时，晚清士大夫们依然选择维护清王朝的统治。其实晚清士大夫们维护的并不是什么天命，而是使他们享受荣华富贵的专制制度！

为了维护清王朝的统治秩序，晚清士大夫们极力地维护儒家的伦理纲常，他们希望通过教化百姓遵守专制社会的等级秩序来达到维护社会稳定的目的。他所谓的“道”就是指儒家的伦理秩序，他认为只有百姓都遵守儒家的“道”，社会才能长治久安。彭玉麟在平定太平天国起义后，对教化百姓极为重视，他曾将手抄的康熙帝《圣谕十六条》附于家谱之上，彭玉麟希望他的子孙后代继续践行他“致君尧舜”的抱负，从彭玉麟对家人的教导中不难看出他对儒家纲常名教的虔诚信仰。

在太平天国运动期间，清王朝利用上古三代崇拜将儒家士大夫阶级笼络在自己的政权之下，从而成功地镇压了太平天国起义。但是从湘军镇压太平军的累累暴行中不难看出，晚清士大夫阶级所要捍卫的上古三代所传道统与孔孟所称赞的上古三代时期的民本政治有着本质的区别，晚清士大夫真正要捍卫的其实是维护专制社会运转的等级秩序，儒家的仁义道德只不过是为了遮掩法家思想指导下的残暴统治而已。