司马懿的后人早已不存在。刘宋的建立者刘裕，在东晋灭亡时，已经彻底铲除了司马懿的家族。从此，司马懿的后代再也没有出现。尽管刘裕的手段非常狠辣，甚至有人为他的果断清除拍手叫好，原因其实不难理解。

东晋末年，局势动荡，公元401年5月，孙恩图谋从海路偷袭东晋都城建康，然而刘裕凭借少量兵力，以巧妙的战术，打败了孙恩，迫使其撤退。但这场乱局也让东晋朝廷疲惫不堪，富饶的三吴地区因战乱陷入民生困苦，百姓生活在水深火热之中。

此时，桓玄抓住机会，想要趁乱篡权。他做了充分的准备，将防守的重点放在东面，调动亲戚在重要地点驻守，并迁移蛮族、招募流民建立新郡。如此大规模的动静很快引起了朝廷的警觉，于是朝廷召集相关官员入京，以防万一。结果，桓玄竟然强行阻止，野心昭然若揭。

当时，东晋的权力集中在司马元显手中，桓玄的扩张野心引起了司马元显智囊张法顺的警觉。张法顺向司马元显建议，指出桓玄在荆楚一带的独霸行为，朝廷实际控制力有限，再加上孙恩之乱带来的困境，桓玄必定有图谋。张法顺建议趁桓玄未站稳脚跟，派刘牢之为先锋，司马元显亲自领兵，彻底消除桓玄的威胁。

就在司马元显计划采取行动时，曾在桓玄麾下谋生的庾楷，因为心中不满，主动联系司马元显，愿意做内应。然而，当张法顺找到刘牢之说明情况时，刘牢之态度模糊，没有明确答复。张法顺认为刘牢之不可靠，建议司马元显先除掉他，但被司马元显拒绝。

公元402年1月，司马元显开始了反击行动，公开宣布桓玄的罪行，调兵讨伐桓玄。桓玄见司马元显迅速出手，本想坚守江陵，但在长史卞范之的劝说下，他决定东下迎战。双方互相放出檄文，互相威胁，气氛紧张，给人一种非你死即我亡的感觉。然而，司马元显迟迟不敢下令开船，而桓玄内心也有不安，因为他明白自己以此谋反，且未得朝廷授权，直到未见朝廷派兵，他才鼓起勇气。

不久，桓玄的军队攻占历阳，俘获了豫州刺史司马尚之。而司马元显期待的刘牢之却按兵不动，甚至在桓玄的劝说下，刘牢之倒戈投向了桓玄。刘牢之的背叛让司马元显陷入困境，最终，司马元显与儿子被桓玄俘获。

桓玄进入建康后，掌控了东晋的大权，并展开了清算。司马元显父子等人被斩首，司马道子被流放并毒死。讽刺的是，刘牢之在被剥夺兵权后，曾试图反叛，但因为众多部下对其丧失信心，最终被孤立，并自尽。

桓玄清除异己后，准备称帝。公元403年11月，他逼迫司马德宗禅位，自己于12月3日正式登基，国号楚。此时，刘牢之死后，刘裕依靠自身的战功和在北府军中的高声望，投靠了桓玄，桓玄任命他为中军参军。 然而，桓玄的皇后刘氏很快看出了刘裕的非凡之处，劝桓玄早点除掉刘裕，但桓玄却想借助刘裕平定中原的乱局，于是忽略了她的劝告，并准备解散北府军，处决北府军的旧将。然而，刘裕早已暗中策划，准备推翻桓玄。公元404年2月，刘裕以打猎为名，聚集北府军残余力量起义，杀死了桓修，迅速传檄四方，得到各地响应。刘裕的军队迅速崛起，连战连捷，形势愈发不可逆转。 面对刘裕的强势，桓玄已被吓得六神无主。在焦虑和恐惧中，桓玄甚至尝试通过巫术来挽回局势，然而结果可想而知，他派出的军队接连败北。桓玄最终意识到大势已去，仓皇逃亡，连老部下也顾不上，逃亡途中被益州督护斩杀。 3月3日，刘裕进入石头城，建立了临时朝廷。此后，东晋的实权完全落入了刘裕等人手中，为了巩固自己的地位，刘裕开始收复失地，消除各方割据势力，最终实现了南方的统一。公元420年6月，刘裕逼迫司马德文禅位，东晋正式灭亡。刘裕称帝建宋，并毒死了司马德文，将东晋的所有司马家族成员一网打尽。 虽然刘裕的手段残酷，但后人并未因此责备他，反而大多数人都为他点赞。这是因为司马家族在历史上表现得极为腐败无能，导致了五胡乱华的灾难，险些让中原陷入土崩瓦解。像司马衷这样的无能皇帝，更是让司马家族的形象一落千丈。因此，对于这样一个昏庸的家族被铲除，百姓并不心疼，反而认为这是一个正确的决定。