杨秀清在去世之前，实际上是太平天国的军政最高领导人。无论是战略布局，还是战役指挥，甚至细致的炮台部署，杨秀清都亲自操控，几乎掌握了所有的决策权。杨秀清死后，太平天国再也没有出现过这样的领袖，即使有，也无法得到洪秀全的认可和支持。

那么，杨秀清死后，太平天国的领导权究竟由谁接管？1856年9月，杨秀清被杀害。到了11月，石达开回到京城辅佐政务。当时，杨秀清的死亡导致太平军指挥系统陷入混乱，失去了统一指挥的能力，各战场的协调能力也大大削弱。由于韦昌辉、石达开、秦日纲等主要将领纷纷离开前线，太平军甚至连战区的指挥都无法维持。

不过，在这一时期，太平军的将士们各自坚守阵地，继续执行防御任务，防止清军进一步进攻。例如，韦俊坚守武昌，直到12月才撤离；林启荣等人则坚守江西；吴如孝则留守镇江等地。总体来看，尽管指挥系统混乱，太平军仍凭借士兵们的自发抵抗，暂时迟滞了清军的进攻，特别是在粉碎了清军诱降的策略后，成功延缓了清军的进攻步伐。

然而，太平军的形势也在不断恶化。西线的武昌失守，几乎失去了湖北；江北的庐州、舒城等地也相继丧失，安徽的根据地面临威胁；东线的江南、江北大营又重新恢复，形势更加复杂。

1856年11月，石达开回到京城，开始辅佐政务，重新主持大局。当然，洪秀全并没有打算让石达开成为杨秀清的替代者，他没有赋予石达开军师的职务，后来还派洪家兄弟与石达开分权，石达开的地位始终无法与杨秀清相提并论。不过，石达开在军事指挥上并没有受到过多干扰，依然按照自己的方式进行布局。

石达开的战略主要集中在东西两线的防守，并着力在淮南战场发展。他指示太平军西线守住九江，东线守住句容等地，通过中间的防线对安徽战场展开反击。通过这一系列战斗，太平军成功收复了舒城、六安、霍邱等地，稳定了安徽根据地，并威胁到武昌和庐州。同时，石达开还派人与皖北的捻军联络，计划联合作战。若石达开能够继续领导，太平军或许能够在皖北打开局面，威胁清军在长江沿线的战略部署，从而逐步夺回主动权。

然而，石达开最终还是选择出走。石达开离开后，洪秀全宣称自己既是国家的主宰，也是军事的主宰，亲自接管了战略决策与指挥权。可惜，洪秀全自身缺乏军事才能，身边也没有可靠的亲信，因此，在实际指挥中，他并没有明确的战略规划。更糟糕的是，随着石达开出走，大量太平军将领也随之离去，导致各战场的兵力严重不足，太平军的指挥系统和战力大打折扣。

洪秀全所领导的几次重要军事行动也以失败告终。例如，在1857年10月，洪秀全命令自己的兄长洪仁发率军解救被围困的镇江，结果遭遇张国梁的惨败；到了年底，江南大营再度围困天京时，朝廷内部甚至没有足够的将领来守卫，洪秀全不得不提拔李秀成负责天京的军事。与此同时，洪秀全组织的几次支援九江的行动也全部失败。可以说，在这段时间，太平天国的形势已经非常危急。

到了1858年初，曾国藩甚至认为太平天国在5、6月间就有可能被攻占。客观来说，太平天国能够撑过这段时间，主要依靠了三点：第一，虽然石达开出走，但他的活动范围仍然较近，多少牵制了清军的注意力；第二，太平军将士的顽强抵抗，尤其是林启荣孤守九江，极大程度地迟滞了清军进攻；第三，大清内部的矛盾和支持力度不足，清朝的军事和财政无法及时给予足够支持。

然而，到了1858年7月，太平军终于形成了新的有效指挥系统，成功度过了危机。7月，陈玉成与李秀成等地方将领在枞阳开会，制定了联合作战计划并报给天王批准。会上，天王重新设立了五军主将制，陈玉成担任前军主将，李秀成担任后军主将，李世贤担任左军主将，韦俊担任右军主将，蒙得恩（后改名杨辅清）担任中军主将。由此，太平天国重新建立了有效的指挥体系，诸将共同商讨作战计划并由天王审批后执行，这样既避免了杨秀清第二的出现，又能统一作战思想，提升了作战效率。

然而，随着形势的发展，新的指挥体系也出现了问题。由于地方将领的权力过大，许多将领开始形成自己的地盘和利益，导致整体战斗意图难以统一。各将领的分歧越来越大，即使达成了作战计划，执行时也无法达到最优效果。特别是在三河镇大捷之后，陈玉成在二郎河战役中的失利，使得太平军的局势再度恶化。

洪秀全决定对指挥体系进行调整。此时，洪仁玕回到天京，成为了洪家中的一个重要人物。洪秀全任命洪仁玕为军师，陈玉成为英王，形成了内外合作的局面。最初，这种安排保持了一定的指挥效率，太平军在江南大营的战斗和东征苏浙时获得了一些成绩。然而，这一体系依旧面临诸多问题，尤其是随着李秀成等人实力的增大，地方将领的利益愈加突出，指挥系统的有效性大打折扣。

最终，洪秀全采取了一种极端的“自杀式调整”，通过封建更多的诸侯，企图分散将领的权力。然而，这一举措反而将太平天国分裂成了更多的“小诸侯”，每个将领都只关注自己的利益，导致太平天国的内部彻底崩溃。李秀成等人虽有心力维持太平军的运转，但在战斗中也未能团结全军。最终，太平天国的覆灭几乎成为不可避免的结局。

太平天国的失败有多重原因，但统一的指挥体系失灵无疑是最致命的一环。由于洪秀全本身缺乏军事和政治才能，太平天国始终未能建立一个长期有效的指挥系统。即使在最初依靠杨秀清时，虽然效率高，但长期来看，洪秀全与杨秀清的矛盾最终引发了严重内讧。随着石达开出走，太平军的军事指挥更是陷入了困境。虽然陈玉成和李秀成等人的崛起一度让太平军形成了“协商作战，统一指挥”的局面，但这种临时应急的方式始终不是长久之计。最终，洪秀全尝试通过加强中央集权，但由于地方将领的实力过大，导致指挥效率低下，最终将太平天国推向了灭亡的深渊。