在1901年至1905年春夏之交，袁世凯在担任北洋大臣兼直隶总督时，依照西方的军事制度进行改革，组建了“北洋六镇”新军。第一镇主要由八旗兵组成，而第五镇则远在山东，且与袁世凯关系较为疏远。然而，除第一镇和第五镇外，其他四个镇均被袁世凯的党羽掌控，完全听命于袁世凯。这支军队的形成，意味着袁世凯的权力得到了极大的扩张，也让他在朝廷内的影响力达到了巅峰。

然而，随着袁世凯的权势日益增长，朝廷开始对这支北洋新军进行“去袁化”改革。作为一名汉族大臣，袁世凯掌握如此重要的军事力量，难免引起朝廷的忌惮。此时，实权掌握在慈禧太后手中，她性格阴鸷，手段高明，权谋之术深不可测。尽管把帝国最精锐的新军交给袁世凯并非慈禧的心愿，但她自信可以控制局势，因此始终没有对袁世凯动手。慈禧太后对满汉官员保持恩威并重的态度，使得袁世凯的地位在当时相对稳固。

然而，1908年11月，慈禧太后去世，宣统帝即位，其父载沣成为摄政王。由于载沣与袁世凯有着长期的不和，他趁机以“足疾”为由，辞去了所有官职，回到河南彰德故里“养病”。此时，载沣便开始对袁世凯的北洋新军进行调整，将原本隶属于直隶总督府的六镇完全收归陆军部管辖，并着手进行“去袁化”改革，然而这一改革始终未能彻底实现，直到清朝灭亡。

载沣执政后，开始重用宗室少壮派，对汉族大臣袁世凯以及满族大臣中的政敌展开打击。陆军部尚书铁良，是一位被称为“能吏”的旗人，他深谙兵事，曾与袁世凯合作，帮助整理北洋新军。尤其是第一镇，一直由铁良掌管。然而，铁良与载沣关系不和，在政治斗争中被逐出中央，最终被贬至南京担任江宁将军。铁良的亲信也被清除出北京，朝廷的内部斗争愈发复杂。

与此同时，清朝政府对军事人才的选拔面临巨大困境。袁世凯为首的北洋军体系，已经形成了完备的军事教育系统，培养了大量人才，且晋升迅速。而与之相比，清朝政府对于近代军事人才的引进显得极为匮乏，政府只能依赖留日归国的学生，给予他们高职位，但这些学生多数受到新思想的影响，其中不少人已被革命党思想所渗透。例如，第六镇的吴禄贞、第二混成协的蓝天蔚、阎锡山等人，受到同盟会的影响较深。尽管有人举报他们有革命倾向，朝廷在改革过程中急于行动，往往没有进行深入考察。

尽管朝廷下定决心进行“去袁化”改革，但袁世凯已经通过六镇的控制，稳固了自己的军事基础。清朝朝廷一开始解除了最忠于袁世凯的第六镇统制赵国贤的职务，并将其派往广东担任潮州镇总兵。继任者段祺瑞对袁世凯有诸多不满，但由于与载沣的关系问题，他最终也被调任苏北提督，实际上被贬离了北京。尽管第六镇的统制一再更换，士兵们对袁世凯的忠诚依旧未变，对新任的吴禄贞心生敌意。最终，吴禄贞被自己的卫队马队管带刺杀。而其他镇的统制，如王士珍、冯国璋等人，则依旧保持着对袁世凯的忠心，他们的职位也未曾动摇。

这一系列事件表明，尽管清朝政府试图削弱袁世凯的权力，然而由于北洋军内部的极高忠诚度及袁世凯对军队的紧密掌控，朝廷的“去袁化”改革始终未能有效实施。袁世凯的军事基础已经牢牢稳固，任何试图改变这一局面的努力，都显得力不从心。