1958年的军委扩大会议，参会人数超过1400人。在这次会议上，训练总监部被指认为教条主义的“司令部”，而军事院校则是所谓的“大本营”。作为主要负责人的萧克部长和刘帅成了被重点批判的对象。刘帅在会上的表态谦和诚恳，以主动检讨的方式，把责任揽了下来希望能够息事宁人，他也没有受到过多的追究。

刘帅德高望重且身居元帅之位，大会对他手下留情了。但萧克就没有那么幸运，他被撤去了训练总监部部长的职务，而且连续受到长达4个月的批判，是“反教条主义”时全部相关将领里面被批判时间最长的，身心备受折磨。

萧克遭到打击，除了时代背景的因素之外，导火索是他1958年2月间写给彭总的一封信。信里面的内容与首长的观点不和，萧克洋洋洒洒写了数千字。结果彭总根本就没有回信，反而在军委扩大会议上给予了火力猛烈的反驳，这是萧克万万没有想到的。这封信到底涉及什么内容，竟导致了这样严重的后果？

早在1957年，针对军事学院存在所谓“教条主义”的问题，已经有工作组进驻调查并且得出判断，给予了相关的工作指导和批评。此时情况尚不算严重，没有到达第二年军委扩大会议上集中批判的程度，也没有任何将领真正受到追究、免职之类的处理。但是萧克将军的政治嗅觉有短板，彭总已经在中央的相关会议上提出：只谈正规化、现代化的建军口号是不全面的，没有联系革命、突出政治。

但是萧克没充分领悟其中的核心思想，当时中苏关系已经有所转变，中央反对教条主义，事实上是要避免军队苏化程度的加剧。萧克则坚持认为，学习苏联军队的先进技术、经验、装备都是有利于人民军队发展的，为此他专门写了一封信，开诚布公地表达对彭总讲话的不同看法，相当于是主动撞上了枪口。

萧克在信中提出：正规化现代化，在建国之后的军队建设中是非常必要的。因为战争年代我军长期在广大农村地区发展，除了中央在政令和战略思想上的统一领导之外，各战区军队的编制、装备水平、规模、训练等等都有很大的区别。所以那个时候突出政治是现实的、必要的，但建国之后情况完全变了，有了统一的经济基础和广阔领土，把军队正规化和现代化作为首要发展目标，是做大做强的正确思路，这个提法没有错误。

如果仅仅是讲这些，未必会彻底激化和彭总之间的矛盾。但萧克在后面进一步补充：正规化现代化的建军思路，也是中央多次开会确定下来的方针，包括军委和国防部相关领导同志都确认过，并非脱离政治脱离革命的表现。这一段表述真正触及了彭总的底线，被认为是“挑国防部的刺”，将彭总的军。彭总在读信之后未明确回复萧克，但这封信成了几个月后军委扩大会议上的重要批判依据。

萧克将军的理论和认识水平是很突出的，但政治上不敏感，在不合适的时机写了引起误会的信。萧克的这种特点，在历史上有过一些体现。比如在井冈山建军时，萧克在红四军领导权问题上的表态；红一方面军和红四方面军就北上、南下问题的争端（萧克没有反对红二方面军与红四方面军会师），他的态度不利于自己的日后发展。这并不是萧克将军人品上的问题，而是在相关方面并不擅长，毕竟人无完人。

在1958年，萧克终于因此吃了亏，被错误地定性为反党右派，免去了训练总监部部长的职务，甚至连这个部门也被一并取消，训练总监部成了建国后军队总部八大部中第一个被正式撤销掉的。好在萧克将军在八十年代获得了中央的平反，而他也表示“不记恨彭老总当年对他的批判和误解”，体现了一位革命家的高风亮节和敦厚品德。