在1947年4月，孙立人从新一军调离，被任命为东北保安副司令长官，上司为杜聿明。然而，孙立人作为副长官的地位颇为尴尬，因为另一位副长官郑洞国才是杜聿明真正的助手，自从蒋军入驻东北以来，孙立人与杜聿明和郑洞国之间的关系已经产生了严重的矛盾。

新一军的首位军长并非孙立人。

关于郑洞国

孙立人所领导的新一军，其实是从原有的“新一军”中分离出来的。1942年10月，驻扎在印度的远征军新38师（师长孙立人）和新22师（师长廖耀湘）合并编成了新编第一军。最初军长的人选是邱清泉，他因提前得知了这一“内幕”信息，甚至已经决定了军部班底的人选。

但考虑到邱清泉的性格，蒋介石担心他在印度与英军、美军的关系可能处理不佳，在杜聿明等人的推荐下，由稳重老练的郑洞国出任新一军的首任军长。

到了1944年，新一军经历了重大调整，首先新30师被空运加入新一军序列，随后，新22师作为基干部队组建了新6军，廖耀湘被提升为军长。

在新22师离开后，新空运加入的50师并入新一军，形成了新的“新一军”编制，主要领导有军长孙立人，新30师师长唐守治，新38师师长李鸿，50师师长潘裕昆。其中，唐守治和李鸿是孙立人的老部下，而50师则来源于原54军，该军属于“土木系”。

在新一军在缅北的反攻战役中，大部分的战绩是在军长郑洞国、师长孙立人、廖耀湘等人的指挥下取得的，且在表现上，廖耀湘指挥的新22师并不逊色于孙立人的新38师。孙立人在缅北的表现虽佳，但不少网络文章不公平地将大部分功绩归功于孙立人，这显然是不公正的。

1946年3月，孙立人的新一军进驻东北。到了4月中旬，当蒋军攻击四平，四平保卫战愈发激烈时，郑洞国以东北保安副司令长官的身份在前线直接指挥新一军作战。

郑洞国为何指挥新一军？因为当时孙立人还在国外，他最初前往英国伦敦接受勋章授予，随后赴美国参加军事参谋团会议。蒋介石对孙立人的不在场表示极大不满，连续发出多份电报，催促孙立人尽快回国指挥新一军。

在1946年5月15日的夜晚，孙立人急忙抵达了新一军的军部，并从郑洞国那里接管了指挥权。此时，四平的战斗已经持续了超过一个月，新6军和52军在攻克本溪之后，也加入了四平的战斗中。由于杜聿明调配出了更多的兵力，东北民主联军于5月18日夜撤离了四平。

蒋介石的军队占领四平后，在接下来的作战中，孙立人与杜聿明和郑洞国之间出现了严重的冲突。

杜聿明制定的作战计划是：以缺少88师的71军的主力作为左翼，向西推进，占领郑家屯（现双辽市）；新1军、新6军及71军的88师作为中路，沿着中长铁路推进至公主岭，并继续前进以占领长春；而青年军的207师和52军的195师则作为右翼，推向辽源和梅河口。

显然，杜聿明的重点是中路，但在三路军中，新一军的行动最为缓慢，杜聿明多次电令催促，而孙立人回应称，“部队伤亡过重，迫切需要休整”。

作为杜聿明的副手，郑洞国一直在前线督促蒋军各部前进。杜聿明在东北期间，曾因肾病严重入住北平的中和医院治疗，这段时间内郑洞国临时代理了长官职务。因此，在东北的蒋军将领中，郑洞国具有较高的威信。

杜聿明频频拨打电话询问新一军为什么迟迟不进发，郑洞国只能坦白回答：“新一军的孙立人军长不接受调动，我无法指挥他，而新六军和88师已经动身，新一军主力却仍然原地不动。”

根据郑洞国的回忆，得知此事的杜聿明大怒，立即驾车前往郑洞国指挥部，两人进行了会谈，随后一起前去找孙立人。

作为蒋军在东北的最高军事指挥官（尽管熊式辉担任国民党东北行辕主任，名义上掌握军政大权，实际军事指挥权全权交给杜聿明），以及新一军前任军长的郑洞国，尽管二人反复劝说，孙立人仍然固执己见，坚持部队已消耗严重，无法快速行军。

谈话持续了超过一个小时，但没有任何结果。最终，杜聿明怒不可遏，断然说道：“孙军长，新一军必须按命令迅速前进，否则若长春未能攻下，后果需由你负责。”

面对这种情况，孙立人面露愤怒之色，尽管郑洞国在一旁劝解，孙立人虽口头上答应，但在杜聿明和郑洞国离开后，新一军的行进速度仍未加快。

到了5月23日，蒋军已经攻占长春，而新一军的部队还在半路上，这使杜聿明异常愤怒。

谁对谁错？

电视剧《大决战》中的杜聿明与郑洞国角色

为了逆转战局，东北民主联军启动了鞍海战役，采取“南拉北打”的战略，于5月25日攻克鞍山，并在28日向海城发起进攻。

当时驻守海城的国民党部队为滇军第60军的第184师，师长潘朔端不断向杜聿明发送求援电报。杜聿明紧急电令孙立人救援海城，但孙立人再次拒绝，称部队需要三天时间休整。

此时，蒋介石正好视察东北，位于沈阳，孙立人便直接绕过东北保安司令部，向蒋介石提出“申诉”，蒋介石听后，同意新一军休整三天。

当新一军休整完毕准备救援海城时，潘朔端已经在海城领导部队起义，成为东北蒋军中第一个起义的将领。

海城起义之后，杜聿明受到滞留东北的滇军将领责问，他们指责他见死不救。在随后的作战中，杜聿明与孙立人之间的关系大为恶化，彼此互相指责。最终，孙立人被调离新一军，潘裕昆接替其军长职务。

在东北的冲突中，杜聿明与孙立人在各自的回忆录中坚持自己的观点，杜聿明称孙立人任性，不服从指挥；而孙立人则批评杜聿明指挥不当，“畏首畏尾，因此失去许多良机”。

作为第三方和旁观者的郑洞国，在其回忆录中为杜聿明辩护。尽管有人质疑郑洞国的回忆，认为他与杜聿明关系亲近，可能言过其实。

然而，从郑洞国的性格来看，他的回忆录的可信度较高。他是少数几个诚实的蒋军将领之一，在抗战初期他曾在关麟征部担任师长，遭受排挤和不公待遇后，愤而离开关部寻找其他发展机会，尽管对关麟征有所不满，但在其回忆录中，郑洞国对关麟征在台儿庄会战中的表现给予了高度评价。

郑洞国的回忆录中对人和事通常评价公正平和，而在谈及孙立人在东北的表现时，却罕见地表达了批评。

1947年8月，孙立人在名义上担任东北保安副司令长官几个月后，终于离开东北，前往南京就职，他与杜聿明的恩怨也随之画上句点。