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自1913年7月下旬起，讨袁战事在江西迅速恶化。虽然初期赣军在北方战事中颇有胜绩，但北洋军持续南下，使南北双方的实力对比迅速倾斜。战事爆发不久，李纯率领北洋第六师进入九江，而袁世凯从奉天、保定和河南调集了五万余兵，与段芝贵率领的北洋第一军会合，向九江集中兵力。与此同时，海军次长汤芗铭率舰队向湖口进军。北军装备精良，粮草充足，水陆协同作战，使得讨袁军逐渐不支。

在北军的强势攻势下，7月25日，湖口要塞司令陈廷训、刘世钧暗中投降北洋军，调转枪口，赣军猝不及防，两面受敌，北军顺利攻克要塞。要塞失守后，长江门户洞开，李烈钧部不得不放弃湖口，转向德安、吴城防守。8月3日和9日，北军相继占领德安、吴城。8月18日，李纯和段芝贵合兵攻占南昌，江西讨袁军在举旗仅一月零七天后宣告瓦解。

江苏则是“二次革命”的另一个主战场。南京驻军的陈之骥第八师是此次讨袁的主力。陈是北洋三杰之一冯国璋的女婿，而冯负责此次北军南下的津浦路总指挥。南京的师旅长们起初并不赞同讨袁，但孙中山的讨袁计划对他们构成直接威胁，他们才请黄兴赴宁指挥作战，以摆脱压力。江苏的战事从7月中旬开始，徐州的第三师冷遹部率先攻击北洋第五师靳云鹗的韩庄阵地。此时，袁的新任江北宣抚使张勋奉命增援，与靳会师，在徐州以北与讨袁军激战。正相持之际，讨袁军第三师骑兵团张宗昌率部叛变，导致讨袁军战线崩溃，直退南京。张、靳军攻克徐州后，日夜兼程追击，直逼浦口，向南军发起连续攻击。

7月23日，袁任冯国璋为江淮宣抚使兼第二军军长，统一指挥江苏战场。北洋军兵临南京时，黄兴已因饷械不足、后援断绝而陷入四面楚歌。他曾向五国银行团示意，可用同意善后大借款换取国际谅解，但列强反应冷淡。他尝试策反张勋、联系河南白朗起义军，但均未成功。

南京战局已无可挽回。7月29日，走投无路的黄兴誓死抵抗，但在部将劝说下，他乘一艘停靠下关的日本煤船悄悄离开南京，前往日本避难。在给柏文蔚的电报中写道：“大势已去，无能为力，弟已他往，望兄相机引退，留此身以待后用。”黄兴离开后，程德全返回南京，宣布取消独立。南京讨袁军两周后瓦解，上海讨袁军因久攻未下，也于8月13日放弃吴淞，上海战事宣告结束。

在江西和南京战事最艰难之时，独立的其它省份未能提供援助。有的迫于压力作壁上观，有的顾虑自身安危而不敢行动，手无寸柄的也力不从心。独立诸省中，唯安徽讨袁军总司令柏文蔚态度坚决，但抵达时，其部将胡万泰已倒戈，他自己也成了无家可归的“流亡司令”。江西、南京战事失利后，原独立省份见北洋军得势，多数倒戈，轰轰烈烈的倒袁运动宣告失败。自辛亥以来，国民党在南京、江西的军事基础在一个多月内被北洋军彻底摧毁。

“二次革命”失败后，孙中山、黄兴等革命领导人再次流亡日本。7月29日，黄兴离开南京后，北洋军的暴行激起南京民众和士兵的强烈愤慨。此时，一位激进革命党人、《民立报》记者何海鸣于8月11日策划南京新一轮独立。此前8月8日，他曾自任南京讨袁军总司令，但因陈之骥速捕，仅维持6小时。随后何被释放，再次策划独立，掀开了“二次革命”最悲壮的一页。

守城的士兵没有统帅指挥，却英勇抵抗北洋军，包括天堡城之战、狮子山之战，均以少胜多，视死如归。战事从8月13日持续20昼夜，直至9月1日，北洋军才联合攻陷南京。城破后，残余讨袁军仍在城区内与北洋军进行巷战。革命士兵的大无畏精神，与资产阶级革命领袖提前退避形成鲜明对比。孙中山、黄兴的先行离开，削弱了南京守卫战的实力和政治影响。

何海鸣事后指出，革命领袖初期意气风发，却昙花一现即扬长而去。二次革命中，如无何海鸣的金陵一战，整个运动可能成为彻底笑话。他批评黄兴缺乏沉着可靠的亲信，靠空文告取悦人心，实事求是无益。下层军佐对上层领导的不满情绪客观存在。资产阶级革命党人忽视军队建设，战前疏于联系基层，战时缺乏信心，优柔寡断，布局仓促，不能善始善终，最终为北洋势力扩张创造条件。 “二次革命”昙花一现，标志南京临时政府以来，资产阶级革命党人建立民主共和国的尝试彻底失败。根本原因在于他们脱离工商业资产阶级，未得到广大农民支持，联合日本政策更难被中国民众接受。在政治上，革命党与北洋势力相比缺乏优势。 “二次革命”失败，使北洋政府基本掌控南方各省政权。各省军政由北洋派接管，北洋势力扩张至西南大部分地区。国民党议员失去武力支撑，北洋军在江西、南京频频得手，解散国会步伐加快。8月6日至16日，北洋政府解散广东、江西、湖南省议会；并逮捕、杀害多名国民党议员，以确保宪法修改顺利进行。 1912年3月《临时约法》规定，正式国会成立后，应制订正式宪法，以代替临时约法。1913年8月，北洋政府宪法起草委员会成立，袁世凯通过御用立法机关提交“宪法草案大纲二十四条”，赋予总统任命国务员和解散国会权力。国民党宪草委一致抵制，但北洋政府随后对国民党成员进行打击，其中7人被捕杀4人。 9月上旬，国民党首任参议院议长张继被通缉出逃日本，王家襄出任议长，国民党在临时参议院的地位根本改变。高压政策使国民党议员丧失抵抗勇气，9月5日“先举总统，后定宪法”议案提出并通过，违背《临时约法》。 黎元洪代表进步党提出“先举总统”，违背《临时约法》精神。该提案意在迅速确立袁世凯统治，并保障黎及其党羽地位。国民党人在压力下妥协，通过议案，袁世凯由此确定了增修《约法》，推动国家从内阁制向总统制过渡。