1951年，邓华结束了在朝鲜的工作汇报，准备乘火车返回朝鲜，行程紧凑。就在他准备登车时，接到了林总的电话，声称有急事找他。邓华只得转身前往见这位老首长。交谈过程中，邓华频繁查看表，林总察觉后问道：怎么回事？邓华答道：中央让我尽快回朝鲜，老首长，下次我再向您汇报。说完，邓华起身告辞，林总脸色顿时变得很难看，他认为邓华这样匆忙离开是不尊重自己，心中对邓华生出恨意。

邓华一直是林总的部下，二人在合作期间虽偶有争执，但这些小摩擦林总始终放在心里。除了这次汇报工作的问题外，两人还因为四平攻坚战中的电报争论产生过矛盾，这也是林总深埋在心里的怨气之一。在四平攻坚战前，我军收到消息，敌军增援力量已经翻倍。邓华建议林总增加一个纵队来加强攻城部队，并发出了电报。尽管旁边的参谋长提醒他，林总可能不喜欢接纳意见，但邓华还是坚持发出了电报。果不其然，林总对这个建议未予回应。四平攻坚战失败后，林总长时间没有恢复信心，尤其是在辽沈战役时，他迟迟没有下达进攻锦州的命令。

邓华的电报被军中高层知晓，并认为他提出的建议比林总的战略更为高明，这使得林总心生不满并产生了敌意。在后来的平津战役中，邓华俘获了一支敌军京剧团，林总要求将其送往总部，但邓华没有照办，这也成了两人之间的积怨。到了1959年，林总开始清算这些账，在庐山会议上，林总主持了一个军委扩大会议，所有与彭德怀有关的高级干部都遭到批斗。会议前，毛主席关心地叮嘱邓华：有些人对你有意见，硬着头皮听就行，改则改，无则加勉。邓华按照毛主席的指示参加了会议，却一到现场便被围攻，最后稀里糊涂地成了反党集团的成员。

随着批判的深入，越来越多揭发邓华的材料涌现，但邓华一直没有机会进行解释。他只能在家发火地说：欲加之罪，何患无辞。

庐山会议结束后，邓华的批判渐渐停止。为了表明自己悔过的决心，他向组织申请前往军事学院学习。当时，林总已经接替彭德怀成为中央军委的负责人，并拒绝了邓华的请求，认为邓华是一个危险分子，与彭德怀关系太近，留在军队将会很危险。邓华看到这个批示后，悲愤不已，像遭遇雷击一般瘫坐在椅子上，过了许久，他才缓缓开口：我个人的遭遇算不上什么，我担心这样下去，党风会被搞坏。

说完，邓华走到镜子前，身着军装的开国上将竟然流下了眼泪，妻子李玉芝看到这一幕十分心疼，但又不知如何安慰他。过了一会儿，邓华脱下了军装，整齐地叠好，然后拖着军装走出卧室，悲愤地对李玉芝说：玉芝，你去把这身军装染成黑色，我要抗议他们非法剥夺我当军人的资格。不久后，邓华收到了转业通知，组织决定让他去四川担任副省长。邓华对这份通知并不感兴趣，直到几天后，罗瑞卿找到了他，并郑重其事地说：毛主席让我转告你，去四川后不要消极，尽量多学习，和群众打成一片，好好改正错误。邓华听到是毛主席的指示，立刻激动起来，回家后告诉妻子：还是主席了解我，主席知道我的为人。

为了长远打算，邓华带着全家搬到了四川，临行前，家人还在北京吃了一顿全聚德烤鸭。

1960年5月，邓华一家正式定居四川，当地省委的干部们非常关心他们的生活，并经常给予帮助。邓华很快适应了四川的生活，闲暇时，他开始学习种植棉花，还在家里开辟了一块试验田。当时，全国各地都受到了大跃进和自然灾害的影响，四川也不例外，乡下的农民根本无法满足温饱。邓华非常关心灾情，先后多次深入农村，了解口粮分配和政府救灾情况，每到一个地方，他都会询问老百姓的生活状况。 有一次，邓华看到食堂给村民分配口粮，他指示秤重的工作人员要认真过秤，不能少秤。他站在旁边亲自监督。前来排队的村民得知这位监督员是副省长，纷纷议论道：如果每个官员都像他这样，老百姓就不至于挨饿了。邓华在四川的工作非常积极，毫不懈怠地参与省里的各项工作。对于一些敏感的政治问题，他也不回避，毫不顾虑地去处理。省厅的同事们因此感到担忧，劝他说：不要凡事都操心，专注于农机工作就好，注意休息。邓华并没有听从劝告，反而坚定地表示：我是共产党人，吃人民的饭，拿人民的钱，当然要为人民办事。 随着时间的推移，一些人开始拿邓华的旧事做文章，指责他不老实，甚至扬言要再次批斗他。幸运的是，四川省委及时介入，阻止了这场风波。事件平息后，邓华恢复了原来的工作作风，公开谈论自己曾经的错误。孩子们为父亲的安全感到担忧，纷纷劝他收敛一点。邓华大笑着说：谁怕谁，离我远点就行，我这死猪不怕开水烫……