明朝时期，朱家皇帝对海洋的关注较少，甚至在某个时期曾废除了澎湖巡检司，还禁止民间私自出海。而在这一时期，欧洲正处于大航海时代，许多西方国家开始争相争夺海外殖民地。荷兰正是抓住了明朝对台湾不重视的机会，迅速成为了台湾的殖民者。

实际上，第一个发现台湾的西方国家并不是荷兰，而是葡萄牙。葡萄牙人占领澳门后，在与日本的航线往返中，首先发现了台湾，觉得这座岛屿非常美丽，便给它取名为福尔摩沙（Formosa），意为美丽的岛屿。这个名字后来成为西方殖民者对台湾的长期称呼。

不过，第一个登陆台湾并进行勘察的并不是荷兰人，而是西班牙人。西班牙人随后在台湾北部建立了根据地，选择基隆作为据点，并与荷兰人在台湾的南北各占一方。至于荷兰人，最初他们其实打算占领澳门，但由于葡萄牙人先一步占领了澳门，他们便转而考虑台湾。西班牙人是最早认识到台湾战略位置的重要性的人。1619年，西班牙的马丁略神父指出，台湾的地理位置对于中国来说，和澳门同样具有重要意义。西班牙人虽然最早上岛进行勘察，但他们真正占领台湾的时间比荷兰人晚了几年。由于经济原因，西班牙人在基隆的经营失败，撤出了台湾。

荷兰人原本也希望占领澳门，但由于未能成功，他们将目标转向台湾。1622年，荷兰人在澳门与葡萄牙人爆发冲突，荷兰人最终未能占领澳门，便开始考虑其他战略点。最初，荷兰人并未打算直接占领台湾，而是更希望控制澎湖岛，因为澎湖与中国大陆更近，方便与大陆通商。荷兰人计划在澎湖建立根据地，于是由司令官雷尔生带领，他们在澎湖风柜尾筑城。

然而，虽然明朝对海洋不感兴趣，但这并不代表明朝缺乏军事力量。当时的福建巡抚商周祚得知荷兰人试图在澎湖建立据点后，告知荷兰人这里有大量汉人居民，不喜欢荷兰人，要求他们立即撤离。荷兰人没有理会。接下来，福建巡抚南居益更加严厉，他直接威胁荷兰人，如果不撤离，将会动武。南居益设计了一个计划，利用火船夜袭荷兰舰队，成功击杀8名荷兰人，荷兰指挥官法兰斯尊被俘并最终被处决。这一事件显示了明朝强硬的态度，决不允许外来侵扰。

但明朝的腐败也给荷兰人提供了可乘之机，特别是在地方官员和商人的勾结下。例如，明朝并非打不过葡萄牙，而是地方官员通过收受贿赂，对葡萄牙的存在视而不见。澳门当时并不是葡萄牙的殖民地，而是一个租借地，明朝地方官员睁一只眼闭一只眼，默许了葡萄牙的存在。这种腐败使荷兰人看到了可趁之机，他们找到了李旦，一位精通官商勾结的商人。李旦建议荷兰人撤出澎湖，但可以与福建巡抚谈判，在台湾进行贸易。福建巡抚认为台湾地处偏远，通信不便，加上收了荷兰人的贿赂，便同意了荷兰人的要求。荷兰人和福建巡抚签订了《明荷议和》，允许荷兰人进入台湾发展。

从这点可以看出，明朝并未完全视台湾为化外之地，否则荷兰人根本不需要与福建巡抚商量便可直接占领。民间商人竟然能够干预国家的重大事务，显示了明朝地方腐败的严重程度。正是因为腐败，澳门和台湾才逐渐沦为外人的殖民地。从此，台湾进入了长达38年的荷兰统治时期。

荷兰人于1624年正式登陆并占领台湾，建立了第一个根据地热兰遮城，并由马蒂·宋克担任首任长官。荷兰人面临的最大问题是如何解决与台湾原住民的关系。台湾的原住民并不仅仅是高山族，事实上，台湾有许多不同的少数民族，语言、文化差异极大，互相之间并没有统一的归属。

这些原住民不仅数量众多，而且非常原始且好斗，许多部落一看到外来者，便毫不犹豫地进行攻击。荷兰人在台湾的治理采用了三种策略：怀柔、武吓和奴化。荷兰人最初接触的是平埔族中的西拉雅部落，他们对外界非常友好，便与荷兰人建立了友好的关系。荷兰人用棉布与他们交换土地使用权，进行贸易。荷兰人的管理在这个部落实施了怀柔政策。

然而，另一个平埔族部落——麻豆社，与荷兰人关系紧张，并与日本海盗有所勾结。1629年，荷兰人派兵前去抓捕海盗，经过一条溪流时，麻豆社人假装帮助荷兰人渡河，结果在河中设伏，杀死了所有荷兰士兵。荷兰人随后对麻豆社进行报复，派遣230名兵力进行攻打，最终迫使麻豆社屈服。荷兰人也通过类似的手段与其他部落达成停火协议，统一了台湾西部的原住民部落。

荷兰人还利用这些部落，攻占了台湾中部的大肚王国。荷兰人两次出兵攻打大肚王国，最终迫使其承认荷兰的统治。此外，荷兰人还通过传教手段进行奴化，推动基督教在原住民中传播。1627年，第一位德国籍牧师康第纽斯来到台湾，开始向原住民传教，并翻译圣经。几年的传教工作之后，荷兰人在新港社开设了第一所学校，教授基督教和基础课程，培养当地学生成为传教士。

荷兰人统治台湾时，虽然表面上推行文明化政策，实际上却通过压迫、暴力和宗教改造将原住民纳入自己的统治之下。荷兰人并未在台湾统治太久，原因之一是郑芝龙的海上势力。他原本与荷兰人合作，但荷兰人始终未完全信任他，最终郑芝龙联合其他海商反击荷兰人，掌控了台湾海峡的贸易。最终，郑芝龙的儿子郑成功，在1644年清朝入关后，成功地赶走了荷兰人。

1662年，郑成功攻破荷兰的热兰遮城，并与荷兰人签订和约，16天后荷兰人带着家眷离开台湾，结束了38年的统治。台湾进入了郑成功的国姓爷时期，直到郑克塽最终归顺清朝，台湾才真正纳入了中国的版图。