清朝时期，共有五位汉人被封为王，他们分别是恭顺王孔有德、怀顺王（靖南王）耿仲明、智顺王（平南王）尚可喜、平西王吴三桂和义王孙可望。这五位汉人王爷中，四人被纳入了汉军八旗，只有吴三桂没有被编入其中。尽管吴三桂在清朝初期入关时立下了显赫战功，并成为中原统一的重要人物，为什么他没有被编入汉军八旗呢？这个问题的答案可以从两个方面来探讨。

首先，汉军八旗的建立过程是比较漫长的。在努尔哈赤时代，辽东的汉人以及前明的将领归附后金政权后，才被逐步纳入满洲的八旗体系。那时，尚未专门设置汉军和蒙古旗，因此，归附的汉人并没有固定的旗籍。比如，李永芳是最早投降后金的汉人之一，他在天命三年投降后金，努尔哈赤任命他为三等副将，并将自己的女儿嫁给了李永芳。虽然史书上没有明确说明李永芳属于哪一旗，但推测他很可能属于满洲正蓝旗。

汉军旗的正式成立是在皇太极称帝后的崇德二年。初时，汉军仅分为两旗；到崇德四年，汉军旗分为四旗；崇德七年，汉军八旗才最终完成了编制。这些旗的首任固山额真，都是那些经过长期战斗考验、战功显赫的人，比如祖泽润、刘之源和吴守进等，他们都在努尔哈赤时期归附并多次立下战功。而李永芳的第五子巴颜，则参与了汉军八旗的早期构建。

然而，当皇太极正式建立汉军八旗时，耿仲明、尚可喜和孔有德已经在天聪年间归附后金。他们为后金带来了大量的兵力和火器，尽管这些汉人王爷战功卓著，却没有被选为固山额真，而是被划入了不同的汉军旗。因此，虽然这三位王爷在军功上非常出色，但由于汉军八旗的固山额真位置已由资深战将担任，皇太极宁愿将他们封为王，也不愿授予他们固山额真的职位。

需要特别指出的是，汉军八旗的固山额真并没有类似于满洲八旗中的“旗主”这一概念。汉军旗的旗籍隶属于满洲八旗，实际上，汉军与满洲旗之间是一种依附关系。

对于吴三桂来说，尽管他在顺治元年归附大清，但其归附过程较为复杂，且并非自愿。他是受到多尔衮的逼迫才投降的。定都北京后，吴三桂被封为平西王，并在随后的南明战争中屡次立下战功，成为大清统一中原的关键人物。尽管他的战功卓著，吴三桂依旧没有被编入汉军八旗。

其中的原因是，汉军八旗的编制早已成型，而作为平西王的吴三桂，如果被编入汉军八旗，所授职务与他已有的高贵身份不符。如果只是授予他参领、佐领等职务，这显然不够尊重；而如果授予他固山额真一职，又显得资历不足，且他的前面已有三位王爷。因此，朝廷没有将吴三桂纳入八旗。

顺治时期，吴三桂掌控的三藩势力最大，他的军队战斗力甚至堪比满洲八旗。到了顺治十六年，他成功攻下云南，几乎成为一方诸侯。云南地处偏远，吴三桂手握精锐部队，中央政府对他的态度相对宽容，尤其是在中原尚未完全统一，外部威胁较大的情况下，吴三桂的军事价值不容忽视。

相比之下，尚可喜和耿仲明所掌控的东南地区，朝廷控制相对容易，因而他们被编入汉军正黄旗（孙可望则隶属于汉军正白旗），使得朝廷对这些藩王的控制更加便利。

康熙帝继位初期，四辅臣对吴三桂保持宽容，直到康熙亲政后，才开始逐步加强对三藩的控制。随着朝廷防范力度的加大，吴三桂最终反叛，爆发了三藩之乱。若吴三桂未曾反叛，他的结局可能截然不同。朝廷或许会为他提供更多的荣誉，并将他和家族纳入汉军八旗，从而让他获得更高的政治地位。然而，历史的发展未能成全这一设想，最终，吴三桂成为了历史书中著名的乱臣贼子。