在中共十一届三中全会之后，邓小平在关注和指导下，许多曾受冤枉的老同志得以平反，其中就包括杨尚昆同志。

杨尚昆的妻子李伯钊早已回到北京，而杨尚昆也很快被接回北京，进入医院接受身体检查。

恢复名誉后，胡耀邦为了征求杨尚昆对工作安排的意见，亲自上门与他交谈。杨尚昆听后，态度爽朗地表示：“顾全大局，服从安排。”很快，杨尚昆便被任命为中共广东省委第二书记和广东省副省长。此时，广东省委第一书记和广东省省长分别是习仲勋同志。

接到新的工作安排后，杨尚昆非常激动，准备迅速启程前往广东。然而，邓小平却拦住了他，说：“不要急着走，先把中央的工作安排好，重新组建好班子再走。”于是，杨尚昆暂时留在北京，协助整顿中央办公厅，清除了一些不合适的人员。任务完成后，杨尚昆于1978年底告别邓小平，启程前往广东。

在广东任职期间，杨尚昆与习仲勋紧密合作，推动广东改革开放，帮助广东成为改革的先锋。他们致力于解决一系列历史遗留问题，努力为广东创造一个和谐的政治和社会环境。1979年4月，习仲勋代表广东省委向党中央提出了“特殊政策，让广东先走一步”的请求，得到邓小平的高度重视和支持。邓小平提出：“可以划出一块地方，单独进行管理，吸引外资，设立特区。中央提供政策，你们自己去做，杀出一条血路。”

在中共中央的支持下，杨尚昆迅速行动，推动广东开始了经济特区的探索。他主持召开了广州市委常委会，经过反复讨论，确定了广东改革发展的方向：以轻工业为主，协调发展原材料、支农工业，打造科学文化和对外贸易发达的现代化城市。

在推动改革的过程中，杨尚昆面临了不少困难，但凭借他的智慧和经验，成功化解了问题，赢得了中央的认可。1981年，杨尚昆回到北京，担任中共中央军委常委兼秘书长，继续关注广东的改革，特别是经济特区的发展。他多次前往广东视察，并向党中央提供了有关经济特区建设的第一手资料，这些资料为后续政策的调整和制定提供了重要依据。

随着广东经济特区的成功经验逐渐显现，中共中央决定扩大沿海经济开发区的开放范围。杨尚昆继续发挥积极作用，亲赴一线考察并出席了多个经济特区的庆祝大会，为改革开放的深入推进提供了强有力的支持。

除了经济领域，杨尚昆回到军队后，也积极推动军队的现代化建设。邓小平曾叮嘱杨尚昆，要加强调查研究，理顺军队建设的问题，提出五年内如何建设好这支军队的规划。杨尚昆对此高度重视，与其他军委常委一起，深入研究军队的改革方向，提出了“有中国特色的精兵之路”，并强调要以现代化建设为中心，加强战斗力的标准。杨尚昆还主持了军事整编工作，完成了邓小平下达的裁军100万的重大任务。

1992年，响应邓小平关于废除领导干部职务终身制的号召，杨尚昆先后从国家领导岗位上退休。尽管如此，他始终关注着国家的发展，尤其是在改革开放的过程中，他始终站在邓小平身边。

1992年，邓小平决定南巡时，84岁的杨尚昆也陪同出行。在他们的关系中，邓小平和杨尚昆不仅在工作上深得默契，私下也有着深厚的友谊。1992年1月22日，邓小平和杨尚昆带领各自的家人前往深圳仙湖植物园，二人在欣赏植物之余，还一起种下了树，享受了轻松的时光。

然而，1997年2月19日，邓小平去世，享年93岁。杨尚昆得知噩耗后，立即启程赶回北京。他亲自参加了邓小平的追悼会，站在队伍的最前方，坚定地站立，送别这位他亲爱的朋友和领导。尽管有很多人因悲伤泪流满面，杨尚昆依然保持冷静，穿着西装如军人般庄重地站着。

在回家后，杨尚昆向家人表达了对邓小平的深切怀念：“我们要像怀念毛主席一样，永远怀念邓小平。”

1998年9月14日，杨尚昆逝世，享年88岁。在他的追悼会上，邓小平的妻子卓琳特意前来向他告别，她默默坐了很久，未曾离去。

杨尚昆的一生，与邓小平密切相连，彼此间的深厚情谊和默契配合，成就了中国改革开放的一段历史。