自成化年间两次对建州的战争后，建州女真元气大伤，被迫休养生息。与此同时，明朝又在东北扶持海西女真哈达部为代理人，海西对辽东的侵扰也大幅度减少。到了万历年间，建州女真再次强盛起来，而哈达部却出现了内乱，自此衰落。由于原本的平衡被打破，女真各部之间的战争再次兴起，而明朝也不得不出兵对海西女真、建州女真进行干涉，万历年间的东北再次动荡起来。

自成化年间明朝和朝鲜两次讨伐建州后，建州原来的部落联盟就完全被散乱了，各部开始重新组合。以前，生活在此的建州部落主要是胡里改部、斡朵里部和毛怜部，经过几十年的重组后，逐渐形成了建州八部，主要分为满洲五部（苏克苏浒河部、浑河部、王甲部、董鄂部、哲陈部）和长白山三部（鸭绿江部、讷殷部、珠舍里部）。

建州女真之所以能够在几十年内完全恢复生机，主要有以下主要原因。一，蒙古不断侵扰明朝，明朝不得不专注对付蒙古，而对女真则主要采取扶持；二，建州女真地处明朝、朝鲜的夹角之间，是东北贸易的一个枢纽；三，建州女真和明朝进行朝贡贸易获得大量的财富。建州拥有500道敕书，而整个海西女真的敕书也不过是999道，通过这些敕书，建州女真能够在朝贡贸易中获得大量的赏赐。第四，明朝在成化年间开放了抚顺马市，专门针对开放建州。随后，建州的大量特产可以销售到辽东，而辽东的耕牛、铁器等被卖到建州，推动了建州农业的发展，社会的进步。

嘉靖年间，王杲崛起于建州，重新建立了部落联盟。王杲崛起后，为了报杀父之仇，经常侵扰辽东。1557年，王杲侵抚顺城，杀守备彭文珠，掠夺东州、惠安诸堡。1562年，王杲又诱杀了明副总兵黑春，并犯辽阳，劫孤山，略抚顺。隆庆末年，又侵犯清河。隆庆后期的辽东巡抚张学颜、守备裴承祖通过恩威并施的方法，才让王杲暂时消停，双方贡市得以恢复正常。

万历初期，王杲又联络蒙古人侵扰辽东。1575年，李成梁派遣大军进攻王杲，王杲战败。王杲想逃到蒙古，但经过海西女真哈达部之时，被当时的女真盟主王台扣留。哈达部是明朝在女真中扶持的代理人，因而王台将王杲送给了明军，王杲被凌迟处死。

和王杲同时期还有一位首领，名为王兀堂，他自称是建州右卫首领，属于董鄂部。王兀堂强盛时期，也几乎可以号令整个建州，史称"当是时,东夷自抚顺、开原而北属海西,王台制之;自清河以南,抵鸭绿江者属建州者,兀堂亦制之"。王兀堂和王台关系好，两者都奉约束惟谨，严禁部落对辽东发起侵扰。不过，李成梁修建宽甸六堡改变了王兀堂的态度。

1573年，李成梁在女真之地修建了六个军事屯堡，分别是宽甸堡、大甸堡、长甸堡、新甸堡、永甸堡、孤山堡，并称“宽甸六堡”，经略辽东的熊廷弼称之为“八百里新疆”。宽甸六堡的修建，占据了建州大片土地，尤其是圈占了女真大片的牧场和耕地，严重形成了建州的生计之道。王兀堂对此非常不满，开始阻止建州侵扰边关。

1576年，辽东巡抚张雪颜在清河、叆阳、宽甸开马市，允许女真人在此进行交易。市场的开通有利于建州人交易获得更多的生活物资，因而建州人对辽东的侵扰也减轻了。但到了1578年，明朝的参将徐国辅操控市场，强制压低人参价格，殴打来贸易的女真人，引发了新的贸易纠纷。此后王兀堂为了报复明朝，洗劫了东州堡。1580年，李成梁又发动了对王兀堂的战争，王兀堂战败，下落不明。

但这种无理的战争是无法令建州屈服的，只会让建州人对明朝的仇恨越来越深，建州各部对明朝的报复心理也一直存在。例如王杲之子在李成梁讨伐后，依靠哈达部的力量得以重回古勒寨，并继续侵扰辽东。1583年，李成梁再次出兵古勒寨，阿台被杀，同时被杀的还有努尔哈赤的祖父觉昌安和父亲塔克世。

在明朝的扶持下，海西女真哈达部成为了女真中的霸主，称雄女真长达40年。到了万历年间，哈达部的实力到达了顶峰，“东尽灰扒（辉发）、兀喇（乌拉）、南尽汤河、建州、北尽仰、逞二奴（叶赫部的两位酋长），延袤几千余里”。

但王台晚年昏庸，是非颠倒，导致上下不和，怨声载道。许多原本投靠哈达部的部落都纷纷背离而去，王台的霸业自此陨落，最终在1582年忧愤而死。王台去世后，诸子分裂。叶赫部为趁机夺回敕书，就联络蒙古人，拉拢哈达部的亲叶赫派不断进攻哈达部。

哈达部是明朝的代理人，明朝自然不想让哈达部衰落。1584年，李成梁派兵进攻叶赫部，杀叶赫部的逞加奴、仰加奴两位领袖。1588年，明朝又对哈达部和叶赫部的矛盾进行调节，将499道敕书给了拨给了叶赫部，哈达部保留500道，如此则维持了海西女真的均势。但明朝军队刚一走，叶赫部就进攻哈达，杀明朝拥立的哈达首领歹商，立亲叶赫的孟格卜禄为哈达部首领。从此，叶赫部强盛，成为了海西女真的盟主。

此时的明朝为了对付叶赫部，维持女真的均势，不得不转而扶持建州女真。1583年，努尔哈赤在建州起兵，很快就统一了满洲五部。1593年，为了防止努尔哈赤的势力继续膨胀，叶赫部带领扈伦四部女真，以及蒙古等九部联军对努尔哈赤发动战争。双方最终在古勒山决战，叶赫部战败，努尔哈赤统一女真的势头已经不可阻挡。此后，海西女真逐渐被努尔哈赤所吞并，明朝则不断走向衰落，女真统一之势已不可逆转。

自成化年间两次对建州的战争后，建州女真元气大伤，被迫休养生息。与此同时，明朝又在东北扶持海西女真哈达部为代理人，海西对辽东的侵扰也大幅度减少。