张国焘叛逃后，凭借其特殊的身份背景，蒋介石将他派遣到军统，协助戴笠执行反共任务。在这个过程中，张国焘并未怠慢，而是竭力为国民党效力。他成立了一个“特种政治问题研究室”，专门探讨如何打击和消灭共产党。这一举措，虽然表面上显示了他的忠诚与勤奋，但实际上也反映了他深知要在国民党立足，必须借助军事和政治手段对抗共产党。

张国焘，作为中国共产党的创始成员之一，长期担任党内的核心领导人，深谙共产党的运作和战略。因此，他提出了一个“根治”共产党的方案。这一提议，虽然站在国民党的角度来看具有一定的道理，却遭到了国民党高层的轻视和嘲笑。张国焘认为，单纯依靠军事手段围剿红军是无法彻底消除共产党势力的。即便消灭了现有的红军，新的红军还是会在其他地方崛起。要想从根本上“根治”共产党，首先必须从内部改革国民党，让政府清廉，百姓安居，才能彻底剥夺共产党吸引人民的土壤。

这个观点，表面上看似有些理想化，实际上却切中了问题的核心。共产党能够发展壮大，根本原因在于国民党政府腐败，民众生活困苦，导致了大规模的反抗与支持革命。张国焘的建议，是认为若国民党能够解决内部问题，恢复人民的信任和支持，自然就不再会有人倾向共产党。然而，国民党是否会听从这一建议，却是一个大问题。

从历史的角度来看，国民党从一开始便与资本势力密切相关，如果没有资本家的支持，国民党也难以成功。因此，国民党本质上注定是要为资本家服务的。孙中山在某些方面做过改革，但这些改革仅仅是治标不治本。蒋介石上台后，放弃了进一步的改革，因为他本身就是“四大家族”的领头人物，是最大的资本家，难以指望他革自己的命。在这种情况下，蒋介石的腐化与不作为使得国民党内部腐败横行，官员们或大或小，贪污成风，社会动荡不安，百姓疾苦。

正是在这样腐败的环境下，中国共产党得到了民众的广泛支持。它号召贫苦人民团结起来，推翻这个腐化的政权，改变命运。张国焘的理论虽然被讥笑，但实际上很有道理——要想真正根除共产党，首先必须清理国民党自身，提升政府的公信力，令民众安居乐业，才可能消除共产党的土壤。

然而，国民党显然并不打算改变自己的做法。在他们看来，张国焘提出的办法简直是异想天开。他们的目标只是为了升官发财，难道还能期望他们改变自己的利益格局吗？张国焘的想法与现实严重脱节，最终被国民党高层视作痴人说梦，根本不可行。

面对这种局面，张国焘决定采用一种“治标不治本”的办法，那就是策反。他提议成立一个“特种政治工作人员训练班”，从军统中挑选精英人才，由他亲自教授这些学员如何了解共产党内部的结构、领导干部的性格和优缺点。然后，他打算将这些学员派往八路军的阵地，进行渗透和策反，尤其是针对那些曾是他老部下的军官。

尽管张国焘的计划听上去并不复杂，但它最终并未成功。戴笠派出的几名精英并未能成功策反八路军的高层，反而被敌方捉住，暴露了这一行动的失败。更为尴尬的是，张国焘的课堂一度受到了学员们的热烈欢迎，但随着时间的推移，学员们却开始感到厌倦，因为他讲的内容枯燥无味，远不如其他老师的讲解生动有趣。张国焘很快意识到，虽然他掌握了共产党的内情，但这些反共的策略对国民党来说并不受欢迎，甚至被视作过时的做法。

在经过一段时间的努力后，戴笠和国民党高层逐渐对张国焘产生了失望，开始冷落他。最终，张国焘对国民党的失望达到顶点，他曾对自己的弟弟张国杰说：“根据时局的发展，国民党迟早会垮台，未来的中国将由共产党主宰。”这种言论，虽然在当时被认为是悲观预言，但随着历史的发展，张国焘的这一预言最终得以实现。

不过，张国焘与共产党的关系早已断裂，他的命运与历史的潮流无关。1949年，随着蒋介石的败退，张国焘随蒋介石来到台湾，但在台湾由于政治地位低微、屡遭排挤，他最终选择去了香港。在香港的日子同样困苦，直到晚年，他终于移居加拿大。然而，他的晚年并不幸福，最终在加拿大一处养老院孤独去世，享年82岁。