孙应奎是明朝中期的知名官员，出生于河南承宣布政使司河南府洛阳县，早在正德十六年便考中进士，初任章邱知县。这位饱学之士步入仕途后，逐步显露出了他与众不同的政治才干。在嘉靖四年，他进入朝廷担任兵科给事中，利用自己对国家大政的深刻理解，提出了一个激烈且深刻的上疏。他在奏折中表示：“辅佐皇帝的大臣，必须具备忠诚正直、清廉自守、品行高洁并且坚定不移的品质，唯有如此才能胜任大任。”

接着，孙应奎点名批评了当时朝中的一些重臣。他提到：“杨一清虽熟悉政务，但性格圆滑，尚欠果断，未必能够担当大任。张璁虽然学识渊博，但性格偏激且自负，仍应当谨慎加以任用，以抑制其过错。而桂萼则是一个极具野心且性格桀骜的人，收受贿赂，结党营私，压制忠良之士，已经引起了朝中不少人怨愤。请求陛下明确审察这几位大臣的德能，决定他们的去留。”

虽然孙应奎的本意是在为张璁辩护，但嘉靖帝却因他的奏疏对杨一清进行了挽留，甚至告诫张璁和桂萼要警醒自律。随后，王准和陆粲联名上奏，揭发张璁与桂萼在朝中结党营私，滥权贪污，损害了朝廷的公正与廉洁。这一弹劾奏疏虽然引发了宫中震动，但结果却令人失望。张璁和桂萼虽受了一定程度的惩罚，被暂时罢免了官职，但他们并未彻底被清除，反而在背后反击，诬陷弹劾他们的杨一清，最终迫使杨一清辞职归乡。

孙应奎因先前上疏反抗而未受处罚，但没过多久，他再次站出来弹劾吏部尚书方献夫，指控方献夫在选拔官员时，偏袒自己的亲友，滥用职权。比如，方献夫不仅提拔了与自己关系密切的冼光和彭泽，还曾将张璁厌恶的浙江参政黄卿调往陕西，而将张璁信任的人提拔至平职。嘉靖帝虽然采纳了孙应奎的一部分意见，但并未立即罢免方献夫。随着方献夫寻得汪鋐的支持，孙应奎的指控未能得到有效回应，反而遭遇了反击。

随着时间推移，孙应奎晋升为户科左给事中。在他担任职务期间，行人孽侃因提出建言触怒皇帝，被下狱受审，并在言辞中牵涉到了张璁。孙应奎和同僚曹汴为此上疏请求让张璁回避，但嘉靖帝对此非常愤怒，将孙应奎暂时关押，虽很快释放并恢复了职位。然而，这一事件也反映出孙应奎在政治斗争中的复杂处境和他与权臣之间的微妙关系。

嘉靖十一年，朝廷对官员进行了一次大规模的考核，王准被贬为富民典史。孙应奎再次上疏，指责汪鋐在王准被罢免的过程中发挥了不当作用，指控他伪造事由、陷害王准。孙应奎请求恢复王准职务，并希望能严惩汪鋐，以警示朝廷中的结党行为。然而，吏部尚书王琼则提出王准应当被罢免，导致孙应奎最终被贬为高平县丞。

尽管屡遭挫折，孙应奎并未放弃，反而通过多次升迁逐渐获得了更高的职位，最终担任了湖广副使，负责监督采集大木。由于一些案件的连累，孙应奎一度被逮捕，然而很快被释放并恢复了职务。随着他的职位不断上升，他最终成为了户部侍郎，并在嘉靖三十年时被任命为户部尚书。

然而，随着边境局势日益紧张，明朝需要大量的军费和兵员来应对来自蒙古的威胁。孙应奎提出了增加赋税的建议，强行增加了苏州一府的税负，甚至对其他地方也进行了一定的征收。对此，御史郭仁上奏请求减少赋税，但孙应奎拒绝了。郭仁随后对孙应奎进行弹劾，最终嘉靖皇帝决定将郭仁调离，认为他过于偏袒同乡。然而，财政问题依然未得到有效解决，孙应奎最终再次上奏，提出了裁减冗员、精简开支的建议。

在接下来的岁月中，孙应奎的官职不断变动。最终，因无法有效解决边境军费问题，他被调任为南京工部尚书。方钝代替他担任了户部尚书，但在方钝的治理下，财政状况依然没有改善。孙应奎因采取过于保守的应对策略而受到了批评，最终辞去官职，回家度过了余生。

虽然孙应奎曾屡屡冒犯权贵，并始终以自己的风节为荣，但他的晚年选择了更多的妥协和应变，这种转变使得他的一生功名大损。作为一位重要的谏官，他曾多次为国家的正义和廉洁发声，却在政治斗争中逐渐失去了自己的方向。