1947年初，吴富善担任嫩江军区警一旅的旅长和政委。在成功清除辖区内的匪患之后，他被调往西满军区，承担起组建独立三师的重任。随着西满和北满根据地的建立与巩固，战场形势也发生了根本性的转变。大约在一年多之前，部队在东北的作业十分艰难，缺乏群众基础，前面敌人重军把守，而后方更是屡遭匪徒骚扰。因此，上级决定采取主动，合力占领交通要道，积极发展农村根据地。

1946年的主要任务是建立和巩固根据地，彻底清除匪患。经过近一年的辛勤努力，后方的土匪基本上得到了肃清，部队也逐渐站稳了脚跟，并开始有计划地扩充野战军主力，向敌人发起反攻。而在当时的西满军区，除了东总直接指挥的部队之外，仅有保一旅和保二旅两支能够快速机动的作战部队。因此，军区决定成立独立三师，以此加强整体的军事力量。决定中提出利用原新四军第三师特务一团、二团及吴富善所领导的林甸地区几支具备战斗力的新部队作为立足点，以此发展新的机动作战力量。

刚刚抵达东北，吴富善便被任命为齐齐哈尔卫戍区的司令员，并与嫩江军区司令员王明贵等人共同开展扩军及剿匪的工作。在这项工作中，他们采取了三种不同的建军和扩军方式。

第一种方式是整编和改造。他们对解除和接收的日伪武装力量进行改造，以便将其纳入我军体系。例如，他们接管了改造公安大队等武装力量，以及一些铁路护卫军等单位。尽管派人去进行改编，但由于时间紧迫，加上局势变化，此过程中仍然出现了成建制倒戈的现象。

第二种方式是通过招兵买马。然而，在初到东北之际，吴富善对当地情况还不够熟悉。在建军过程中，为了追求数量而忽略了质量，导致一些日伪时代的军、警、宪、特混入新军中。结果，这些伪军在敌人发起猛烈攻击之前投敌，造成了不小的损失。

第三种方式则是主动而审慎的策略。他们发动群众，逐个进行审查，扩充一批并巩固另一批。虽然这种方式进展缓慢，但组建出来的部队质量上乘，忠诚于革命事业的意识非常强烈。经过对比，前两种方式显然不可取，特别是在组建主力部队时，倘若出现前两种问题，势必会给部队潜在的安全带来隐患。因此，吴富善选择了积极且谨慎的建军方式。

他以过去指挥的警一旅第二团为基础，结合其他一个军分区的一个团，按照主力部队编制将其改组为三个营，从而组建出一个独立团。通过将特一团、特二团以及新的独立团整合，独立师终于成立，然而仍旧面临着骨干力量不足的问题。尽管特一团和特二团的情况稍好，但独立团是新部队，急需具备实战经验的战斗骨干。

为了增强独立团的实力，吴富善决定把自己的警卫员和随行的马夫调到作战连队，同时从特一、特二团中抽调一些骨干来充实，他深知这种补充力量依然远远不够，因此倍感困扰。后来，他想到许多在医院接受治疗的伤员，得知有几位朋友因战斗受伤而住院，他立刻前往医院探望。由于当时医疗条件的限制，这些伤员恢复十分缓慢，无法立即参与战斗。更有部分伤员病情好转后却不知道原部队的去向。于是，他积极发动这些康复者，经过一个多月的努力，从医院吸纳了超过百名的伤员，其中许多人都是基层干部，战斗意识强，经验丰富，从而为独立团输送了所需的骨干力量。

最后，保一旅、保二旅和独立三师被升格为野战纵队第七纵，邓华担任司令员，陶铸作为政委，而吴富善则担任了副政委的职务。通过这段时光的锤炼，吴富善与他的部队在革命战斗中逐步成长，迎接更加艰巨的任务与挑战。