在平定太平天国起义后，清朝政府消除了一个重大威胁，慈禧太后的心情也因此稍微放松了不少。洪秀全领导的起义军长达十四年，横扫整个中国，占领的领土几乎遍及全国。清朝的多个将领在他手下惨败，失去了大量土地，甚至被迫改名换姓。这股力量显然具有取代清朝政权的潜力，而曾国藩所带领的湘军则最终替慈禧太后解决了这一巨大的隐患。

然而，平定太平天国的胜利并未使慈禧太后彻底安心。曾国藩的权力随着战事的结束愈发显赫，特别是他在朝廷中的影响力变得愈加重要，甚至成了朝中不可忽视的存在。尤其是他的门下弟子遍布各地，掌握着大权。尤其在苏、皖、赣三省，曾国藩的亲信几乎占据了所有关键职位。更为关键的是，这几个省份的赋税收入占据了清朝年收入的三分之一。慈禧太后心生疑虑，怀疑曾国藩可能把太平天国多年积累的财富占为己有，毕竟太平天国经历了长时间的横行，它所拥有的财富无疑是庞大的。湘军所上报的焚毁财宝的结果，她根本不相信。然而，尽管她心生疑虑，慈禧却不敢贸然行动，因为清朝仍然十分忌惮湘军的强大力量。

身处重兵和巨额财富之中的曾国藩，显然成了慈禧太后新的忧虑来源。为了避免曾国藩在江宁拥有过多兵权，进而威胁到朝廷的统治，慈禧太后决定将曾国藩调职，并任命他为保定的直隶总督，负责管理军务、粮饷和河道等事务。这是她的第一步行动，同时她还派了文官出身的马新贻去接管两江总督的职位。马新贻作为一名文官，是否能在湘军的地盘上施展其权力，是慈禧太后的一个大问题。

马新贻上任时，慈禧还下令裁撤湘军。这本是希望能为马新贻的治理清扫道路，但实际结果却正好相反。湘军本身就是一个地方性质的民兵组织，许多军官都是曾国藩的门生、亲戚或同乡，长期跟随曾国藩作战，对他有着深厚的忠诚感。就在这时，曾国藩突然被调离了他们的大本营，而且随着湘军的裁撤，曾国藩曾亲自训练过的这些士兵也面临失业和困境，这一变动无疑激起了他们的不满和愤怒。大量的湘军士兵没有返回故乡，很多人转而加入了“哥老会”等黑势力，或是成群结队，横行街头，掠夺民财。未受控制的湘军遗余力行，社会秩序陷入了混乱，百姓疾苦，民怨四起。

面对这种局面，马新贻没有选择妥协，而是采取了强硬措施。他虽然是文官，缺乏军事经验，但他深知如何用人。他任命了经验丰富的袁保庆来打击这些黑势力，并且对于那些违法犯罪的散兵游勇，直接依法处决。这一手段在短时间内有效地遏制了黑势力的蔓延，江宁的局势得到了控制。马新贻在任期内，修筑了运河堤坝，管理了盐务税收，并且处理了黄河的防洪等事宜。他还着力整顿那些被裁撤的湘军遗留的部队和黑帮势力，效果显著。然而，他的强硬举措也让不少人对他心生敌意，尤其是那些曾经受湘军压迫的黑帮势力。

同治九年七月，马新贻照常巡视督府西侧的箭道，检查士兵的练箭情况。然后，他从侧门回到府邸。当时，他的队伍一如既往地浩浩荡荡，前有巡捕开路，后有武弁跟随，周围兵丁环绕。然而，就在这一刻，刺客张汶祥突然冲出，越过众人，直扑马新贻，并大声喊叫着诉说不满。未等旁人反应过来，张汶祥已猛地抽出匕首刺向马新贻的右肋，令马新贻应声倒地。尽管随即有人将他抬进府内救治，但他依然因伤势过重而不治身亡。令人震惊的是，张汶祥刺杀后并未逃离现场，而是站在原地高喊：“养兵千日，用在一时！”“大丈夫一人做事一人当！”他的话语中似乎透露出某种不为人知的愤怒和决心。

马新贻被刺一事迅速传遍江宁，副都统魁玉立即上报朝廷。清朝政权震惊之余，迅速派遣魁玉与江宁布政使梅启照共同处理此案。然而，令人不解的是，梅启照和魁玉二人都是曾国藩的亲信与重要幕僚，因此朝廷对他们的公正性心存疑虑。由于此案涉及重大，漕运总督张之力也被派来协助审理。

在审讯过程中，张汶祥的口供前后不一，令人产生诸多疑虑。令人奇怪的是，审讯过程中并未对他进行拷打，案件的审理似乎充满了复杂的权谋斗争。最终，张汶祥的供词大致被认定为他因长期不满马新贻对天平军的打击，积怨已久，并在某次报复中趁机行刺。然而，朝廷并未完全信服这个解释，而是派遣了铁面无私的刑部尚书郑敦谨，以及刚重新上任的曾国藩，共同复审此案。

郑敦谨此行无疑是十分严肃的，他亲自带领两名刑部郎中历经长途跋涉抵达江宁，经过长时间审讯，最终得出结案结论：张汶祥因个人仇恨而行刺马新贻。尽管案件的真实性仍存疑，郑敦谨仍然决定按原结论处理此案。值得注意的是，孙衣言与袁保庆对于案件结论持有异议，甚至在结案章上拒绝签字，表明他们对案件未能彻底查明真相表示不满。这一事件引起了广泛的社会讨论，马新贻的死成为了清朝历史上的一个未解之谜。

慈禧太后对此案也表示了关注，认为马新贻的死因背后或许藏有更深层的政治隐情。然而，朝廷并未就此展开更深入的调查，因为曾国藩在朝中拥有巨大的影响力，处理此事过于深入可能会引发更大的政治风波，影响清朝统治的稳定。最终，曾国藩被迫重返江宁，并迅速将案件结案。

然而，是否曾国藩是这一案件的幕后主使，仍然是一个谜团。有传闻称，曾国藩与湘军的种种隐秘行径，才是导致马新贻之死的根本原因。在那时，曾国藩并未完全与湘军切割，他仍然是背后控制者之一。而马新贻的死，可能也意味着湘军内部的权力斗争。