公元1616年，辽东建州女真部的领袖爱新觉罗·努尔哈赤经过长期战斗，最终成功统一了东北地区各个女真部落，建立了自己的政权，史称后金，并以“七大恨”的名义正式宣布反叛大明帝国。当时，努尔哈赤已经基本掌控了东北大部分地区，为了提升军队的作战能力，他借鉴了金朝的“猛安谋克”制度和元朝的“达鲁花赤”制度，创新性地创建了八旗制度。

努尔哈赤将自己的部族分为八个旗，分别是正黄旗、镶黄旗、正白旗、镶白旗、正蓝旗、镶蓝旗、正红旗、镶红旗，这就是历史上闻名的满洲八旗。这些八旗战士组成了努尔哈赤征战四方的核心力量。当时流传着一句话：“女真（八旗）不满万，满万不可敌。”初创时的八旗军确实十分强悍，尤其在1619年的萨尔浒之战中，努尔哈赤仅带领2万八旗军，就在战场上全歼了11万明军精锐，彻底掌握了辽东的战争主动权。

然而，尽管努尔哈赤的八旗军在战斗中表现卓越，但满洲（女真）本是一个人口稀少的民族，努尔哈赤的八旗军总数也不过8万人左右，而他的对手大明帝国则有着数百万的庞大军队，双方的兵力差距可谓天壤之别。为此，努尔哈赤迫切希望扩大自己的兵源，目光便投向了周围的蒙古各部。1621年，他将后金境内的蒙古部落按照满洲八旗的模式，组织成了蒙古二旗。后来，皇太极继位后，基于努尔哈赤的奠基工作，更大规模地扩充了蒙古八旗的力量，特别是在征服漠南蒙古（察哈尔部）之后，皇太极吸纳了大量的蒙古骑兵，将其编入蒙古八旗的序列，形成了6万余人的庞大军队。

1644年，清军顺利入关，蒙古八旗也随之进军中原。作为游牧民族出身的蒙古八旗，他们的战斗力极其强悍，尤其擅长骑兵作战和长途奔袭。在中原与南明、李自成、张献忠等势力的战斗中，蒙古八旗常常充当突击队的角色，屡次打击敌人，为大清帝国立下赫赫战功。蒙古八旗逐渐成为大清帝国最重要的军事力量之一，仅次于满洲八旗，甚至在某些方面还高于汉军八旗（后期会有更多的讨论）。为了保持蒙古八旗对大清的忠诚，清朝皇室实施了“满蒙一体”的政策，两族之间的婚姻日益频繁，至此，蒙古八旗始终保持着对大清的忠诚，不论在何时何地，总能看到他们为大清帝国出征的身影。

然而，随着乾隆帝的即位，满洲八旗逐渐衰退，成为了大清军队中不再占主导地位的力量，取而代之的是日益崛起的汉军绿营兵。在这种局面下，清廷开始从蒙古八旗中抽调精锐兵力来充实满洲八旗的队伍，并将蒙古八旗大量调往内地驻防，因为关内的战斗环境和自然条件远胜于蒙古草原。尽管如此，蒙古八旗的战斗风格依然保持了原本的粗犷勇武，而他们对大清的忠诚也是有目共睹的。这样一来，清朝通过这一微妙的力量平衡，暂时稳住了大清帝国的军事格局。

1865年5月，蒙古八旗的最后一位重要领军人物僧格林沁亲王，在剿灭捻军的战斗中，不幸中了敌人埋伏阵亡，蒙古八旗遭受了严重打击。加上此前在八里桥之战中，僧格林沁的军队与英法联军交战，损失惨重，蒙古八旗的战力因此大幅削弱，从此渐渐退出了大清帝国军队的核心舞台。此后，汉族实力派的湘军、淮军以及后来的北洋军逐渐成为大清军界的主力，垄断了大清的军事决策。