清初川蜀在正史中被掩盖或记载模糊的原因可能有以下几点看法：

1. **政治因素**：

- **清朝统治合法性的构建**：清朝是少数民族建立的政权，在入主中原初期面临着较大的统治压力和合法性挑战。将川蜀地区的战乱及人口锐减等问题归咎于张献忠等反清势力的“屠杀”，可以突出清朝的“正义性”和“拯救者”角色，从而为其统治合法性提供依据。而对于清军在川蜀地区可能存在的一些不光彩行为，如报复性屠杀等，则进行掩盖或淡化处理，以维护清朝的形象。

- **内部政治斗争的影响**：清朝初期，朝廷内部存在着各种政治势力的斗争和博弈。对于川蜀地区的历史记载，可能受到不同政治势力的影响和干预。一些势力可能出于自身利益的考虑，希望对某些事件进行隐瞒或歪曲，以达到政治目的。

2. **战争的复杂性与混乱性**：

- **多方势力交织**：明末清初，川蜀地区局势极为复杂，存在着张献忠的大西军、南明军队、清军、地方武装以及土匪等多股势力。各方势力之间相互争斗、混战不断，战争的局面混乱不堪，导致历史记载难以准确和全面地反映真实情况。

- **信息传递困难**：在战乱的环境下，信息的收集和传递受到严重影响。史官可能难以获取准确的信息，或者所获得的信息存在偏差和遗漏。这使得正史的记载可能不够完整和准确，甚至出现一些错误或模糊的表述。

3. **文化因素**：

- **历史书写传统的影响**：中国古代的正史编写往往受到传统的历史书写观念和方法的影响。史官在编写历史时，可能更注重对帝王将相的记载，而对于普通百姓的遭遇和社会底层的情况关注不够。川蜀地区在战乱中遭受巨大苦难的百姓，他们的经历可能没有得到充分的记录和反映。

- **文化隔阂与偏见**：清朝的统治者和史官大多是满族人或北方人，对于川蜀地区的文化、风俗和社会情况可能存在一定的隔阂和偏见。这种文化上的差异可能导致他们对川蜀地区的历史事件理解不够深入，或者在记载时存在主观的判断和取舍。

至于这“被掩盖的十三年”中隐藏的鲜为人知的秘密，学界有诸多探讨：

1. **清军的行为**：除了张献忠的大西军曾在川蜀地区有过一些军事行动外，清军进入川蜀后也可能进行了大规模的屠杀和镇压。由于这与清朝所宣扬的“仁义之师”形象相悖，所以在正史中被刻意隐瞒或淡化。例如，一些学者认为清军在占领四川各地后，面对人口减少、经济条件不足等问题，对当地百姓进行了残酷的剥削和压迫，导致大量人口死亡和逃亡。

2. **自然灾害和瘟疫**：川蜀地区在明末清初可能遭遇了严重的自然灾害，如地震、洪水、干旱等，以及大规模的瘟疫流行。这些灾害和瘟疫对当地人口造成了巨大的影响，也是导致人口锐减的重要原因。但在正史中，这些因素可能没有得到足够的重视和记载，或者被其他因素所掩盖。

3. **民间传说与神秘事件**：在川蜀地区流传着一些关于“青衣神显灵”等神秘事件的传说，这些传说可能反映了当时人们对于战争和灾难的恐惧，以及对未知力量的敬畏。虽然这些传说在正史中没有被记载，但它们可能是当时社会现实的一种反映，也为我们了解那段历史提供了一些线索。

总的来说，清初川蜀在正史中被掩盖十三年是多种因素综合作用的结果。要真正揭开这段历史的真相，需要对各种史料进行深入的研究和分析，同时也需要结合考古发现、民间传说等多方面的信息进行综合判断。首先从政治、战争、文化三个方面分析川蜀在正史中被掩盖的可能原因。政治因素考虑了清朝统治合法性构建及内部政治斗争的影响；战争因素分析了多方势力交织和信息传递困难的情况；文化因素则从历史书写传统和文化隔阂偏见入手。接着探讨被掩盖的十三年中可能隐藏的鲜为人知的秘密，包括清军行为、自然灾害和瘟疫以及民间传说与神秘事件等方面，以全面地阐述对这一问题的看法。通过综合多个角度的分析，试图为读者呈现一个较为完整的思考框架。