关于慈禧太后的儿子，清同治帝的死因比较公认的有三种说法。一种说法是官方公布的同治帝死于天花。宫中所藏《万岁爷天花喜进药用药底簿》，里面记载了太医在同治患病到去世期间的脉案和用药处方。另外还有一个重要证据就是晚清重臣翁同龢在自己的《翁同龢日记》中也记载了同治帝是死于天花。由于日记是比较私人的东西，里面记载的内容一般都力求真实，因此可信度较高。两个资料相互佐证，基本可以认定同治皇帝确实是死于天花，而并非民间传言的花柳病。

另一种说法是同治帝死于花柳病。如山东大学《文史哲》杂志1989年第6期载李镇同志文章《同治究竟死于何病》。李镇祖上“数代为御医，高祖李万清是咸丰皇室太医，曾为懿嫔（那拉氏）遇喜诊脉，确定慈禧怀孕而生同治。曾祖李德立就是给同治看病的主治御医，李德立的长子、李镇的祖父“曾任光禄寺置正，在清廷供事多年”，1938年，他曾告诉李镇：“同治确是死于梅毒”，“同治梅毒溃烂后，流脓不止，奇臭难闻，曾祖父（李德立）每日必须亲自为他清洗敷药，一个多月来受到强烈恶臭刺激，从此失去了嗅觉”。至于为什么在诊治同治帝的脉案上写为“天花”，李镇解释说：“据祖父面告，曾祖父奉沼入养心殿请脉之初，已看出是梅毒之症，为了填重起见，曾约一位有名外科御医张本仁会诊，一致肯定是杨梅大疮。自忖若奏明载淳生母慈禧，她通晓医道，喜怒无常，如若一时火起，指责有辱九五之尊，必遭杀身之祸。倘若知情不报隐瞒病情，又怕责任重大，最终难免治罪，真是左右为难。经与右院判庄守和商议，认为反正是治不好的病，何况这是自古以来少见的帝王之绝症，难告于天下，不如装胡涂吧，既然宫中都说天子出水痘，就照天花来治”。

还一种说法是同治帝被慈禧太后气死。原来慈禧一直很不喜欢同治帝的皇后阿鲁特氏，经常有事没事就找她麻烦。阿鲁特氏去养心殿探病。在病床前，阿鲁特氏和同治帝诉苦，说太后又为了什么事责骂她，说道伤心处，不禁声泪俱下。当时同治帝病情已有所好转，于是他劝皇后暂且忍耐，待病好之后，总会有出头的日子。可是，同治帝夫妇却想不到，慈禧太后早就悄悄来到养心殿东暖阁外偷听儿子和媳妇的谈话。听到阿鲁特氏竟敢在背后告状，慈禧勃然大怒。她全然不顾儿子的病情，直接冲入养心殿内，一把抓住皇后的头发，举手痛打，并叫内廷准备棍杖伺候。同治帝本来就身体虚弱，看到这一情景，又急又怕，竟然昏厥了过去。发生“痘内陷”的病变。太监赶快把御医请来，此时同治帝牙关紧咬，药水不进，第二天就去世了。可见同治帝即使不是被慈溪害死，也是间接被慈溪气死。

同治帝的死因有众多说法，还有待史学家进一步解密，于是便成了一桩历史悬案？