海都企图两面夹击忽必烈的希望成了泡影,但他在突厥斯坦和准噶尔仍旧负隅顽抗,忽必烈派他的孙子甘麻喇去守卫西部边境,却被海都在杭爱山山脉附近打败,在色楞格河附近还被围困了很久,费尽心思后才侥幸逃脱。
1289年7月,忽必烈不顾自己年事已高,决定去西边会会他的这个优秀堂侄海都,他再次御驾亲征,但过着游牧生活的海都听闻他的厉害堂叔要过来,立刻逃之夭夭,忽必烈扑了个空。为了解决海都这个后患,1293年,留在和林驻守的伯颜发动了一次远征,虽然取得了一定战果,但依旧未能彻底打败海都。此后不久,伯颜调回元朝大都任宰相,镇守蒙古本部,继续追击海都的任务就交给了忽必烈之孙铁穆尔。
1294年2月18日,忽必烈在大都病逝,终其一生,也未能看到征服海都的最终胜利,海都依旧盘踞在杭爱山以西的蒙古和中亚地区,坚决不承认忽必烈的统治,始终以窝阔台系的正统标明自己是合法大汗的地位,他时不时派兵骚扰一下漠北蒙古,战争的阴云始终笼罩在蒙古高原本部。
忽必烈的继承人铁穆尔继续了这场战争,他派将军床兀儿西征,在答鲁河和阿雷河流域战胜了海都,并一再追赶把他赶去了遥远的西方,到了1298年秋天的时候,众人都以为海都再也无力掀起浪花,于是开始撤军,只留下了汪古亲王阔里吉思驻守,他也是皇帝铁穆尔的女婿。但是,谁都没想到,海都和他忠实的盟友,察合台汗国的首领都哇,在寒冷的冬天卷土重来,偷袭了阔里吉思,阔里吉思率兵奋起抵抗了4次,但最终还是不敌被俘,阔里吉思随后被都哇杀掉。
1301年,海都尝试最后一次进攻蒙古本部,他率领窝阔台系和察合台系的王宗们向皇城和林进军,他一定要夺回象征着荣耀和光辉历史的祖庭,这是他正统大汗的天命所归,他这次的对手是铁穆尔的侄子海山,也是元朝未来的第三任皇帝,1301年8月,两军在和林与鄂尔浑河左岸支流塔米尔河的中间大战一场,很不幸,海都再次战败,但命运之神再也没有留机会给海都,在撤军的途中,这位桀骜不顺,一直与命运做抗争,凭自己的能力一手恢复他家族汗国的草原真正雄鹰去世了,继承汗位的他的儿子察八儿继续着他的遗志,继续反对皇帝反对忽必烈家族,但是他远没有他父亲那般雄才大略,很快察合台汗国脱离了他的控制,1303年,窝阔台汗国和察合台汗国的首领派人去北京,表示愿意臣服归顺,这一步极具历史意义,标志着四大汗国除了钦察汗国外蒙古帝国再一次在形式上的统一。1309年,察八儿进攻察合台汗国想再次控制它,但被打败,他只得只身逃往北京寻求避难,窝阔台汗国再次结束。
有些朋友对蒙古分裂始于忽必烈有异议,忽必烈虽然称了大汗,但他在蒙古本土的控制力并不如在中原地区,蒙古部落的反抗,海都建立汗国,都是源自于对他大汗位置的不承认,海都也割断了中原和波斯的联系,也造成了忽必烈和他弟弟旭烈兀的分割。忽必烈的势力范围实际上主要是在中原大陆,并不是真正意义上的大汗,窝阔台汗国,察合台汗国,钦察汗国都不认他这个大汗,在他们的认知里忽必烈就是等同他们一般地位的封地首领,蒙古帝国最后一任真正的大汗是蒙哥。
1309年后,忽必烈的继承人虽然让其它汗国都臣服了,但当时蒙古已事实上分裂,这种分裂不单是行政管辖上的,更重要的是文化习俗上的,如中原地区的汉化,钦察汗国伊斯兰化,伊尔汗国伊斯兰化,还有的区域在基督化,所以蒙古帝国表面上幅员辽阔,但实际上已经难以为继四分五裂了。
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