自1340年起，掌握元朝中央政府的丞相是蒙古族的脱脱他之能掌权是得力于元帝妥懽贴睦尔(1333-1370年在位)支持发动的一次政变。从文化上说，脱脱在儒家关于国家的概念同传统的蒙古价值的斗争中是支持儒家观念的。在那个时期儒家治国论的背景下，脱脱主张，国家应该雷厉风行地“利民富国”。作为丞相，他很想实现修复和延长大运河的计划以期确保京师大都能得到长江三角洲剩余粮食的供应，其运输方式或者是从大运河运来，或者是从海路运来。这个计划从一开始就没有搞成功，并且随后又发生社会混乱和天灾，这就使得脱脱政权遭到那些对这个计划持另一种儒家反对观点的人的激烈批评。

面对着这种反对意见，脱脱于1344年6月挂冠了1344年夏黄河开始改道：它冲决了山东西部和西北地区的堤防，最后在半岛的北部出现了一条入海的新河道。从前，黄河是与淮河汇合的。1344年改道之后，旱灾在河南北部、安徽北部和江苏的淮河流域不断肆虐，而在受灾地区的北边又大水成灾，使大运河不能通航旱灾肆虐的地区就是人民反抗元朝统治的中心地带。这个地区在12世纪20年代曾被金兵蹂躏。一个世纪以后它经历了蒙古大军的征服，因此这里从13世纪60年代到90年代期间当忽必烈汗最后完成征服中国时所采用的较温和的统治方式中得到的好处不多。

在13世纪60年代忽必烈镇压李壇叛乱的时候，这里又受到了惨酷的兵祸。当汉人文化精英愤愤不平而吏胥和士兵又与蒙古人沆瀣一气的时候，农民群众要表示他们对蒙古统治的不满就只有用传统的当盗匪和搞秘密社会活动的方式了，这就是按异端宗教教义组织起来，而这时这种教义里面又掺杂了兴复宋朝的颠覆性的内容1348年脱脱的辞职是群众对于他的建设大运河计划的反抗所促成的，但是，其后的别儿怯不花所控制的保守政权却对于往后年代中的水旱之灾和饥馑并无肆应之方。

在1348年，一个更直接的危机吸引了朝廷的注意。由于大运河已被弃置和不能使用，京师所仰赖的长江三角洲的粮食是靠海路运来，1329年的粮食运量曾达到330万担,1342年则下降到260万担，后来的几年甚至更少。蒙古人的水军战斗总是依靠被征服的和结成联盟的各族人民。1348年方国珍在浙江起事(见第1章)。方国珍用他的海盗船队阻截大部分漕运打败了所有政府对他的讨伐队。别儿怯不花政府试图给他以影响，允许他名义上“投降”，给他以官衔，但方国珍仍然保留着对他的舰队、对他在舟山群岛上近海基地的控制以及阻截漕运的主动权对别儿怯不花的领导进行了长达一年之久的批判以后，脱脱于1349年8月又掌了权，这一次又得到了皇帝妥懽贴睦尔的积极支持。

政府对待方国珍的态度暂时还没有改变，虽然脱脱是利用这个问题把别儿怯不花弄下台去的。可是，脱脱的基本政策是绕过方国珍问题而重新恢复和完成大运河的改建计划。时局现在不很顺当，因为淮河地区从1344年起就灾祸频仍，但是显然必须有所作为；而且甚至保守的反对派现在也赞成重建大运河了。

在1351年4月，脱脱最后认为自己够强大了，能够宣布他自己的更全面的计划来完成这个任务。自此以后直到12月，从淮河地区征调了2万名军队和15万名平民来筑堤和挖泥，工程的指导者是杰出的水利专家贾鲁。这一次他们的努力成功了：黄河新道被固定在山东半岛之北，充满淤泥的大运河段或者加以疏浚，或者绕道而过。

批评脱脱的保守派人士指出，如果这么多农民集中起来施工，怕有出现民众叛乱之虞，特别在一个以反王朝骚乱的中心著称的地区更是如此。他们果然不幸而言中。叛乱军队趁机在淮河流堿煽动起了大批附和的群众。他们以红巾为号，因而称为红巾军，或者也称香军这名称是从他们的有佛教渊源的民间宗教礼仪中得来的。